博西勒把朱慈焕押到了巡抚衙门。在巡抚衙门里，赵世显亲自审问，博西勒坐在赵世显旁边听审。
赵世显对朱慈焕的东家问道：“你是什么人？”东家答道：“在下饶阳县令李力远，与王士元是故交了。”赵世显说道：“你是读书人，又是做官的，应该懂得律法，为什么要窝藏这位朱某人，纵他违法？”李力远不知道王士元就是朱慈焕，被赵世显问得一头雾水，便说道：“我平时只知道读书，不问世事。我不认识什么朱某人，也不敢做什么违法的事情。”
赵世显说道：“那你说说，你家请的这个塾师是什么人。”李力远说道：“塾师名叫王士元，字潜斋，南方人，二十年前我在东平与他相识，前年冬天来家里做塾师。他做过什么违法的事，我不知道。”
赵世显又把朱慈焕叫进来。朱慈焕进来之后，赵世显对朱慈焕问道：“你是什么人？”朱慈焕说道：“我是前朝皇子朱慈焕，原本被封为定王，事到如今，不得不说出实情了。”朱慈焕的回答差一点没把李力远吓死。
赵世显与博西勒二人对视了一下，互相点点头。赵世显问道：“朱慈焕，说说你怎么会成了浙江人？”朱慈焕说道：“崇祯末年，李自成包围了北京城。父皇把我交给王内官，我藏身在民间。城破之后，王内官把我献给李自成，李自成又把我交给杜将军。吴三桂打败李自成，李自成逃出北京，当时有一位毛将军把我带到河南，把战马卖掉，买了耕牛，做起了农民。后来朝廷开始清查流贼，毛将军害怕了，丢下我一个人跑了。那时候我十三岁，一个人往南走，在凤阳遇到一位姓王的老乡绅，曾经在前朝做过御史。我在他家住下来，改姓王，这才化名‘王士元’。跟他的孩子一起读书。十八九岁的时候，王乡绅病死，我离开王家，到江南的一处寺院做了和尚。后来遇到余姚一位姓胡的先生，也是官宦人家子弟，把我带回家中，蓄发还俗，还把他的女儿嫁给我为妻。我有几间茅屋，半亩小园。大概的经历就是如此。”
博西勒向赵世显示意了一下，二人耳语了几句，随后赵世显对朱慈焕说道：“现在江南发生了两起反叛，打出的旗号都是要拥戴你为君主，恢复明朝。所以，现在需要带你去对质。”博西勒说道：“你既然是朱慈焕，那就跟我走一趟吧。”
博西勒押着朱慈焕一路南下，王乾元那边在暗中跟着，见博西勒押着朱慈焕并没有往北去京城，而是向南走，王乾元沐来章等人心中甚是疑惑，便继续暗中跟着。
博西勒一直把朱慈焕押到了浙江杭州。到了杭州府，这次朝廷又派了一个钦差大臣穆旦，由穆旦主审。其次除了博西勒还有镇杭将军、两江总督、浙闽总督、江苏巡抚、浙江巡抚等多位大员。
审讯开始时，钦差大臣穆旦便对朱慈焕问道：“你是王士元？”朱慈焕说道：“我本姓朱，名慈焕，改名王士元，是实。”穆旦问道：“你既为朱慈焕，朝廷待你不薄，为什么要谋反？”朱慈焕说道：“我没有谋反。几十年来我改名易姓，只是躲避祸端，我现在已经七十五岁，血气已衰，须发全白，我为什么要谋反呢？清廷有三大恩于前朝，我感戴不忘，何尝谋反？”
穆旦问道：什么三大恩？”朱慈焕说道：“如今皇上诛杀流贼，与我朱家报仇，一也。凡我先朝子孙，从不杀害，二也。朱家祖宗坟墓，当今皇上躬行祭奠，三也。”朱慈焕抬头叹道：“我今年都七十五了，血气已衰，鬓发皆白，我要是造反，为何不趁着当初三藩作乱的时候，反而在清宁无事之日？况且所谓谋反者，必占据城池，积草屯粮，招买军马，打造军器，你看我干过一件吗？这类事情我一样都没做，只是在山东教几个孩童读书，怎么能有谋反之事？”
穆旦听罢下令说道：“把浙江谋反的张某人带来，问他谁是朱三太子。”手下人便把之前造反的张念一带了上来。穆旦问道：“张念一，我且问你，你可知朱三太子是何人？”张念一听罢答不上来，说道：“我们只是借用朱三太子的名义号令百姓，其实并不认识他。”
穆旦又对李力远问道：“这王士元在你家里将近两年，你果真不知道他的底细？”李力远说道：“我曾经做过朝廷的命官，前辈曾经受过朝廷的诰封，朋友与君父哪边轻、哪边重，我还分得清楚。如果我知道他的底细，怎么敢与他棋诗往来，毫不避人耳目？”
穆旦听罢不敢妄自下论，便和博西勒以及其他几个督抚商量，穆旦说道：“各位大人，我觉得这个自称朱慈焕的人说的话不无道理啊。况且几年前皇上还说过要访查一位明朝后代来当官，这个朱慈焕看起来是最佳人选，所以我们还是不要擅自做主。”博西勒说道：“我看还是把审讯记录送到京城，由刑部裁决吧。”穆旦说道：“也好，这个朱慈焕我们还是先好生对待他，给他好吃好喝，等着京城那边的消息吧。”几人点头。
没有太多时日，这边得到刑部那边的判决，博西勒穆旦等人打开一看，上面写着：“朱某虽无谋反之事，未尝无谋反之心。应拟大辟以息乱阶。细询李某，坚供不知情，然在伊家捉获，且住有年余，说不得不知情。合以知情而不出首之例，流徙三千里。”于是博西勒等人带着重兵押着朱慈焕前往京城。
这个消息很快让王乾元等人得到，王乾元等人开始