毛利辉元的拦截还是来晚一步，眼睁睁看着织田信长携带八千余众逃入京都，匪首脱逃使得战事的收尾显得不太完美，不过拦截军还是拦住几条大鱼，织田军的主力大将柴田胜家、佐久间信盛、羽柴秀吉、泷川一益、池田恒兴等人皆没有来及逃走，在大军围困下值得束手降伏。
织田军先阵大将森可成很不幸的战死，随他一起战死的还有稻叶一铁、氏家卜全、安藤守就，以及中川秀政、津田盛月兄弟二人，此外西军战死的大将还有波多野秀治、游佐信教、池田胜正，无家可归的朝仓义景不出意外的兵败被杀。
三好义继仗着靠近木津川的优势，带着万余残部拼命的向淀川靠拢，凭着淡路水军参与的内河水军众接应，还就真的让他给逃脱出去，不过逃脱总是要付出代价的，断后的人选被三好家一门众一致投给松永久秀与松永久通父子。
这父子俩被织田信长派来作为与力，时常在三好义继面前拿捏腔调，若不是畏惧织田信长财雄势大兵精粮足，他早就把这可恶的两父子给清理掉，这次逃跑很显然不需要这个吃里爬外的家伙跟随，于是这父子俩就带着本部的三千残部留在木津川“断后”，他们俩所要面对的是来势汹汹的本庄秀纲，这对父子到死的那一刻都没来得及提出自己的降服代价。
三好义继短暂的逃脱并不会给他想要的逃出生天，淀川出海口早就被东军掌握在手里，摄津国原本也已经被东军控制着。即便此刻东军离开摄津放松掌控力。可当地的国人领主又怎么会听从这群败兵的指挥。果然刚逃入摄津国没几天，就被摄津国人设计擒下扭送到阵前。
二十余万大军围困京都，吓的京都城内的町民携家带口的往城外避难，织田信长只得带着八千军势封锁大内里及左京，为的是防止京都的天皇与公卿们转投城外的东军帐下，他的这一做法激起朝廷上下的激烈反对，只可惜他们的反对和风评已经影响不到织田信长了。
当天傍晚，东军从京都七口攻入城内。织田信长下令丹羽长秀、明智光秀各率三千军势抵挡，而织田信长本人则带着两千本阵离开本能寺，进入二条御所挟持足利义昭做负隅顽抗，看着丹羽长秀与明智光秀在分别向南北两个方向离去，织田信长能够暂时放下信众的忧虑，回到二条御所里进餐。
这是二条御所很普通的一顿晚餐，一碗白米，一叠腌萝卜，一条鱼，还有一碗味噌汤。厨师们还别出心裁的准备杨梅数粒作为佐餐食物，织田信长叫嚷道：“有宴岂能无酒。余知道御所里准备了清酒！拿出来！”
织田信长有滋有味的喝着酒品着菜，足利义昭却自始至终沉默不语，直到宴会临近结束的时候，才问道：“织田宰相殿！我们还有翻盘的希望吗？”
“公方殿下以为呢？我信长今天可是饱食一顿，明日若死去也无憾了！”织田信长没有再看足利义昭绝望的眼神，一如既往的大步的走出房间。
当天入夜时分，二条御所里灯火通明，御所外隐约可以听到痛苦的呻吟和铁炮的声响，织田信长在御所里拿着手鼓跳起著名的《敦盛》，浓姬亲自为他弹奏三味线助兴，一群妾侍子女嘤嘤的哭泣着。
“人间五十年与天地相比……”织田信长被哭烦了，呵斥道：“哭哭啼啼有何用处！既然此身注定赴黄泉，那就坦然一些勇敢的面对！”
一场奏乐持续二更方歇，织田信长还特意沐浴更衣，搂着多年没有临幸的夫人浓姬安稳的睡下，这一觉无梦一解多日来寝食难安的苦症，只可惜睡到半夜三更时分，御所内忽然传来一阵喊杀声把他给吵醒了。
织田信长悚然一惊，立刻坐起来喝问道：“东军攻进来了吗？这可是两千军势把守的二条御所，东军到底是怎么攻进来的，又左何在？”
“主公，不好了！是桔梗旗印，明智日向守率领东军杀入御所里来了！”
织田信长大惊失色：“原来是光秀吗？竟会在这个时候带领东军杀入二条御所……”
得知明智光秀率军反叛，织田信长立刻披上衣衫手持弓矢杀出房间，此刻漆黑的御所里四处是熊熊燃烧的火焰，在烈火的照耀下音乐可以看到木瓜纹旗与桔梗纹旗纠缠在一起，远处还有源源不断的白旗飞速赶来，那是东军的主力。
织田信长亲率小姓众死战，所过之处大呼道：“请诸君奋战到底！为了武士尊严也绝不能后退！”
前田利家闻声大惊，急忙呼喊道：“主公快走！”
“砰！”的一声，不知从哪里pēn_shè出的铁炮击中前田利家的后背，这位勇猛的织田军大将便中枪倒地，周围武士救之不及只得咬牙切齿的冲向明智军，他们是如此的痛恨明智光秀，没有他的变节和恶毒行为，织田家或许还有一线生机，而眼下的局势显然不会有任何生还的机会。
织田信长穿着白色单衣手持弓箭迎敌，他的箭术水平相当可观，即便是黑夜里光线不足，相隔三十步开外依然十中七八，身边的小姓背着两壶箭矢供他使用，才一会儿功夫就被他把一壶箭矢用光，倒在他箭下的武士已经超过十余人。
待第二壶箭矢还剩下两三根羽箭之时，强韧的弓弦终究吃不住蛮力而崩断，而此刻东军的武士依然闯入御所中心区域，附近的织田军死伤殆尽，小姓们持刀冲过去阻挡，三两下就被东军的武士杀的一干二净，为首那白甲大将杀