对于叶向高的动向和行为，沈一贯心里也有些生气。
心想你不就是一个小小右侍郎么？至于这样反反复复搞揭发递刁状吗？
所谓的妖书案发生之后，牵连朝中众多大臣，其中许多人是清白的。叶向高得知这一消息就写信给承办案件的内阁首辅沈一贯，请他尽力劝阻皇上不要株连无辜。
不想沈一贯得信后心里很是不高兴。他这是公开向自已叫板，不相信自已的办案能力和眼光。想来思去，沈一贯决定要给这个不知天高地厚的年轻人一点眼色看看。到了人事安排调动的时候，沈一贯就一直没有过问叶向高的任期，就这么一直让他在南京待了下去，既不升降也不迁调。直到沈一贯罢官之后，那个神宗皇帝才想起南京还有个叶向高，于是一书诏令下到南京把叶向高召了回去。
到北京的第二天，叶向高就拜访内阁大臣朱庚。此时的内阁只有他一人主持工作，看到叶向高朱庚心里万分高兴，身边终于可以有人辅助工作了。他找到神宗皇帝说了自已的想法，正在榻上吸白粉的神宗皇帝身子很是虚弱有气无力的一边搂着郑贵妃一边吐着烟雾道：
“这事你自已看着办吧？内阁缺什么人你自已安排好了，那个叶向高确实不错，在南京受了那么多委屈朕都感到不好意思。你把他叫到京城，想给安排个什么官位啊？”朱庚道：“启奏陛下，叶向高为人正直敢于谏言，他得罪了不少人，尤其是前首辅沈一贯对他颇有微词。叶向高在南京的时候写了几封谏书都被他抗没有呈到皇上这里。”神宗眉头一皱眉：
“什么？他沈一贯竟然敢私自亢写给朕的谏信，真是岂有此理，我说呢？这么多年都没有见到叶向高写给朕的奏章了？他沈一贯这样做不是欺君犯上吗？”朱庚道：
“陛下真的把向高给冤枉死了呀？他不是没有作为。而是一直没有机会。”神宗笑了笑放下手里的烟袋坐正身子：“把他调到内阁协助你工作。”朱庚赶快谢过神宗皇帝：“陛下，臣告退，这就回府作个安排。”看到朱庚出了宫门。郑贵妃对神宗撒了个娇：
“皇上，臣妾的事情考虑的怎么样了呀？”神宗故作糊涂的哦了一声：“什么事呀？让我想想。”郑贵妃道：“不就是封我为皇后和封常洵为太子的事吗？”神宗听了脸就沉了下去望着郑贵妃：
“你这么想做皇后呀？当贵妃有什么不好。对于三皇子常洵太子一事以后不用再提了。慈圣太后她不同意，文武大臣们也是不同意。咱们不能乱了祖辈规矩呀？”郑贵妃一听心情很是沮丧噘起小嘴哼了一声：
“他常洛不就是王贵妃生的私生子吗？王贵妃是什么呀？她本来就是一个侍女，却这样被慈圣太后看好喜欢。”神宗皇帝笑了笑：“这你就不懂了吧？王贵妃从小在太后身边长大，人又乖巧懂事，也怪朕那时年轻冲动不该临幸什么宫女惹出这番麻烦。她生的儿子是长子当然要被册立太子，谁让你生的是三皇子呢？”郑贵妃道：
“陛下，那不如一起加封常洵为太子好了。”神宗摇了下头：“这可不行，宫中哪有二个太子并立的事。这样吧？朕封常洵为福王怎么样？”郑贵妃道：“福王有什么好？到时候还要离开母亲，我们母子俩只怕以后难得见面了。对了，你把封地放在哪里啊？”神宗道：“这事朕考虑好了，封地在河南洛阳。常洵就到洛阳当福王去，给他万倾良田怎么样？”郑贵妃一笑：
“这个真的不好，臣妾还是想把常洵留在京城。你要不是答应，臣妾还不如跳河死了好。”说着就要往外走，神宗一把拉住她的手把人揽在怀里：“我封三皇子为福王并没有说让他去洛阳啊，听你的就留在京城哪里也不去。”郑贵妃这才一笑：
“谢谢陛下了。”神宗皇帝哈哈一笑：“放心吧，没有人会把常洵从京城里赶走。明天早朝。朕就颁布诏书加封朱常洵为洛阳福王，具体什么时间去封地由爱妃说了算。”郑贵妃这才眉开眼笑。
神宗皇帝早朝就把加封常洵为洛阳福王的诏书颁了下去，但就是没有去封地的具体时间。这让文武大臣们十分猜疑。神宗皇帝想干什么呀？叶向高遇事能裁断，也善于处理大事，但是时逢衰世，空有济世之才和无法报效于国济民生，只能在朝廷内部的无谓纷争中消磨人生和时光。对于废长子常洛立三子常洵的念头他和众多大臣极力反对，这让神宗皇帝心里很是不满，逐渐产生了对抗情绪，一个要立一个反对双方僵持不下。
争论的结果，神宗皇帝最后屈服了。但从此对政治就懈怠。以至于坚卧不出达三十七年之久。在常洛被立太子之后，神宗皇帝就一直不喜欢他。至东宫停止讲学好多年，眼看着太子年龄长大却不让他进学。今后做了皇帝如何治理天下呢？这无疑成了包括叶向高在内的众多大臣们深为忧虑的事。另一件事是福王就国。常洵没有立为太子，神宗皇帝心里极不痛快，在他和郑贵妃的纵容乃至支持下，滞留京师迟迟水不肯前往封国洛阳。
身为首辅大臣的叶向高对此事选择良辰上疏神宗皇帝，请求恢复太子的进讲一事，但毫无结果。神宗对此不予理睬，叶向高是位有决心也有耐心的人、增补阁臣一事他一直争取五年终于告成。
对于太子进讲这一关系国家之兴衰大事，他更不会妥协。于是从这一年起，每逢春秋两季，叶向高必定上书