634年，长孙皇后陪同李世民巡幸九成宫（即隋朝的仁寿宫，在今陕西麟游），在回来路上受了风寒。引发了旧病。从此一病不起。在重病中，她还驳回了李世民以大赦天下来为自己祈福的决定。在弥留之际，她还殷殷嘱咐李世民：
“一、要善待贤臣，不要让外戚位居显要。
二、请求死后薄葬，一切从简。随便找座山依山埋葬。免得占用耕地。不用棺椁，陪葬器物用陶瓦或木头的就行，以免浪费财物。
三、要继续宽容地对待忠臣和进谏，不要听信谗言。
四、要少出游、打猎，少大兴土木。
这样，就是没有忘记我，我就死而无憾了。”
长孙皇后的政治遗言，在历代后妃中是最全面、最朴实，也是最让人感动的。史学家称其为“贤德良佐，内助名君”。
贞观十年（636年）盛夏六月。中国历史上最具贤名的皇后——长孙皇后逝世于长安皇宫立政殿，年仅36岁！殿内的李世民禁不住心中的哀伤，放声痛哭。这哭声没有丝毫的虚伪或掩饰，悲痛欲绝。在与李世民共同生活的23年中，长孙氏起到了外人无法代替的作用。那一桩桩、一件件，此时此刻在李世民的脑海里历历闪现，都令哀痛之中的他刻骨铭心。他曾在《答魏征手诏》中，公开表露心迹、向大臣们诉说起自己丧偶之后的悲苦心情：“这几年来，灾祸和战争比较频繁，我又缺少贤内助。老百姓受到损害。我的悲痛更加强烈。只要是个正常人，谁能承受这种巨大的哀伤？长孙皇后已经去世好几年了，我还是经常触物生情、睹物思人。从那以后，我就经常心事重重、精神恍惚、吃不香睡不着”。真可谓“字字含血泪”。看后令人不免唏嘘。
当年十一月，根据爱妻因山为陵的遗言，李世民将她埋葬在九嵕（zong）山（在今陕西礼泉县）上，称为昭陵。李世民去世后，也葬于此。但是，李世民并没有完全遵照长孙皇后的意思办理后事。昭陵气势十分雄伟宏大。并在墓园中特意修了一座楼台，以便皇后的英魂随时可以凭高远眺。这位圣明的皇帝想以这种方式来表达自己对贤妻的敬慕和怀念。李世民亲自写了表文以示哀悼，并让人刻成石碑立于昭陵，表彰皇后的克己奉公和严于律己。
长孙皇后下葬后，李世民又做了几件前所未有的事情：
其一，他在陵寝外的栈道上修建了起舍，命宫人居住其中，如侍奉活人一般侍奉皇后。
这种对已逝之人却供养如生的例子极其少见，几乎为李世民首创。可见在他心里，爱妻永远是活着的。
其二，他在宫中建起了一座高楼——层观，终日眺望昭陵。
有一次，李世民和魏征一起登上这座宏伟的高楼眺望。魏征说：“我老眼昏花，什么都没看见”。李世民只给他看，魏征说：“这是昭陵吗？我还以为陛下您思念太上皇，眺望献陵呢。要是昭陵，我还是没看见！”李世民没办法，只好含泪派人毁掉了层观，这就是历史上有名的“望陵毁观”。我们从中既能看到李世民对长孙皇后的追思之情，也能看到李世民只想妻子不想父亲的行为是违背礼教传统的，不对等的。在那个“以孝为先、夫不祭妻”的时代里，李世民如此大张旗鼓行为被人讥讽也是在所难免的。其实，作为帝王他对此规则岂会不知，但他还是毫不避讳地作层观、望昭陵，还拉着大臣一起来怀念。如果不是用情太深，情难自已，又怎么会明知故犯呢？这也正是李世民的可爱之处和人性的闪光点，只是他对父亲确实刻薄了些。
其三，李世民还做了一件旷古绝今之事——亲自抚养长孙皇后的yòu_nǚ晋阳公主和幼子李治。
李世民因为爱宠其母，所以亲养其子、以子思母，借此来慰籍自己苦闷和空虚心灵，这在历代帝王中是从来没有的。不过这种慰籍法，只能是举杯消愁愁更愁。也因为他的这种心情，即使在长孙皇后去世后多年，后宫依旧没有为他生下一男半女。
长孙皇后先后为李世民生3子4女。3个儿子分别是后来的太子李承乾、魏王李泰、晋王李治。贞观十四年（640年），长孙皇后的次子李泰和哥哥李承乾争夺太子之位。为了讨好其父。李泰在洛阳大兴土木，修建了伊阙佛龛，为母亲祈福。这时，长孙皇后已经过世5年多了。李泰夺嫡抬出了已过世多年的母亲讨好父亲。这足以充分说明李世民对他的爱妻是多么痴心长情，不仅没有人走茶凉，她的子女在她身后仍因为父亲对母亲的深爱而备受呵护，而嫡子们对母亲的态度甚至能影响太宗对他们的宠爱度。
长孙皇后对于自己掌管的宫人嫔妃非常仁慈，却敢于在其著作《女则》中毫不留情地指摘东汉明德皇后（东汉明帝刘庄的皇后。名将马援之女）的过失。她认为马皇后不能抑制外戚，致使他们权势熏天。她的《女则》，记录了古代后妃的得