瓦岗军中因为这次叛乱，大营里一片狼藉。为了防止唐军和河北军再次对瓦岗军发动突袭，沈厚让秦琼和李靖等人安排各位将领坚守大营，一边安排其他的人整理大营，安抚伤者，抚恤死者，甄别遗留的不稳定分子。沈厚看到因为他的一念之仁对瓦岗军造成这么大的伤害，十分自责。他更深深责怪自己的疏忽，明知道这些反王野心不小，却没有认真监视他们。
现在这些损失都能看的见，摸的着，而其它一些无形的损失更加巨大。这次事件后，瓦岗军和唐军、河北军完全撕破脸，绝对不可能再联合起来对付杨广，天下局势将更加扑朔迷离。为了阻止瓦岗军夺玉玺，沈厚相信唐军和河北军必然会联合的更加紧密。天下间将会出现四股大势力，瓦岗军、唐军、河北军和隋军。而河北军因为窦建德的回归，再加上其他的一些反王力量至少和唐军差不多。有了这两个势力对瓦岗军的掣肘，杨广必然能挺过这次的玉玺大会。
原本对瓦岗军一片大好的局势不复存在。不过沈厚从窦建德和唐军、河北军的配合来看，这次是他们一次有预谋的行动。首先是李元霸对瓦岗军发动攻击，随既窦建德等人就开始发生叛乱，接着河北军又来接应。如果这些不是事前商议好的，绝对不可能这么巧。哪么谁在其中起到了穿针引线的作用呢？对了，他想起在叛乱发生时，大营外面想起的号炮声。沈厚这时才明白这些人怎么能够这么巧一起动手了。看来李世民和苏烈一直以来就把瓦岗军作为对手，根本就没想过和瓦岗军有什么合作。以前那些反王对瓦岗军就十分忌惮，不过没有来得及使阴招，就被一出鸿门宴给一网打尽。
这次李世民和苏烈勾结窦建德等人，却抢先下手。这次造成的恶果， 最主要的是打破了以前的格局，从此瓦岗军再也没有了盟友。 以前和他们还能面和心不和，现在连表面的一团和气也没有了。等大家把一切善后工作做完后，沈厚立即召开了主要将领的大会，商讨瓦岗军以后的政策和路线。会议一开始，沈厚先做了自我批评，并请求免除自己的领导职务。
听到沈厚请求免除自己职务， 下面立刻传出嘈杂声。他们觉得瓦岗军能取得现在这么大的成绩和沈厚的谋划和努力分不开，而且不少人都是他招揽到一起的。即使原瓦岗军的人在和二贤庄合并后，沈厚也是一视同仁，不分亲疏。而且瓦岗军的财富和军械改造革新也是沈厚他的贡献最大，就连瓦岗军的思想教育都是他主抓的。最关键的是瓦岗军发展的方向是他指定的，也是他引导的。现在他想撂挑子，哪以后谁来为瓦岗军掌舵呢？
徐茂公首先就不乐意了，说：“窦建德等人贼心不死，找机会叛乱，咱们防得了一时，防不了一辈子，和你又有多大的关系？而李世民和苏烈一到扬州就狼狈勾奸，和咱们分道扬镳也是早晚的事。沈校长不必自责。”转回头他又对着大家问：“是不是？”
“对！他们就是白眼狼！”
“对！校长就是太心慈手软，早就应该送他们见阎王！”
“对！以后就让他们知道马王爷的第三只眼！”
“不如今天晚上就让我们炮兵。
“好！我同意！”
“我支持！”……
“大家静一静，不同意校长摞挑子的举手。”秦琼打断了大家的争吵，让大家一起表决。
结果毫无悬念，大家都赞成他继续领导瓦岗军。因为这些班底都是从二贤庄开始积累的，大家全都知根知底，也有惯性思维的影响，已经习惯了沈厚领着大家干，所以他们也没有想着要换人。再往坏了说，也没有合适的人选能顶替沈厚。徐茂公就是天生的军师，秦琼做元帅似乎都不如李靖，李靖和张仲坚刚加入瓦岗军没有多久，自然更不合适。还有就是魏征、房玄龄等等，总之就没有合适的人选。这些年，沈厚已经把这些人养刁了，没有新思想，新想法，不能总走在大家前面，是没有资格担任瓦岗军领头羊的。
重新确立沈厚的领导地位后，接着就要对瓦岗军下一步的行动做出具体的规划。因为今天的事件，天下形势必然会变得更加严峻。为了瓦岗军和天下的黎民百姓，必须要审时度势，提前做好各种预案，以应对复杂的形势。
瓦岗军众将纷纷踊跃发言，一致认为唐军和河北军彻底同他们决裂了。再加上扬州城里虎视眈眈的杨广，瓦岗军在这里就被三个对手包围着。如果李世民再和杨广联合起来，瓦岗军的形势还要进一步恶化。于是徐茂公建议瓦岗局尽快撤军，要在他们三方还没有结成同盟以前就摆脱他们的包围圈。
想到隋军、唐军和河北军有可能联合，大家都赞成徐茂公的意见，尽快撤军。有的将领这时候还念念不忘玉玺，认为可以他们也会因为玉玺而难以联合起来。不过，更多的理由表明，李世民和窦建德等人绝不会让瓦岗军抢到玉玺的。换位思考一下就很容易想清楚，目前瓦岗军一家独大，再抢到玉玺，这天下还不成了瓦岗军的吗？为了他们的荣华富贵，李世民和窦建德很可能会和杨广结盟。只有打垮了瓦岗军，他们几个势力才有争夺天下的可能。
最后会议一致通过，撤军到东岭关，截杀唐军。玉玺和杨广只能暂时放过。只有消除了瓦岗军对唐军、河北军和隋军的威胁，他们才有可能再起纷争。本来他们就代表了不同的利益