九月初六的晚上，朱由校躺在乾清宫暖阁的紫檀木带有门帘子的架子榻上。架子榻是一种很舒服的床，它营造了一种密闭空间的舒适感。可惜朱由校还在守孝，为了名声，他还不能宠幸妃嫔。朱由校当皇帝的第一个晚上，他难以入睡，开始思考自己的未来。
当朱由校成为天启皇帝以后，他才开始认认真真得想一想历史书中的明朝是个什么样子。之前当皇长子，朱由校拼命地装孙子，一切低调从事。做的最多的事情，就是闷在屋子里读读古文，练练书法。而现在登基大典已过，朱由校真的是皇帝了，他开始回忆穿越前对明朝的了解。回忆来回忆去，也只是一个模糊的轮廓。如果真的做一个定论的话，朱由校认为明朝是一个稳定的大一统朝代。
汉有王莽篡汉，唐有安史之乱，宋有靖康之辱，清朝就不必多说了，前有三藩之乱，后有白莲教起义、太平天国起义。唯有明朝中间没有什么大的惨绝人寰生灵涂炭的战争。不过从真正的历史上来说，明朝老百姓的好日子快到头了，不久以后来自关外的八旗铁骑将横扫整个中原大地，扬州十日、嘉定三屠等灭绝人性的大屠杀将随之而来。鞑子推行的民族压迫政策直接导致了华夏衣冠被毁、众多的历史文集被毁，何其令人痛心。不过最不可思议的是，鞑子的主体只有十几万人，竟然能征服一个人口将近一亿的拥有辉煌历史的民族，何其可悲。朱由校想既然我来到这个世界，上天又赐予我至尊之位。我就要逆天改命，改的不是我一个人的命，而是我们这个国家的命运。想到这里，朱由校觉得心情舒畅了些，沉入梦乡为明天养精蓄锐。
九月初七，是朱由校第一次在皇极殿上早朝。按照明朝的早朝礼仪，文武官在殿外分东西站立，锦衣卫鸣鞭，依次行礼。行礼结束，四品以上官进入殿内，五品以下官在原地面北站立。有事奏请的，出班，奉毕复班，待锦衣卫鸣鞭后，依次退出。
今天早朝的第一件事就是商议先皇的泰昌纪年，朱常洛称帝的时候，改年号为泰昌，以明年为泰昌元年。可是他嗣服一月即死，距离泰昌元年开始的时间还有整整四个月。而朱由校即位时，又宣布以明年为天启元年。这样一来就产生了父子二代的纪年互相打架的问题：
如果以明年为泰昌元年，则朱由校即位以后，将有一年又四个月的时间没有纪年。
如果以明年为天启元年，则朱常洛的纪年实际上已不复存在。
父传子，子传孙，此为万世之经；帝统必不可缺遗，世系必不容紊乱，此为纲纪之大。为了使朱由校的嗣统具有连续性，维护明帝世系的完整性，必须刻不容缓地解决先皇的泰昌纪年问题。
在早朝上大臣的讨论中，礼科左给事中李若珪提出了一个和稀泥的万全之策。他建议把万历四十八年一分为二，以朱常洛登基之日为界始：八月初一以前称为万历四十八年；八月初一至十二月底为泰昌元年。
李若珪的改元之议提出之后，有人立即表示反对。御史黄士彦说：
“若中岁改元，使人君不得毕其数，嗣君不得正其初，于义为不经。先帝即位一月，善政不胜书，未及改元，修史谁能隐之。臣子乃于后改之，是以过举遗先帝耳。”
而御史左光斗，则不同意黄士彦的说法。他根据唐代“父子共有一年”的先例，上疏赞成李若珪的建议。说：
“今距登基只一日。若今日之议，万历自四十八年，泰昌系以元年。但史自八月一日前仍书万历，自八月一日后至十二月则书泰昌，并行不悖，古今通行。泰昌之于万历，犹天启之于泰昌也。泰昌不忍其亲则存之，天启独忍于其亲则削之，是陷皇上于不孝也，既不忍于祖而于其父，犹之不孝也。忍于全泰昌之孝，而不思所以全皇上之孝，是议者之过也。”
朱由校最后拍板，采取了李若珪和左光斗的说法，继统问题就明确了。朱由校第一天上朝上了一个多时辰就讨论了这么一件事。今天主要是看群臣讨论，早朝是个体力活啊，朱由校累得腰酸背痛。皇帝的御座看似风光实则不然，御座规制巨大朱由校后背根本靠不到椅背，两边也没有把手可扶。朱由校就像坐小板凳一样，有了面子但是活受罪啊。
下朝以后，朱由校第一时间召见了东厂提督太监魏朝。明朝的厂卫开始于明成祖朱棣即位，先恢复了朱元璋晚年罢免的锦衣卫，迁都以后才设立了东厂，赋予东厂提督太监逮捕、刑讯朝野臣民的特权。为了使厂卫权势平衡，朱棣一面令东厂所属吏员由锦衣卫调充，锦衣卫官可通过被调充者得知东厂情况；同时令东厂提督太监监视锦衣卫。借此达到厂卫互相依赖，彼此制约，忠实于皇帝，便以控制的目的。
厂卫的骄横与否，以皇帝的控制程度相区别；而厂卫之间的关系及其权势，又以厂督与卫使在皇帝心目中的宠信地位而变化。朱由校觉得厂卫用的好的话就是皇帝多出来的耳目，帮皇帝刺探天下臣民的情报；用得不好可能就是冤案四起了。但纵观明朝历史，厂卫用的好与不好都没有威胁到皇权。魏朝来到乾清宫向皇帝行跪拜大礼，朱由校看着跪在地上的魏朝，开口讲：
“魏朝，你讲一讲，东厂的职责是什么？”
“回禀皇上，东厂主要工作是刺探外事，百姓小民、富豪财主、文武勋贵、皇亲国戚无所不包。但归根到