自从洛克比空难调查开始，就存在着大量的阴谋论解释。其中一个流传比较广的解释是伊朗支持的巴勒斯坦组织策划了这次爆炸，动机是报复当年7月美国导弹打下承载290人的伊朗航空655航班事件，而初始调查也是以此为方向的。这也是动机上最为清晰的方向，毕竟两次空难间隔的时间只有5个月。
不过后续的证据不支持这种解释，而且利比亚也有明显的报复动机，那是洛克比空难事发两年前，美国在对利比亚的黎波里和班加西的空袭中，导致多人死伤，死者包括执政者的养女，其两个儿子也受伤，而执政者本人在轰炸之前紧急撤出住宿地而幸免于难。
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