承担军政重任的国防部尚未组建，但军令系统要先走一步。目前已经成立的三总部中，运转最为正规的是军令系统的核心——总参谋部。其余两部，总政治部及总联勤部虽然成立并有自己的首长，但由于蒙山军当时分割于三块互不联系的战略区，实际上并没有发挥其应有的作用。比如，宋晋国作为总联勤部长。并不负责南方军的后勤保障，只负责山东军全部及北方军的部分军火供应，南方军是连树鹏具体负责的。总政治部主任当时是方声远，但方声远却基本没有进入角色。南方军是曹敏忠管这块，山东军及北方军干脆就是司令官宁时俊亲自管。而且，他们的精力主要在练兵打仗，一切人事、稽核、奖惩等划归总政的职能都不太正规。
龙谦等司徒均率总参机关进京后，将筹划共和国武装力量统帅机关的重任交给了司徒均。龙谦对他说，你不要等政府机构的建立了，先拿出一个总体的方案来。一些原则我已经跟你谈过了，你照我定的原则设计出国防军统帅机关的构架，并且明确各自的职责，做到不遗漏。不重叠，精简高效。
这正是司徒均所愿意做的。
目前军队的统帅机关就是三总部。按照龙谦军政军令分设的构想，总政治部所管的一大摊子肯定要划归即将成立的国防部。但是，总参谋部、总联勤部、陆军司令部及也已成立的海军司令部加上显然是国家最高军政机关的国防部究竟是什么关系，却令司徒均十分的困惑。
他已经有了两个副手。商凤春及张玉林。但在这个问题上，两位副手显然是丈二和尚摸不着头脑。
司徒均认为，既然已经任命宁时俊为海军总司令，海军司令部的建立就是必然的了。海军司令部有了，陆军怎么办？直属于总统吗？龙谦曾在小范围说过国防部代行陆军司令部职权，确实有过这样的考虑，但这样一来。海军似乎要独立于体系之外了，这显然又不合适了。
不光是陆海军两大军种的关系问题。海军司令部与国防部、总参谋部以及总联勤部是什么关系？垂直还是平行？总参机关是否设立海军指导机构？总参与国防部又是什么关系？总参谋部与总联勤部如果平行的话，部队的武器采购完全决定于总联勤部就不合适了，因为作战训练部可能不涉及武器装备的研制和采购问题。
除了上述问题外，还有龙谦提出的兵种司令部的问题，龙谦曾有委任段祺瑞为炮兵司令的建议。但被段氏所拒绝。证明龙谦已经有设立兵种司令部的设想了。如果考虑到工程兵，骑兵，通信兵等特种军种，这些兵种司令部与前述的大机关又是什么关系？是不是存在叠床架屋的弊端？
这些涉及全局的问题，只能由龙谦来回答。司徒均承认。虽然龙谦并未受过专门的军事教育，但对于军事机关的设立有着超越他人的敏锐。他当然不清楚龙谦的来历，将其归结为天授，开国领袖确实具备一般人不具备的能力。
对于司徒均归纳的系列问题，龙谦的回答是这样的：国防部是全国军事力量的最高行政机关。海军司令部及可以设立也可以不设立的陆军司令部是国防部的机构，他们之间不是平行关系而是垂直领导关系。国防部对于全国的武装力量是行政管理，体现在高级军官的任命、奖惩、薪酬、新部队的成立、老部队的裁撤等方面。但国防部不管军队其他业务了，比如军事行动的指挥，那是总参的事情。也不管武器装备的采购，那是联勤总部的业务。这就带来一个问题，总参和国防部是什么关系？答案是平行关系。总参是军令系统的核心，联勤总部是后勤系统的核心，而国防部是行政系统的核心。于是，必须有一个更高的机关来领导协调这几个大机关，这个机构就是军事委员会。我反复想了，军委会不能撤销，否则就不成体统了。军委会是一个联席会议的模式，将来会从宪法上明确全国的武装力量的最高统帅机关，如果发生全局性的战争，军委会就是最高统帅部。总统将自然而然地担任军委会主席，国防部长、总参谋长、联勤总长、海军司令以及政府主要部门如外交部、工业部、交通部的部长以及政府总理也应该是军委会的成员。至于你所担心的联勤总部与总参的关系，不要紧，可以由军委会协调，联勤总部当然要听总参的意见。实际上，国家的军事管理指挥体系就是两个轮子，总参管编制、训练、打仗，国防部管人事。联勤总部更多地处于协助总参的位子。现在你明白了吧？你的任务除了建立和完善总参机构，还要明确各大机关的职责，千万不能出现如日本一样的陆海军争权的局面，更不允许军队凌驾于政府之上。出现军队左右政局的现象。我的原则是军队必须服从于政府，而不是相反。
至于兵种司令部的组建，龙谦这样解释道，兵种不同于军种，是军种下的细化。目前情况，暂时只组建炮兵、工程兵两大兵种部，隶属总参领导，职能是研究、强化两大军种的建设，他们将垂直管理各军区的炮兵及工程兵部队，根据需要在不同的军区调配炮兵及工程兵。但骑兵及通信兵不设司令部了。前者没有前途了，路子越来越窄，后者不需要专门的司令部，总参之下搞一个通信局就可以了，但通信兵的建设要加强。不止是无线电的加强