此后，杨复恭和昭宗的矛盾逐渐公开化了。杨复恭写信给他在各地的干儿子们，让他们拥兵自立，不给朝廷进贡。昭宗也毫不示弱，于大顺二年（891年），
夺了杨复恭的兵权，转而派他到凤翔去做监军。杨复恭针锋相对，留在长安拒不上任，同时，上奏要求回家养老，
以此对昭宗进行要挟。昭宗也不吃他这一套，当即同意了他的请求，免去了他的官职，只给他留了一个上将军的空闲职位
。杨复恭看到偷鸡不成反蚀了把米，恼羞成怒，派人将宣布皇帝旨意的使臣杀死于归朝途中，然后自己逃到商山隐居。
不久，他又回到长安昭化坊的官邸，其官邸距离玉山军营很近，他的干儿子杨守信是玉山军使，经常到他家中探望。
杨复恭还给他的侄子兴元节度使杨守亮写信，指示杨守亮要“积粟练兵，不要进奉”，公开和昭宗抗衡。
这时候，有人向昭宗密报杨复恭同杨守信合谋造反。昭宗正在等待最有利的时机，于是他乘机把以往搜集到的杨复恭的罪证连同谋反的消息一同公布，
派杨守立等人带兵前去逮捕杨复恭。杨复恭令其家人抗拒官兵，杨守信也带兵前来助战，双方发生大战，打了一天一夜。
这时，守卫城门的禁军想趁乱打劫，昭宗命令宰相刘崇望率军守护财物，
防止有人抢劫。刘崇望看到禁军想要动手，斥责道：“皇帝正在亲自督战，你们都是皇帝的宿卫之士，应当前去杀贼立功，
而不是趁火打劫。”众军士都表示愿意听命，跟着刘崇望前去助战。杨复恭看到刘崇望带兵增援，自料难以继续对抗，
于是带领全家出逃，直奔兴元。杨复恭到达兴元后。纠集兵力，向朝廷开战，昭宗也借助各地节度使的力量与之对抗。经过一年多的战斗，杨复恭的军队被李茂贞打败。
最终。杨复恭在逃亡途中被捉，当即被斩。
杨复恭出逃后，杨守立也失去了利用价值。昭宗命令两军中尉对他予以铲除。
两军中尉以昭宗的名义诏他入宫觐见，杨守立带了三百士兵来到宫门，宫门侍卫拦住随行军士。只让他一人进宫。杨守立一进宫，即被埋伏的士兵所杀。
杨复恭的事情刚刚摆平，新的危险又来了。此时的李茂贞已经被加封为陇西郡王，势力有了更大的发展，
他开始插手朝廷大事，有了当皇帝的意思。景福二年（893年）七月，李茂贞在一封写给昭宗的信中嘲笑朝廷软弱可欺，信的结尾就是那句名言，“未审乘舆播越，自此何之！”。
唐昭宗勃然暴怒，与宰相杜让能商议怎么惩罚李茂贞，杜让能却进谏道：“陛下初登大宝，国难未平，茂贞近在国门，
不宜与他构怨，万一不克，后悔难追。”昭宗大骂杜让能：“王室日卑，号令不出国门，这正志士愤痛的时候。
朕不能坐视陵夷，卿但为朕调兵输饷，朕自委诸王用兵，成败与卿无干。” 战争是打响了。但朝廷的军队还是以失败告终，
李茂贞领兵进军长安问罪。虽然皇帝说过卿但为朕调兵输饷，朕自委诸王用兵，成败与卿无干，但宰相杜让能还是站了出来，用性命为昭宗化解了一难。
乾宁二年。李茂贞又指使宦官杀死了另一个宰相崔绍纬，再次移师长安，昭宗被迫逃往河东去寻求李克用的庇护。刚走到半路被李茂贞的盟友、华州刺史韩建追上，
韩建恐吓昭宗说：“车驾渡河，无复还期。”随后挟持昭宗于乾宁三年七月十七日抵达华州，唐昭宗就这样被幽禁了将近三年。
乾宁三年（896年）九月，占据汴州的朱温、河南尹张全义与关东诸侯纷纷上表，说关中地区有灾，请车驾迁都洛阳，并说已经着手缮治洛阳宫室。
这个时候，昭宗为了保障皇室安全，一度想任用宗室典掌军队，因阻力重重没有实现，却给宗室诸王带来了灭顶之灾。
乾宁四年（897年），韩建要挟昭宗将宗室睦王、济王、韶王、通王、彭王、韩王、仪王、陈王等八人囚禁，他们所统领的殿后侍卫亲军两万余人也被迫解散，昭宗还不得不在韩建的要求下，
将德王册封为皇太子，并进封韩建为昌黎郡王，赐“资忠靖国功臣”。这年八月，韩建又因私怨，借口诸王典兵导致“
舆驾不安”，勾结刘季述假传皇帝命令发兵将通王、覃王已下十一王及其侍卫，无论老少统统杀死，而韩建仅以诸王“谋逆”告诉昭宗了事。当韩建发兵围攻诸王的住所时，
宗室诸王惊惧万分，披发逃命，沿着城垣大呼：“官家（宫中对皇帝的称呼）救儿命。”有的还登屋上树，以图侥幸。
景况之惨痛，使人叹息。即使这样，昭宗仍委曲求全，以韩建为守太傅、中书令、兴德尹，封颍川郡王，赐铁券，
并赏赐他御笔书写的“忠贞”二字。
这一年朱温占据东都洛阳，局势发生了重大变化。这导致李茂贞、韩建和李克用建立暂时的联盟，
他们决定宁可让昭宗回到长安，也不能让他落到朱温手里。于是昭宗在乾宁五年八月回到长安，同时宣布改元“光化”，
以资庆祝。
一回到长安，宦官和官僚们之间的旧有矛盾又引起了另一场危机。光化三年（900年）十一月，
刘季述将昭宗关在少阳院，为了防止昭宗逃跑，又熔铁浇在锁上，每日的饭食则从墙跟挖的小