生化危机这个世界的主线很简单。
具体的说，首先是想要实现自身财富自由讲自己的假老婆变成真老婆的史宾塞利用自身职务便利，盗取t病毒，为了不被人发现，他将t病毒扩散到蜂巢之中，然而他低估了t病毒的危险。
红后为了防止t病毒扩散到全人类，杀死蜂巢之中的所有人并封闭了蜂巢。
其中包括整个事件的罪魁祸首，史宾塞，他晕倒在驶出蜂巢的列车上，身边便是t病毒和一部分解药。
——当然，在轮回者存在的这个世界，t病毒和解药已经不再那个位置了……它在那个资深者少年的储物护腕中。
数个小时后保护伞公司的人派遣一支雇佣兵小队调查蜂巢之中发生了什么。
蜂巢的负责安保的爱丽丝与雇佣兵小队一起进入蜂巢。
在经过与红后一番斗智斗勇后，雇佣兵小队关闭了红后，同时，感染了t病毒变为丧尸的原保护伞员工出笼，开始袭击雇佣兵小队以及与主角爱丽丝一行人。
最终在保护伞生化兵器舔食者的追杀下，进入蜂巢的大多数人死亡，只剩下爱丽丝和马特两个人存活，两人准备在走出蜂巢后便向外界宣告保护伞公司的阴谋，但随即在他们走出蜂巢的时候便被保护伞公司的人逮捕。
第一部至此完结。
之后的几部的内容便简单了许多，首先是t病毒扩散到整个浣熊市，保护伞无法阻止丧尸的扩散，最终无奈之下选择‘核’平一切，但是保护伞公司的人又高估了核武器的威力，或者说，他们选择的那颗五千吨当量的战术级核弹根本就不是为了阻止t病毒的扩张。
核弹那种武器，对人杀伤力范围虽然不小的，尤其是强大的冲击波，纵然只有五千吨当量，强横的冲击波依旧足以将一公里之内的人打成碎肉。
但是对于t病毒感染的生物，在某种情况下只有光辐射和核辐射才能彻底破坏t病毒的结构，而那种杀伤方式受到的影响太大了，只要远离核爆中心，找到一个足够结实的掩体，感染了t病毒的生物完全可以躲开那个灾难。