朱由检用各地送到南京的老兵和军官，共计上千人，还有从新兵里面选拔出来的考核甲等的优秀士兵，组建起了这二十五万军队的军官阶层。
其中实力最强的当属指挥南京守卫任务的李守荣的第一军，麾下六万军队全部都是精锐。
各军统一听命枢密院的作战指挥，至于各地方的军队，朱由检则没有令他们整改，暂时按照原有的编制训练作战。
朱由检知道明军想要走的更远，就必须要接受现代的军事体制，如果继续使用原有的体制，不仅会限制明军，最后还会导致明军堕落腐败。
大明朝的卫所制度就是如此，最后很多卫所荒废，士兵成为了军官的私人财产，甚至给军官干私活，当初的京城的京营就是如此，很多士兵都成为军官的奴隶，整日去给军官干私活挣钱，今天去跑一趟货，明天盖个房子。
所以朱由检直接废掉了原有的编制，全面采用现代军制，同时令枢密院统兵，军队遵循军衔指挥原则，一切听命于军衔最高的人，同时执行严格的考核制度，制定军官的上升通道，定期举行军官招募考试，让普通士兵都有机会参加，只看成绩和武艺，不再看出身。
还有一个重要的改革就是军饷的改革，以前军队的军饷都是有上官发放，但是这也往往会让军队成为上官的附庸，也就是说谁直接发钱，谁就是主人。
朱由检将军饷的发放全部收回，统一由不统兵的兵部来发放，每个士兵按月就可以到兵部领取一张军饷券，和银票差不多，然后随时都可以去府库兑换粮食，而且朱由检明确规定，军饷券就有钱币价值，可以从大明治下的钱庄兑换银两。
朱由检在南京城折腾了两个多月，才将这套全新的制度落实完成，成果也非常明显，军官士兵面貌焕然一新，军队士气立刻得到了提升。
但是朱由检的改革也直接触动了很多传统官员思维底线，他们认为朱由检这是在颠覆祖宗宗法社稷。
其中反弹最大的当属东林人，他们认为朱由检这样的改革将直接让皇帝掌控兵权，这是对文官集团最大的威胁，从此之后文官将无法指挥控制武将，这是文官最不愿意看到的局面。
尤其是东林人，整天上书劝阻朱由检的改革，认定枢密院当归属内阁统御，同时废除参谋部，因为一个参谋部就将他们这些文官事情拿走了。
在文官眼中，士大夫治天下才是正道，所以军国大事一切都应该是文官士大夫来制定，，那些武将只是附庸执行的人。
但是现在冒出来一个参谋部，将分析敌情，制定作战机会，为皇帝出谋划策的事情全部都承担过去了，那他们这些文官还干什么？
不仅是东林人，朝堂上面的很多官员都对朱由检的这种军队改革很不满，甚至认为可能会让将军队失控，或者是让枢密院成为另外一个内阁，和内阁对抗。
就是一向沉稳的范景文，都对朱由检的改革提出了异议，他认为朱由检的改革太过冒进，让枢密院和参谋部的权利过大，很可能导致军队失控。
其实朱由检完全明白这些文官的劝阻是为了什么，因为他们不愿因看到武将和他们平起平坐，从宋朝开始，武将就是文官集团的附庸，这已经延续了数百年。
但是朱由检直接改变了这一切，枢密院和参谋部直接对皇帝负责，皇帝和文官斗争了两百多年的大明朝，此时皇帝一下子掌握兵权了，这不仅让皇帝权利更加巨大，还让武将也有机会和文官们平起平坐了。
这些都没有说动朱由检，朱由检还是在两个月内完成了改革，将南京地区的二十五万军队全部整编完成，然后开始训练作战。
朱由检非常清楚，现在必须要重用武将，如果大明朝继续让这些文官掌权，在那里纸上谈兵，最后真的就要灭亡了。
看到皇帝“执迷不悟”，不满的东林人已经无法忍受，不仅是因为朱由检的军队改革触动了文官集团利益，更重要的是朱由检来到南京之后，没有重用东林人，所以他们坐不住了，他们要行动了。
(本章完)