西突厥援兵听说侯君集已经兵临高昌，竟然不顾盟友，西逃千余里，只留下高昌军队孤身面对唐军。
唐军填平了城壕，抛石车开始了照常作业。又建造了十丈高楼的巢车，可以俯视城内，指挥抛石车的落点。巨石所至，血肉横飞，
吓得高昌人纷纷躲进屋内。冲城车撞击城墙，城墙一片片坍塌，高昌人眼睁睁地看着，却丝毫无能为力。鞠智盛看着、听着，终于精神崩溃，
他黯然出城，向唐军投降。侯君集调兵遣将，攻下高昌的其余地盘，高昌国灭亡了，东西八百里、南北五百里的高昌国并入了大唐的版图，
唐军得高昌三万七千七百人，克高昌二十二城。贞观十四年，唐太宗在高昌旧地设置西州，在交河城（今新疆吐鲁番西）设置安西都护府。
史书上曾记载了一则轶闻，预言了高昌国的消失，这就是曾流行于高昌国的一首童谣，“高昌兵马如霜雪，汉家兵马如日月。日月照霜雪，回手自消灭”。