康熙皇帝生气地对大臣张廷玉说：“他还说明朝皇帝怎么样怎么样，难道百姓在朱明王朝的统治下，日子过得比现在好吗？朕励精图治，爱惜百姓，那些明朝皇帝，哪一个比朕更好？
张廷玉一见康熙皇帝气的脸色都青了，赶快安慰他说：“皇上说的极是，皇上颁布了‘永不加赋‘的诏令，现在大清的天下风调雨顺，国泰民安，当然比前朝好多了。”
康熙皇帝下令立即逮捕戴名世，并带到康熙皇帝面前。
康熙皇帝对战战兢兢地站在面前的戴名世喝道：“自大清立国以来，对天下百姓一视同仁，丝毫没有亏待汉人。你为什么还这么恨我大清？”
此时戴名世已经吓得都快站不稳了，他没想到自己的行为竟然给自己带来灭顶之灾，他低着头说：“皇上息怒，我本搜集写书的资料，没想到我的门生把资料刻了出来。”
康熙皇帝微微一笑：“你是给明朝写传吧？”
“不是的皇上，我是想写明史的。”
康熙皇帝又下令：“速派人去查和《南山集》案有牵连的人！”
在刑部大堂，戴名世遭受了身体的摧残，给他上了夹板的酷刑。那时候戴名世已经是花甲之年文弱书生，自然受不了这一常人难以忍受的酷刑。
他只好招出了方孝标，说方孝标写了内有明永历年号的《滇黔纪闻》，我认为是写明史的重要材料，所以就收集了。
康熙皇帝下令捉拿方孝标。
案子牵扯的人越来越多，戴名世因受不了酷刑，供出了好友方孝标。
这时候，方孝标早已去世，刑部就把他的儿子方登峄捉拿归案。可是方登峄实言相告，在他很小的时候，父亲写了这本《滇黔纪闻》。
刑部的人一听就知道，这人不想说。在酷刑的威逼下，方登峄只得招出与这案子毫无关联的人，就是他的侄子方世樵。他的理由是他的侄子比他岁数要大，也许知道内情。
由此看出，这个案子已经又屈打成招的嫌疑，已经大大地含有水分了。实际上，这个案子已经失去调查的意义了。但是，康熙皇帝还下令，继续追查。
刑部按照康熙皇帝的命令，把方世樵捉拿归案。又是一阵严刑拷打，又是一顿刑讯逼供。
方世樵也经受不住严刑拷打，只得说实情：“我已经告诉家人，早已毁掉了书稿。”
康熙皇帝的希望又破灭了。案子似乎已经查无头绪。但是，康熙皇帝指着作序的方苞、方正玉说：“这两人不是此案的嫌疑人吗？”
有点文学常识的人都知道，方苞是个大文学家，是桐城派的创始人，名气很大，在当时有广泛的影响力。同样，方正玉的名气也很大。康熙皇帝不能不考虑这些。
这个案子牵连的人变十个人，其中有出钱刻板印制的尤云鄂。这个人在当时在商界也很有名气。
康熙皇帝最后一看受牵连的人太多，名人也很多。就下令释放除戴名世以外的九个人，戴名世由凌迟改为斩刑。
康熙皇帝引起的这件文字狱，由于康熙皇帝的宽大，减免了对罪犯的处分，可是受到牵连获罪的仍有几百人。
在清朝，文字狱就是由康熙皇帝开始的。