再后来黄巢攻进长安，他所在的军队又奉命前去围剿黄巢，并一不小心，打败了黄巢的将领尚让。这次李茂贞立下战功，被封为神策军指挥使。
光启二年（886年），静难节度使朱玫联合河东节度使李克用、河中节度使王重荣、凤翔节度使李昌符反对田令孜。田令孜挟僖宗逃往凤翔，朱玫拥李煴为帝。自任侍中，专断朝政。
李茂贞时为神策军扈跸都将，带领所部担任了唐僖宗的贴身保镖，抵挡朱玫手下大将王行瑜的追兵。
不久，王行瑜倒戈杀了朱玫。李茂贞因功被任命为武定节度使，也就是这一次，被唐僖宗赐名为李茂贞，还赐字正臣，也就是正直大臣的意思。
从此，李茂贞便凭借这些常人所没有的荣誉和雄厚的实力割据一方。光启三年（887年），唐僖宗返回长安。
经过凤翔时，凤翔节度使李昌符领兵拦截，和护驾的先头部队发生冲突，李昌符兵败退去。唐僖宗很生气，让李茂贞领兵猛追，
李茂贞也没有辜负主子的期望，歼灭了李昌符的残部，还顺带把李昌符的项上人头拿回来献给僖宗。唐僖宗龙颜大悦，加封李茂贞为凤翔和陇右节度使。唐昭宗大顺元年（890年），李茂贞受封为陇西郡王。
李茂贞从此便将凤翔当作他的革命根据地，全力经营，并趁机兼并其他公司，扩充地盘。宦官杨复恭在朝廷无法立足。跑到养子兴元节度使杨守亮那里，一起反叛。景福元年（892年），李茂贞攻克兴元府，
斩杀杨复恭父子。遂兼并山南西道。成为关中一带最具实力的藩镇。然后李茂贞又先后攻占了凤州（今陕西凤县西北）、洋州（今陕西西乡）和泾原（今甘肃泾川北）三地，
势力进一步扩大。水往低处流，人往高处走，李茂贞是个追求进步的好同志，这时候的李茂贞也开始不满足于称雄一方，因为离长安很近。他把目光定向了不远处的朝廷。朝中一些大臣为了巩固自己的权势，
也跟李茂贞眉目传情，暗送秋波，联合他对抗其他大臣，这使李茂贞更加骄横。当时唐昭宗刚刚继位，年轻气盛，看李茂贞这么不可一世，就非常生气，
下诏命李茂贞调任山南西道节度使，凤翔节度使由徐彦若来接替。李茂贞拒绝上任，并上奏章说：“我怕将来军情有变，军队难以控制，只会使百姓遭难，到时陛下车驾远行，又到哪里前去避难呢！”恐吓，这是赤裸裸的恐吓，唐昭宗见李茂贞如此不尊重自己，
便将宰相杜让能叫来，商议如何教训一下这个悖逆之臣。杜让能原来曾领兵讨伐过李茂贞，结果趁兴而去，大败而归，被李茂贞打怕了，现在听到李茂贞的名字都要吓得哆嗦半天，
所以建议说：“李茂贞势力强大，我们无力对付，况且凤翔离京城又这么近，万一出兵失利就无法收拾残局了，
到时候即使像当初汉景帝那样诛杀晁错以像诸侯谢罪也来不及了。”按理说，杜让能说的话还是很中肯的，敌人就在家门口，没有把握就挑衅容易引狼入室，惹祸上身。
但唐昭宗毫不退让，冲着杜让能大叫：“我不能软弱地坐受其辱！”景福二年（893年），昭宗出兵讨伐李茂贞，但反为李茂贞所败。李茂贞领兵进军长安兴师问罪，唐昭宗一看这下玩大了，
赶忙杀了两个枢密使，请求李茂贞退兵，李茂贞却说主张发兵的是宰相杜让能，一定要杀了他以谢罪。躺着也中枪啊，杜让能可是无辜的和平使者啊，不过他一看这次是躲不过了，索性腰杆一硬，站了出来，用性命为唐昭宗化解了一难。
后来，李茂贞又跟李克用发生冲突。当时的河中节度使王重盈死后，他的儿子王珂和王珙争夺节度使之位。
因为有李克用的支持，唐昭宗便将节度使给了王珂。李茂贞站在王珙一边，见唐昭宗将节度使给了王珂，便和王行瑜、韩建一起到长安兴师问罪，逼着皇帝改换节度使人选，又逼着唐昭宗杀掉了两个宰相李溪和韦昭度。
这年头的宰相也真是不容易当啊，天子牛的时候，宰相还可以狐假虎威，天子弱的时候，宰相只能给天子挡枪子儿。
李茂贞让自己的养子李继鹏留守京城，自己回到了凤翔。李克用闻讯也带兵前凑热闹，李茂贞知道打不过李克用，便杀掉了李继鹏向皇帝谢罪。李克用让唐昭宗下令追杀李茂贞，唐昭宗这次又纠结了，
他一直在各方势力面前玩权力平衡，生怕一方做大以后，自己被牵着鼻子走，这次亦然，他怕除掉李茂贞后，李克用就势大无法节制，于是就想保存李茂贞以牵制李克用。他让李克用撤兵回去，
李克用走的时候怨恨地说：“不杀李茂贞，京师一带便无宁日。”这次，李克用说对了，他走没有多久，李茂贞又骄横起来。明白枪杆子里出政权这一铁的真理后，唐昭宗便招募军队，让皇族统辖。
李茂贞心虚，以为皇帝是在防备自己，于是先下手为强，再次领兵进攻长安，刚招募的军队还未亮剑，便夭折了，士兵纷纷作鸟兽散。于是逃命皇帝唐昭宗只好再次出逃，投奔华州韩建去了。李茂贞进入长安，纵兵抢掠，许多宫