年后2月14日，在瑞士的中立法庭结束了案件的审理，宣布当事的80名南斯拉夫军人中的15人有严重罪行，其中10人被判处死刑，5人无期徒刑，另外还有35人是轻度罪行，分别被判了年到2年的徒刑。剩下的40人被宣布无罪释放。而新欧洲联盟军团在这一事件中负有不可推卸的责任，被判向克罗地亚受害者赔偿高大50亿新欧元的赔款。瑞士法庭的判决虽然满足了克罗地亚的要求，但是却不能被南斯拉夫所接受。
2月日，南斯拉夫爆发了更大的新闻，南斯拉夫揭lu了克罗地亚游击队在南斯拉夫境内所犯下的暴行，当然，同时提供了详细的证据，并有人证！而克罗地亚政府表示这并不是克罗地亚政府的行为，克罗地亚并不会负责。
2月25日，南斯拉夫把克罗地亚游击队的罪行提交瑞士的国际法庭，要求对克罗地亚审判，但因为这并不是克罗地亚政府行为，所以瑞士国际法庭表示只可以对那些游击队员进行审判，而不应对克罗地亚有所指责。但是这些证据并不能证明是哪支游击队，哪个游击队员干的，所以并没有多少法律上的效力。南斯拉夫对他受到的不公平待遇表示了严重的抗议。
3月5日，南斯拉夫的敌后游击队在克罗地亚境内开始了大规模的破坏活动。克罗地亚遭受了严重的打击与损失，这主要是发生在边远地区，克罗地亚政府军根本拿这些来去无踪的游击队没有丝毫办法。而对这些游击队进行追击时，到达南克边境的时候总会受到新欧洲联盟军队的阻拦，而放跑了南斯拉夫游击队。
4月日，克罗地亚表示新欧洲联盟军队是在帮南斯拉夫游击队对付克罗地亚，要求新欧洲联盟军队撤离克罗地亚，不然对新欧洲联盟军队的安全不负任何责任。
4月21日，新欧洲联盟表示，他们的军队并没有帮助南斯拉夫游击队进行对克罗地亚的打击报复行动，只是在维护边境地区的安全与稳定。而新欧洲联盟军队并不怕克罗地亚的威胁，而将在南克边境继续执行任务。同时宣布在南克边境的新欧洲联盟军队将增加到25000人。
5月5日，一支0人的新欧洲联盟军队的巡逻队在克罗地亚境内距离南克边境线5公里的地方受到克罗地亚游击队的袭击，新欧洲联盟军队的巡逻队在救援部队的支援下，打退了克罗地亚游击队的袭击，虽然击毙了多达30名的游击队员，但自己也死亡12人，受伤50多人，2辆装甲车被击毁。到5月底，一共有多达16支的新欧洲联盟军队的巡逻队遭到了克罗地亚游击队的袭击。
6月1日，新欧洲联盟就自己巡逻队遭受克罗地亚游击队袭击的事件发表了声明，表示如果克罗地亚不能控制好自己国内的人民的话，那么新欧洲联盟将“帮助”克罗地亚政府来干好本应该是他们自己的事情！新欧洲联盟已经完全愤怒了，在5月中，新欧洲联盟已经向克罗地亚发去了几次外交照会，要求克罗地亚约束其游击队，但是都没得到克罗地亚方面满意的答复。
6月7日，新欧洲联盟在南克边境地区的军队已经增加到了5万人。新欧洲联盟已经开始准备对在克罗地亚境内的克游击队展开报复打击了。
6月9日，新欧洲联盟军队对在克罗地亚境内的克游击队基地进行了打击行动。在空中战斗机的支援下，新欧洲联盟的地面进攻取得了一定的成效。克罗地亚国防军也起飞了战斗机对新欧洲联盟的攻击飞机进行了拦截行动，但是在被迅速打下了3架后，克罗地亚空军就再也不敢出动了。此战，新欧洲联盟一共清除了克罗地亚3支游击队，消灭了8个游击队基地。这是远远不足的，据新欧洲联盟的军事专家估计，克罗地亚人数在1000人以上的大型游击队至少有8支以上，还不包括那些只有几十人的小部队了。
7月26号，新欧洲联盟对克罗地亚非政府游击队的打击结束，在一个半月的行动中，新欧洲联盟军队一共清除了10多支克罗地亚大小游击队。消灭战斗人员多达00多人，俘虏5000多名游击队员，其中大部分是克罗地亚正规军的退役人员。而新欧洲联盟的军队主要是依靠空中打击来进行反游击战的，所以自身伤亡微乎其微。但是克罗地亚的2支最具实力的游击队却逃过了打击。新欧洲联盟怀疑这2支游击队是由克罗地亚政府军直接改建的！
7月日，新欧洲联盟公布了反游击战的结果，并且表示如果克罗地亚还继续在暗中支持游击队袭击新欧洲联盟部队的话，那么新欧洲联盟的打击报复范围将不只限于游击队上。同日，克罗地亚对新欧洲联盟的指责进行了反击，表示克罗地亚并没在暗中支持任何对新欧洲联盟军队进行袭击的行动。
9月2日，平静了一个多月的南克边境再次出现战火。一支在南斯拉夫境内距离南克边境线5公里处巡逻的新欧洲联盟军队受到了游击队袭击，而后在赶来的南斯拉夫内卫部队的帮助下赶跑了这支游击队。事后确认是克罗地亚游击队“克罗地亚