案情调查至此，越来越让咸丰帝愤怒。如此乌烟瘴气的科场风气，如此嚣张的考生，如此蔑视律令的考官，更兼如此昏聩的主考官，都只将自己当成一个傻瓜哄着、瞒着。这件案子加上前面已经审定的“平龄案”和那五十本错卷，科场风气之坏已经难以想象。怒不可遏的咸丰帝下旨:不论牵涉到谁，一定要严惩不贷！
刑部随之开始行动:首先将柏葰、浦安、李鹤龄、罗鸿绎逮入大牢，革去罗鸿绎的举人身份，撤去李鹤龄的兵部主事、浦安的翰林院编修之职。
柏葰的家仆靳祥酷刑之下，没几天就一命呜呼。他的死尽管给审案带来了一定的麻烦，但并没有阻止破案的进度。柏葰、浦安、李鹤龄、罗鸿绎相继交代，个人的口供相互参证、相互补充，已经没有丝毫疑点。
此时，案子的焦点集中在如何处罚主考官柏葰上。因柏葰是一品大员，如何处置应由刑部提议，最后由皇上决定。
刑部专门负责刑狱判案，此时却很是为难。刑部官员揣摩不透皇上的意图，毕竟这是宰相级的人物。尽管咸丰帝有严肃处理的姿态，但他也曾表示过“柏葰早正揆席，勤慎无咎，欲曲待之”，说柏葰为官老成持重，从无过错，现在偶尔触犯刑律，可以从宽处置。
咸丰九年二月二十三日，还沉浸在过年祥和氛围的咸丰皇帝接到了负责审讯此案的会审团成员载垣、端华、全庆和陈孚恩四位大臣，经过仔细斟酌商议，联名呈递的达三千字的奏折，将审理此次科场舞弊案的情况作了详细汇报，拟处柏葰、浦安、李鹤龄、罗鸿绎斩立决。
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皇帝在圆明园正大光明殿边上的洞明堂召见会审团成员及绵愉、彭蕴章、肃顺、赵光、文祥等十七位位亲王和大臣，商量如何处置柏葰。洞明堂，每年秋末霜降后处决犯人时，皇帝都会在这里逐一核准“勾到”，对犯人的命运做最后的裁定。皇帝“勾到”之处，紫禁城内懋勤殿，避暑山庄是依清旷，香山是正直和平殿，圆明园则是洞明堂。清史稿中记载了这样的一次“勾到”，雍正十一年(1733年)，皇帝御驾至洞明堂，一边阅读黄册一边听相关官员宣读人犯案情，雍正听罢，如果表示“情有可原”，该犯便免于笔勾，若“法无可贷”便令大学士笔勾该犯姓名，判以立决。勾到这天，所有人犯都要被绑缚刑场，听候皇帝的处置。雍正勾点完毕，刑部立刻派人飞马传旨，被点到名字的犯人就会被人在脸上用笔书“斤”或“交”字，意为斩首或是绞刑。免于死刑的人就会被送回大牢，民间称之为“陪绑”。
在场的这些都是举足轻重的要员，会议场面异常凝重。咸丰帝沉寂了片刻，询问大臣对处斩柏葰是否有疑议。
大臣们默默无语，俯首静立，彭蕴章叩首启奏：“皇上，微臣以为，柏俊乃是无心之失，且靳祥之证词也未曾说明为了银子来向柏俊进言，柏俊只是迫于情面来低低取了文龄......”
“那之后文龄到柏俊府上送上十六两门包，为何柏俊不拒绝！”肃顺厉声插话，“科举乃取士大典，关系至重，亟宜执法，以惩积习，柏葰罪不可宥，非正法不足以儆在位！”
独有肃顺起来发表意见，大声说:“科举乃取士大典，关系至重，亟宜执法，以惩积习，柏葰罪不可宥，非正法不足以儆在位！”
彭蕴章一时被抢了话，低着头的脸上红色一闪而过，在皇帝召见军机等人奏对的时候，皇帝没点到谁的名字，插话是大不敬的行为，自己现在还是领班军机大臣！肃顺.....你实在是太无礼了！
边上的文祥微微侧头瞧了瞧彭蕴章颤动的朝珠，心下了然，再偷偷窥了一眼御座上的咸丰皇帝，只见皇帝只是一脸不忍之色，却也没有表现出对于肃顺失仪行为的恼怒，文祥原本想说的话也落回到了肚子里，只听得身后的肃顺在厉声咆哮。
“罢了，军机诸王大臣有何别的意见？柏俊是否可有从轻发落之可能？”
彭蕴章祥也在闭目养神，只有肃顺傲然自得，顾盼生雄，一时间养心殿内寂静无声，咸丰皇帝秉性软弱，虽是觉得柏俊素日里当差勤勉，又是两朝重臣，本不欲杀之，可皇帝却又是耳根子极软，听得肃顺一番义正言辞，又觉得柏俊非杀不可，如此纠结之间，肃顺又喊了一声皇上，以示催促，咸丰长叹，“罢了罢了，”朱笔一勾，“斩立决，柏葰情虽可原，法难宽宥，言念及此，不禁垂泣。你们跪安吧。”
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肃顺跟在端华载垣的后头出了洞明堂，军机大学士们都对于皇帝的旨意震惊无比，一个堂堂的大学士，居然只是收了门包钱十六两银子就要被处以斩刑，在大家看来，这点子门包钱只不过是循例而已，如此一来岂不是人人自危？
肃顺得意洋洋地扫视了一番鹌鹑般的大臣，哼一声，转过头，对着端华说道：“如今吏治如此败坏，只能是乱世用重典了！”
“好了，老六，别说这些废话了，皇上的意思是三日之后行刑，子鹤，”端华叫着陈孚恩的号，“你是大司寇，受些累，亲自去监着吧，这样的一品大员，难得的紧！”端华还开起了陈孚恩的玩笑，毕竟，处决一品大学士，近些年实在少见。
陈孚恩面带苦色点头，“是，王爷。”顺天乡试舞弊案之中，内涉其子陈景彦，陈孚恩刚刚议降一级以