转变策略的真理军其实作战方略无非就是当年伟人那一套“敌进我退、敌驻我扰、敌疲我打、敌退我追”。而且凭借着日本稠密的城市圈，真理军有着良好的活动空间和回旋余地，他们固然比较缺少武器，但是能够形成的威胁还是十分巨大的。特别在攻占了练马等一些基地后，真理军转移出来了大量军械给各地的真理军组织，他们频繁地攻击政府设施，而自卫队一出现的时候，他们立马闪人，绝对不与自卫队交战。
这其实也暗合了真理军的心理，他们要么是一群刚拿起枪的乌合之众，要么也只在远东共和国草草训练了几个月，跟正规军的自卫队正面作战，肯定是心虚。而遵循青木元为其制定的城市游击战方略，他们只需要欺负普通平民或者警察，骚扰公务机关并搞破坏，而真正自卫队前来的时候，他们则直接撒丫子走人，好不快活。
在转变方略之后，青木元指挥了真理教武装分子于东京都市圈，与进城的自卫队大约一个师团的力量进行了周旋。在作战之前，青木元特地破坏了东京的民用通信设施，这并不能对自卫队形成影响，但是却限制了东京居民为自卫队和政府通风报信的能力，同时也增强了城市的恐慌。
当人们大不了电话，甚至一些电网也被迫中断，街上传来零零散散的枪声时，很多东京市民也顾不得埃博拉病毒的危险了，带着家人和一些细软，从家中逃出来，想要从战区中撤离。公路上开始排起了车流长队，也使得自卫队的战车难以在东京顺利运转，特别是90式主战坦克这样笨重的家伙，根本无法在城市战中得到施展。
没有办法，自卫队员们只有放弃重型装备，徒步进入东京市区，开始对真理军进行围剿和搜捕。可是这注定是自卫队的噩梦，虽然真理军不会打大仗，正面作战也基本无能，但是搞这样有心算无心的偷袭，却是并不困难。
特别是真理军士兵手中的武器，很多都是中国和前苏联出产的自卫队神器，几个家伙背着一门迫击炮就出来了，看到游荡进城里的自卫队员，就支起小炮，朝着他们放一炮。60的迫炮炮弹威力不算太大，但是却让也没怎么经历过战争的自卫队员大为惊恐。往往真理军放过几下迫炮之后，就是轻重机枪在固定好的位置朝着自卫队员扫射。
自卫队员的战争经验甚至还不如一些真理教士兵，被这种打法打得神志不清，也损伤不小。或者有一些真理教士兵更加光棍，背着不用炮架的中国107火箭弹，直接用引信发射，一个人扛着两个炮弹也能跑，看到自卫队就开火。自卫队被这种在城市的每个角落都可能出现敌人的战斗十分不适应，东京巷战开始的10个小时内，自卫队前线指挥官不得不向统合幕僚监部申请，以破坏建筑物为方式，为自卫队员们开道。
可是这样的手段肯定不能实行，东京市是日本的精华所在，而且也是各大财团株式会社的利益所在，以日本这种盘根错节的政商关系，富豪们得知自家写字楼、旺铺要被自卫队拿炮弹炸掉，而且之后的赔偿还没有个定计，自然不能容许。而统合幕僚监部要做出以毁坏城市为方式的决定，也是压力重大，根本不可能实施下去。
在没办法有效在城市内部推进的时候，自卫队只能为了避免造成更大的损伤，暂时停止了在东京更激进的攻击手段，而是占据一些要点，开始准备步步为营，跟真理教在东京继续打下去。
这不能说是很笨的方法，只能说是比较稳健的策略，可是这样下去，东京必然成为了双方争夺的主战场，而旷日持久的争夺，必然造成巨大的损失，不仅仅是在经济上的。
除了在东京，日本其他一些地区的真理军活动也同样猖獗。他们跟在东京的方略差不多，虽然没有老辣的指挥官青木元的带领，但是打得也并不难看。聪明一点的基本上都能做到踩好点，当自卫队来临的时候，就立即撤退到避难之地。然后继续在自卫队无法顾及的一些地区活动，破坏政府，杀伤公务员，并裹挟信众等。
这种强度的内战，自卫队的规模根本不足以应付，日本就算再小，也有大小市县几千，在一个县混不下去了，以几十人为一个单位的真理军立即转向下一个县活动，继续搞他们的破坏。而真理军所过之地，即便不算是满目疮痍，但造成的影响和伤害也是不小的。
最让日本政府和自卫队头疼的就是，真理军是奥姆真理教的军事组织，而任何一个军事力量，必须依靠于一个什么基干，才能够发展下去。游击战当年在中国可以执行，也是因为有着群众基础。不断扩张的真理教，虽然因为与政府冲突而丧失了一部分信众，但也有相当数量的人因为病毒，或者单纯信仰的问题，对奥姆真理教深信不疑。
而真理军活动的地区，基本上都有奥姆真理教建立的地方教会的。在奥姆真理教公开反叛日本当局后，很多原本还留在外面的地方真理教教会都转入了地下。一些真理教教徒都各自散布在不同的地方，看上去与平民无异，但是当真理军和真理教需要他们的时候，他们便跳出来提供各种援助，包括提供物资，提供情报等。
这也使得自卫队对于真理军的清剿变得异常困难，就如同当年日军在中国清剿土八路一样，有民众支持、遮掩的游击队，很难消灭。更何况日本比之当年中国算得上是建筑鳞次栉比、楼宇林