日本在接受宋国教官的训练同时蒙古人也开始筹备自己的海军了，相对于第一次东征水师的作为实在不敢恭维，自己拱卫京师的水师对阵人家日本的渔船只能打个平手实在是有失大元国的脸面，不过忽必烈想来想去自己信赖的蒙古人里面实在找不到合适的水师将领，把眼光放眼到全国能在水师有所建树的也就剩下史天泽手下的张弘范了]
1282年秋还在苏州的张弘范接到忽必烈的一纸调令带着他的苏州水师全部北上到沧州集结，要他配合蒙古军队再次东征日本，其实张弘范自己知道他这次率领水师支援蒙古人也就是去当后勤的帮助他们运输物资和军队而已，必要的时候就给登陆的军队护航扫清日本渔民罢了到时候打下日本立功的是蒙古人如果战败了就都是他的责任，所以他的积极性也不高就慢慢准备托了两个月才从启动出发慢悠悠的晃悠了一个月才到沧州向二次东征最高指挥官萨都刺报道。
萨都刺是这次有蒙古贵族推选出来的指挥官，作战骁勇足智多谋，萨都刺启用在南部面对宋军战败的哲别做先锋，范文虎做副将先行出发攻打对马岛，这次萨都刺集结了蒙古人五万，色目人三万，汉人八万征集民夫十万让高丽提供粮草和釜山港作为前沿基地。而高丽元宗见到这次元国如此大的声势也不好意思不出兵便象征性的出兵五千弓箭手随同萨都刺一起出征。
1283年等到滑动后的春季萨都刺率领十六万精兵在沧州集结，然后分别乘坐八千艘船只直接航行到高丽的釜山港和高丽五千弓箭手汇合后，休整两个月等到天气逐渐转暖让哲别和范文虎率领一万士兵和张弘范的两千艘船只先行围攻对马岛然后拿下壹岐岛，采取步步为营的战术逐渐蚕食日本的战略纵深，要把日本这次一网打尽。
初夏的季风吹拂着哲别的脸庞，这次前锋的职位是他好不容易向萨都刺要来的，如果这次能够顺利拿下对马岛和壹岐岛进而拿下九州岛那么他的功劳无疑将会是最大的，这么一来就能洗刷他败走占城的耻辱了，所以他一路面对日本渔船的骚扰绝不轻易分兵直接开进到对马海域，先凭借着床弩和土炮的远程优势向对马岛实施远程轰击，把对马岛靠岸的据点逐一拔除然后再靠近对马岛岸边实施登陆。
回过来日本早就从宋国的情报网络得知蒙古人不死心还要进行第二次东征，所以一开始就在周顺他们的建议下开始在对马岛海域布置渔船骚扰蒙古人的船队，意图分散蒙古人的精力，然后在对马岛上布置八千士兵而且还配备了土炮和弩箭等先进武器以求能拖住元军的进攻，本来以为蒙古人会在1282年底就会开始发起进攻结果蒙古人担心天气太冷手脚不灵活一直把战争时间推迟了半年，这就给日本在对马岛和壹岐岛做了充足的布置，就等着蒙古人来攻。
哲别的军队开始陆续登陆，当他们刚刚登岸的时候却要面对日本人在海岸边上布置的铁蒺藜、竹签陷阱等暗器，让元军不能迅速有效的通过海岸附近，这么一段路程让元军苦不堪言，因为海水洗刷后根本就分不清楚那里有陷阱，还好这段路程日本人并没有发起阻击，只是零星的弓箭手朝着他们射击，虽然有伤亡但是损失还不算很大。
日军指挥官平景隆等到元军小心翼翼快要突破海岸陷阱的时候装备宋国弩箭的日军突然从制高点的矮墙后面冒出，弩箭不像弓箭那样需要练习很久弩箭只要学会用绞动机关安装箭矢朝着敌人扣动扳机就可以了，弩箭由于射程远穿透力远远超过普通弓箭的威力等优点，突如其来的箭雨一下子把还在小心陷阱的元军射死大半，剩下的人失去进攻的勇气就想退回去，弩箭的射程本来就远再加上地上到处都是陷阱使得元军在撤退过程中落入陷阱和脚踩铁蒺藜的几率大增，当哲别把人撤回来清点后怒火中烧，出去两千人回来只剩下三四百了。
哲别和范文虎商量后觉得这么下去不是办法立即向萨都刺禀报，萨都刺一听日军在对马岛早有准备，心里暗叫不好一个小小的对马岛都能造成如此大的麻烦这还得了？转念一想不能就这么耗在对马岛派人告知哲别和范文虎，让他们留下一千艘船只和五千士兵看住对马岛，然后其他人转到绕过对马岛对壹岐岛进行试探，如果有可能就先拿下壹岐岛再做商议。
萨都刺的这一招超出了日本军方高层的预料，谁都没想到萨都刺居然攻打一次后觉得拿不下就直接绕过对马岛，日军的部署全部被打乱了，藤原经资立马调集九州岛所有十三岁以上四十岁以下所有男性集结到九州岛西岸一带做好迎战元军的准备，经过十天的动员九州岛上居然集结了十三四万的民壮前来助阵加上自己原来手下有五万人左右一下子兵力有十八九万了不过这里面很多都是放下农具的普通老百姓真正上战场作战的藤原经资自己都不敢想，然后就向北条时宗请求派遣援兵前来增援毕竟这次元军出动了近二十万的军队，就凭九州集结的这十几万老百姓根本就不是元军的对手。
北条时宗也知道藤原经资的苦衷便从四国岛调集了全部的兵力九万人登陆九州在福冈和北九州一线设立第二道防线必要时刻可以放弃九州全境不过一定要守住北九州和下关坚决不能让元军登陆本州岛，想到这里还是不放心就从本州岛北部抽调了八万士兵和下关，石见等地的驻兵一起在下关一带设立第三道