龙谦的通电并未彻底“打”醒孙文。这本是他预料中事。面对蒙山军发出的军事威胁，令人奇怪的是孙文并未当回事。甚至没有召集一个专题会议研究对策。当前最急迫的就是蒙山军的军事威胁，而不是建都何处，组建政府。但孙文在上海的高级干部们硬是不理会蒙山军这个庞大的军事存在，完全醉心于中央政府的诞生。没有一个人认真去研究全国局势，仿佛武昌有了黄兴，军事问题就全部解决了。
岂不令人奇怪？
孙文自9月17日以来做什么呢？他完全沉湎于组建临时中央政府了。第一是确定中华民国的首都。上海虽好，但过于偏狭了，远不如南京虎踞龙盘，“迁都”是必须的。在蒙山军19日发出武力统一中国的威胁后，孙文的高级助手们还在研究首都设在哪儿，这一点倒是基本一致，包括不愿意离开上海的陈其美都对建都江宁投了赞成票。孙文提议，将江宁更名为南京，这样更显得气派些。
第二就是人事问题了。孙文清楚，人事安排至为重要，大家跟自己十几年，抛家别业者有之，毁家纾难者有之，现在终于推翻满清建立民国了，哪能不好好安排一番？
委托胡汉民拟就的中华民国临时政府组织机构在9月21日便正式出台，是日蒲圻咸宁一线正在决战，血流成河，尸横遍野，刚刚成立被孙文寄予厚望的民国第一师全线崩溃，但在上海，孙文宣布了他的政府名单：
总统：孙文
总统府秘书长：汪兆铭
陆军部总长：黄兴，次长蒋作宾
海军部总长：黄钟瑛，次长汤芗铭
内务总长：程德全，次长居正
财政总长：陈锦涛，次长王鸿猷
实业总长：张謇，次长宋教仁
外交总长：王宠惠。次长魏晨组
教育总长：蔡元培，次长马君武（代）
交通总长：汤寿潜，次长于右任
司法总长：伍廷芳，次长吕志伊
这份名单中。陆军、教育为同盟会员，其余均为满清达官或社会贤达，但次长却全部是同盟会员。总长中蔡元培虽为同盟会员，事实上早已与同盟会脱离了关系，在山东当了好几年的大学校长，醉心于师资人才之培养及义务教育之普及了。而且，蔡氏根本就不在上海，事前更莫之与闻，这个任命多少有些荒诞。所以才设了广西人马君武为次长代总长。
海军部总长黄钟瑛原为萨镇冰的副手，舰队撤至九江后。被同乡好友、同盟会林森策反，率海军归降了民国政府，孙文大喜，立即委任了黄钟瑛为海军总长。
值得一提的是，研究确定这份名单时。未出任“总长“要职而是担任了总统府秘书长的汪兆铭曾建议给龙谦安上一个陆军部次长的职务，但遭到了专心建党的胡汉民的反对，于是不了了之。至于北方势力尚存的北洋系，孙文则完全没有理会。
除了组建临时政府，孙文的注意力也投向了外交。
外交问题更为重要，孙文虽然激情四射，幻想着乘满清退位来填补国内的权力真空。但也知道国内局势极为复杂，击败北洋逼走满清朝廷的蒙山军已是民国的敌人，而军事上消灭蒙山军希望渺茫，如果民国政府能够获得列强的承认，刚成立的民国政府的安全就有了绝大的保障。
外交其实就是与有数的几个强国打交道。但在1909年9月，孙文的外交行动却困难重重。盖因列强公使现在仍在北京，他们才是各国外交政策的执行者及高级顾问。见不到列强公使们，外交就是一句空话，上海的外国领事们是做不了主的。
孙文连日与汪兆铭、王宠惠等人商议，准备冒险派王宠惠前往北京。逐一拜会列强公使，促使列强对民国政府的承认。但王宠惠认为，这不是危险不危险的问题，是北京已为蒙山军控制，自己未必进得了北京。堂堂民国外交总长，总不能化妆前往吧？
为难之际，正好日本公使伊集院彦吉在头山满的陪同下秘密来上海了，孙中山极为高兴，于是双方做了深入的交流。
伊集院彦吉上海之行并未得到国内的指示，他是看到满清退位，袁世凯已经下野，北洋有屈服于龙谦的迹象后来上海的。中国内战突然爆发，1908年上任的伊集院彦吉在众多的“中国通”的建议下将宝押在了北洋集团，认为北洋的军事力量足以平定山东，其中就有青木宣纯这些情报军官的背书。为此，日本政府向满清政府贷了数百万日元的款项，这些钱都是以武器的方式交付北洋的。现在满清退位，北洋凋零，这笔钱基本算是打了水漂了。如果袁世凯当政，这笔钱还可以要回来，但袁世凯辞位，闭门不见日本人（贷款之时袁并未参与），让日本政府至为恼怒。好在孙文抓住时机建国了，伊集院彦吉为了挽回不利的局势，也为了自己的前程，只能抓紧与孙文打交道了。于是，在头山满的建议下，伊集院彦吉从天津坐船来到上海见孙文。
头山满是日本黑社会的大头目。这位手创黑龙会的日本黑老大一直努力左右日本政局，希望按照自己的想法走下去。龙谦统帅的蒙山军夺取中国政权将出现不利于日本的局面，这是确凿无疑的，于是头山满鼓动日本公使，立即联系孙文。
“要想保卫新生的革命政权，首要是建立忠于民国政府的军队，”孙中山没有提日本承认民国政府的要求，而是先谈起了军队问题，“我已有详细的计划，准备建立六~十个