而孙传庭对此早有预料，所以他率领着贺人龙等部一万四千人，在闯王高迎祥必经之路——周至县黑水峪设置伏兵，准备以逸击劳。
可是贺人龙根本就是居功自傲，一点也不把孙传庭上任后编整出来的陕西新军放在眼里，导致了他与孙传庭的关系急剧恶化。只因为孙传庭需要贺人龙作为此次作战的主力，所以孙传庭才暂时忍住了这口气。
七月十五日，高迎祥领着部队果然到达了周至县黑水峪。孙传庭和洪承畴所部官军也跟踪而来，分别在十六日和十七日进抵周至，双方立刻展开了激烈的战斗。
身处绝境的农民军垂死挣扎，爆发出惊人的战斗力，于是在与官军的初战时告捷，击败参将李遇春部官军。
但是高迎祥部的处境却越发危急了。他们兵无粮草、身处绝地，整支部队的士气变得极其低落。
而这时候的洪承畴就施出招降的一手，对农民军进行了分化。而农民军中的不稳定分子乾公鸡张二、一斗谷黄龙等竟私下向总兵贺人龙接洽投降。
在第二天马召原的战斗中，他们利用雨后大雾，高迎祥下马张弓射敌之机，偷着把高迎祥的坐骑和部卒向南拉走。等到高迎祥发现这一阴谋时已经来不及了，只好脱下甲胄隐蔽在草丛里，不幸被官军俘虏。
高迎祥被擒的消息使明廷大为振奋，崇祯皇帝得意之极，令把高迎祥押解来京献俘，要陕西当局沿途拨兵严防，毋致疏虞。之后这位农民军的首领在北京城被凌迟处死。
而高迎祥的部下就由他的弟弟高迎登率领继续坚持战斗。但因军力损失太大，特别是失去了像高迎祥这样有威望的首领，士气大为低落。之后李自成被部将拥立承袭了闯王，终于成为了天下农民军名义上的总首领。
而随着高迎祥的被俘杀害，对于当时在陕西作战的农民军是一个重大的打击。首先就是掀起了一股投降风潮。当然，有的是真降，有的是诈降。
九月初，农民军的两位著名首领张妙手（即张文耀）、蝎子块（即拓养坤）由徽州和秦州（今甘肃省徽县和天水市）到凤翔，向明陕西当局乞求招安。陕西巡抚孙传庭亲自招抚，张妙手当场就率部投降，蝎子块也于次年三月至会城乞降。
而张献忠也趁机流窜到了襄阳以西，就地休整。他在襄阳江神庙立起一根五丈高的木杆，上系尺书大字于其杪，旗上写道：“吾欲见军门口话便事。”并送去书信一封。
而新上任的湖广巡抚苗胙土收到张献忠的书信，说是要见巡抚，惊喜异常。即刻派两位将官前往迎接，经过交谈，约定八月正式归降。苗巡抚信而不疑，又派出祝锡范等三人前往就有关事项进行具体磋商。农民军提出在江上增设浮桥，以便相互往来。苗答应照办，遂下令守城官兵打开城门，允许农民军入城做买卖。
于是农民军假装做买卖大批进入城内，守城官兵自然不行盘查，一一放行。苗为表示诚意，又下令城中官军尽撤弓刀炮矢，收缴入库，并说不要让人家怀疑嘛！
不过张献忠这样子一定就是诈降啦！
可为什么湖广巡抚会从卢象升变成了苗胙土呢？卢象升又到那里去了？这是因为明朝朝廷的战略重心又转移啦！