秦兵和白杆兵联军施巧计诱敌深入，在五峰山大破水西叛军。叛酋安邦彦和奢崇明当场殒命，五万多叛军阵亡二万，被俘二万多，只有数千人因为尚未进入伏击圈而侥幸逃脱。
接下来秦兵乘胜追击，而叛军群龙无首，无心恋战，直接放弃毕节向东遁走，秦兵遂顺利收复毕节。
三天之后，朝廷接到秦兵的飞鸽传书，自是一片欢欣鼓舞。自从万历末年在萨尔浒惨败，明军就好像丢了魂一般，溃败、惨败已成家常便饭。此次西南叛乱，有不少官员从内心里已经觉得贵州恐怕要和辽东一样，朝廷将永远失去对那里的控制。
没想到皇帝只派出一万军队，仅仅用了两个多月时间，就在重庆、成都、永宁、毕节连战连捷，歼灭叛军主力，阵斩贼酋，西南叛乱已经接近平定！一时之间，对皇帝的赞誉之声鹊起，即使是平常总与朱由检对着干的那些东林系官员，也纷纷发自内心地上疏颂圣，并请求朱由检对领兵作战的李定国和李来亨大加封赏。
朱由检当然也非常高兴。当初他决意先对西南用兵，遭到很多大臣的反对，认为西南叛军不如后金和流贼对朝廷的威胁更大。如果朱由检当时没有坚持己见，恐怕成都、贵阳等地如今已经陷落，连带着云南也失去联系，对本已危机四伏的大明帝国而言，岂不是火上浇油！现在西南已经基本平定，朱由检就可以专心致志地对付后金和流贼了。毕竟，两个敌人总是比三个敌人要好对付一些。
不过他可没功夫庆祝，因为有很多现实问题还需要解决。首先，贵州尚未完全平定，还有不少残余土兵分布在崇山峻岭之中；其次，兵灾过后民不聊生，如何安抚当地百姓，是一个比平定叛乱更为棘手的问题；第三，也是朱由检一直揪心的，就是秦兵必须立即班师。因为自从得知后金军大败林丹汗后，朱由检就明白，皇太极的进犯已经是迫在眉睫了。
对于贵州残敌，很多官员主张李定国和李来亨继续追剿。在正常情况下确实应该如此，因为秦兵挟大胜之威，又有对叛军丰富的作战经验，理应一鼓作气，将叛军彻底消灭。
但朱由检考虑再三，还是决定立即把秦兵调回。这么做理由有三：第一，叛军主力已被消灭，安邦彦和奢崇明已死，剩下的只是虾兵蟹将，不会再兴起太大风浪。而要把他们彻底剿灭，就必须在贵州的崇山峻岭中层层推进，至少也需要一年以上的时间。而后金入寇在即，朱由检不能把这样一支精锐部队，浪费在这种无关紧要的战场上。
第二，秦兵虽然骁勇善战，然而两个多月以来转战数千里，几乎每天都在急行军，多次战斗中也减员了一千多人，必须立即休整，否则就会累垮。
尤其让朱由检感到焦虑的是，李定国与一些秦兵感染上了疟疾！做为一个穿越之人，朱由检当然知道疟疾的厉害。这是一种通过蚊虫叮咬传播的恶性传染病，本身这种忽冷忽热的症状已经让人非常痛苦，反复发作后还会导致贫血，最终致人死亡。在没有抗生素的这个时代，如果爱将李定国被这种可恶的传染病击倒、甚至失去生命，无疑是朱由检的重大损失，所以必须让他马上返回京师，先把病治好了再说。
第三，则是朱由检对贵州、四川等地土司的深层思索。毫无疑问，叛军都是彝族等少数民族，他们参与了叛乱，但罪魁祸首是安邦彦和奢崇明，其余大多是被蒙蔽和裹挟。现在这两个人已经死了，如果把永宁和水西叛军斩草除根，固然也是一法；但彝人也是大明子民，官军又不是女真人、蒙古人那样的野兽军队，不可能实行全族屠杀政策。
如此一来，就会在彝人心中埋下深深的仇恨。虽然这次叛乱被镇压下去，可是几年、十几年以后，当这些被杀叛军的后代渐渐长大，他们会不会在仇恨的驱使下再次叛乱？
所以朱由检决定攻心为上。他公开降诏，并立即给重庆、成都、毕节等地飞鸽传书，做出以下决定：一，将消极避战的四川巡抚刘汉儒革职，成都知府朱燮元暂时署理四川，陈天工则暂时署理重庆府。二人要尽快恢复当地秩序，让逃难的百姓返回家乡，必要时可与接管蜀王府的锦衣卫商议，暂借蜀王府中粮饷赈济灾民。陈天工还要扼守住奉节，严防流贼从峡江道突入四川。
二，前任贵州巡抚王三善遇害后，贵州巡抚一直空缺。朱由检在毕节设毕节府，一方面是为“改土归流”做铺垫，另一方面也破格提拔傅宗龙为正四品毕节知府，给了他一个合适的身份。然后让傅宗龙暂时署理贵州。
而军事方面，令秦良玉率白杆兵驻于毕节。对于水西残敌，暂时不予追剿，而是给他们三个月的时间投降。只要能主动投降，除了犯有滥杀、奸银妇女等重罪者外，一律既往不咎，仍可为民。如果过了限定时间仍不投降，则由白杆兵坚决予以剿灭。
三，四川、贵州因为兵灾，不但免除一年的所有赋役，朱由检还从内帑银中拨出一百万两，专门用于赈济灾民、恢复生产、重建家园。
四，对于括起兵叛乱的永宁土司与水西土司。将叛乱之罪归于安邦彦和奢崇明二人，不株连其家人，更不迁怒于彝族百姓。对战死的叛军妥善安葬，其家人如果生活困难，亦可由毕节知府酌情赈济。
五，秦兵立即班师。因为也没有别的路好走，只能原路返回。朱由检在圣旨中特意吩