但首辅人闹别扭，既不找他汇报思想，平常工作中也少了那种亲密无间，劲往一处使那种爽感。朱翊钧发现张居正思想出现问题，就不得不安慰张居正，并给出看似合理的解释。
万历二年年底，借着某次张居正单独汇报工作的机会。朱翊钧问他道：“老先生欲丈量天下，行一条鞭法，原打算何时行之？”
张居正回奏道：“臣欲在万历五、六年时行之。其时皇上必然已经大婚亲政，且东北开发有成，那时却当其时也——到那时皇上再整理江南也不迟。”
朱翊钧听了，温言笑道：“那明年、后年，要用潘季驯治河、治淮、治江，全国大兴水利，阻力最大的将在何处？”
张居正听了，为之默然。朝廷治河，年年都要支出大笔银子。除了正常的费用外，治理河道的上下官、差贪污也是头疼事。另外大量资源要用来赎买豪绅之家，否则好些工程必然干不成——一方面，组织工役需要这些家配合；另一方面，还要防止他们使坏。
为什么他们要使坏呢？因为全国各大小流域，圩田最多的就是这些豪绅之家。普通小民圩田，官府不认账，没有产权的地谁敢种？但豪绅之家不怕，他们经常在朝廷兴修水利的时候留一些不必要得闸门甚或故意造一些豆腐渣堤坝，以便于洪水过去了，他们在防洪工程内圩田引水方便。
朱翊钧道：“朕非是反对圩田，而是反对在泄洪防汛工程内圩田！你也看了潘季驯的奏报，太湖南部的‘横塘纵溇’，既能分山洪激流，又能在旱季利用河渠引水灌溉，诚为两便。”
“然而，潘季驯还奏报了，胡乱圩田危害也大。以皖江支流西河为例，原本有三处入江口。具体地名朕不记得，现在两处入江口都圩了田。洪峰来时，若那两处圩田的坝子溃了——数十万丁口之地立成泽国！”
张居正听了，额头上汗津津的。听朱翊钧继续道：“现在拿徐家作伐子，因为影响力大！从两河一直到江南，谁家地最大？谁家影响力最大？只要把这只猴杀了，其他的斗鸡还敢叫吗？都给朕变成鹌鹑，听潘季驯摆布！”
朱翊钧见张居正脸现苦笑，就缓和了口气。又苦口婆心道：“老先生，朝廷去年卖了天下盐田，得银一千六百万两——其中三分之一还是朕的银子。朕不是个昏君，若这些银子用来修园子，十来年也就败光了！如今用这一大笔银子，在全国兴修水利，就是要收统筹之效——否则年年打补丁，将伊于胡底？”
“朕去年没启用潘季驯，让他全面调查时候就反复告诫，要‘大其心’，通盘考虑治淮、治河、治江事，不必考虑成本。估摸着他没想到朝廷能拿出一千二百万来治河罢？”张居正听了，心说我也没想到。
朱翊钧讲到此处，又有些激动：“全国大修水利，乃百年大计，凡是阻挠其事的，朕不介意杀个人头滚滚。江南丑类，不过先打个前站！”