若昂万没想到朱由检给他挖了个大大的坑，第一件事就是索要澳门的主权。但说出去的话又没法收回，既然同意了朱由检提出的“和平共处五项原则”，就不能不尊重大明对澳门的主权。
再想到葡萄牙与大明合作的广阔前景，若昂一咬牙一狠心，也只得与朱由检签署书面协议，上书：“如果葡萄牙王国恢复**，将承认大明帝国对澳门的主权，澳门现有葡人之居留权、经商权等问题容后再议。葡萄牙布拉干萨公爵若昂、大明帝国秦王朱由检。”
当然，这第一个条约的签署，也同时确立了另一件事，那就是中国对葡萄牙的称呼不再是“佛朗机”，而是按照葡萄牙语potuguesa的音译，正式改称“葡萄牙”。其实“佛朗机”本是阿拉伯人对欧洲的泛称，即对“法兰克”（fank）一词的转读。中国人不了解西方世界，以讹传讹，把所有欧洲人都称为“佛朗机人”，实乃大谬，朱由检当然要予以纠正。
第一个回合就被朱由检索回了澳门的主权，虽然只是字面上的东西，现在还无法落实，若昂还是感到落了下风。为了争取主动，他立即提出了欧洲人最常见、但也是屡屡被拒绝的要求：请求大明开放通商口岸。
孰料朱由检却一口答应，许诺只要确保葡萄牙商人遵守大明帝国的法律和规定，服从市舶司的监管，在不远的将来，中国将至少开放五处通商口岸，允许葡萄牙人自由出入贸易。
这一点在当时显然是离经叛道的，因为大明立国之后不久，即开始执行闭关锁国的政策，企图用隔绝中外往来的方式，减少外来文明对中华文明的冲击。这一锁就是几百年，直到鸦片战争，西方人用坚船利炮打开的中国的大门。事实证明，闭关锁国是极其愚蠢的鸵鸟政策，不但不能抵御外面的冲击，反而自废武功，让中国在妄自尊大中落后于世界。
所以朱由检早就下定决心要改变这种政策，转以开放的态度面对世界。五口通商只是开始，以后早晚还要实现全方位的开放。至于受到西方文明的冲击，朱由检并不害怕。因为文明的交流与融合是不可避免的，谁更先进，谁就能输出自己的文明。唐宋时期，中国实行的就是开放政策，可恰恰是在那段时期，中华文明在世界上确立了自己的巅峰地位。中华泱泱五千年文明，绝不会因为开放口岸自由通商而消失，这一点朱由检有着强大的信心。
若昂也没想到这么痛快地同意了自己的要求，在大喜的同时也有些懊悔，觉得朱由检关心的只是主权问题，自己还可以提出更高的价码。于是他又提出：希望大明可以给葡萄牙商人免除关税的待遇。
没想到这次朱由检坚决予以拒绝，并声明关税权即是国家主权的一部分，绝对不会放弃。但是朱由检也做出了一些让步，同意自合约正式生效后，十年之内葡萄牙商人予以免税，十年之后再依情势而定。不过朱由检也提出了附加条件，那就是葡萄牙要给予大明同样的待遇，如果大明的商船到葡萄牙本土或其在亚、非、新大陆的领地贸易，要同样予以免税。
若昂沉思片刻，立即满口答应。他的算盘打得很精，心想自己的谈判对手还是比较重“名”，大明现在哪有能远洋贸易的商船？因此所谓相同待遇，其实就是单边待遇。十年的免税，已经能给葡萄牙带来巨大的收益，要知道这个时代的关税动辄都在商品价格的两倍甚至数倍以上，如能完全免税，利润之惊人可想而知。
其实朱由检早看透了若昂的心思。在他看来，大明现在确实没有远洋商队，但并不代表以后一直没有。现在未雨绸缪在条约中做出规定，就省却了日后的麻烦。到时候，恐怕就不是西方冲击中国，而是中国冲击西方了，就像二十一世纪，中国成为“世界工厂”时一样。
接下来，双方又对具体商品进行了商谈。若昂希望能以低廉的价格购进茶叶、瓷器、丝绸等中国传统商品，而向中国出口工艺品、葡萄酒等昂贵的商品，并且要求保持顺差。
朱由检听了微微一笑道：“公爵阁下，以低廉的价格出口商品，这我可以做到；但是您想凭借工艺品、葡萄酒这样的商品保持顺差，恐怕不大可能，因为中国的老百姓不需要这些东西。”
若昂脸色微红，这一点他也清楚得很，欧洲的商品在中国根本就卖不动，所以在贸易中连年逆差，导致大量白银流入中国，这当然是以牟利为最根本目的的西方人所不愿意见到的。他沉吟片刻便笑道：“那么，中国是否需要黑人？黑人身强力壮，头脑简单，很容易被驯服，既可做劳力，又是优秀的战士。如果殿下需要，我国可以大量地贩卖。贵国不是正在和北方蛮族作战么？正好可以让他们上战场，怎么样？”
朱由检当即正色道：“对不起，别的贸易都可以做，惟独奴隶和鸦片绝对不能碰，这不符合我们中国人做人的原则！如果贵国试图向大明走私黑奴和鸦片，所有条约全部作废，大明将视贵国为敌国！”
若昂见朱由检动怒，顿觉十分尴尬，也觉得自己失了面子，不禁沉下了脸，谈判桌上的气氛骤然紧张起来。把马尔蒂尼急得满头大汗，他的目的是传教，如果这两位谈崩了，那他的教也就传不成了。
还是朱由检先打破了沉默，微微一笑道：“公爵阁下不必急躁，你想保持顺差，没问题，不过我们需要的是另外的商品。”