崇祯九年（1636）二月，山西在遭受连年的旱灾、虫灾后，三月，又发生大饥荒。时饥民无粮，只得食树皮、草叶。树皮、草叶尽，乃人相食。临近山西的河南南阳，也发生饥荒。唐王聿键奏河南南阳饥，甚有母烹其女以食者。崇祯帝乃下诏发三千五百金赈济山西、南阳，并免山西受灾州县新旧二饷。
崇祯九年正月，皇帝召六部议事，去年兵部开销亏空达一百二十万，工部亏空达一百万两，加之其他四部共计亏空三百万两。户部尚书侯恂上奏户部初议，鉴于山西河南大旱，崇祯九年新税亏空约一百八十万两。
二月，南京礼部送金花银五十万两，工部新收工程建造税银二十万两，补缴茶税、丝税等三十万两，共一百万两户部收讫。
面对巨大的亏空，崇祯满面愁容，每年这个时候都是他最为苦闷之际，“旧的开支亏空，新的税饷亏空，朕的大明到底怎么了，这老天为何苦苦为难朕。”崇祯自诩是勤政爱政的好皇帝，可是天灾不断，人祸不断。无论他如何努力，总是事情越变越糟。
猛然间他想到了卓清枫，去年一年他竟然上缴金花银共计一百八十五万两，礼部工部历来是花钱的部门，他竟然也征收了七十万银子，虽然有些违规，但谏官好像只是象征性的弹劾了几次便没有响动，这充分说明这个小子不似袁崇焕那般妄言误国。
“既然这小子有这么大的功劳，赏赐就要相当，不能让群臣寒了心，借此机会也让大家知道我崇祯可是有功必赏。”崇祯揉了揉太阳穴，心中已经有了打算。
崇祯九年三月，帝下旨擢升南京礼部左侍郎兼工部左侍郎卓清枫掌南京礼部尚书兼南京工大学士，六部言官及各科给事中纷纷上奏，请帝慎重，此举无异于拔苗助长。虽然卓侍郎功劳很大，但是年纪太轻，尚需历练。
吏部左侍郎田维嘉出班弹劾道：“南直隶礼部左侍郎卓青枫公然纳妓，品行不端，且有违礼教和大明律法，身为礼部侍郎本该以身作则，然而却带头破坏律法，请朝廷按照律典从重处罚。”
随即吏科给事中例举崇祯八年的数次参劾，“年初南京光禄寺卿张镜心弹劾卓青枫，公然纳眉楼名妓顾横波入府，应天巡抚、右佥都御史张国维参卓青枫纳妓顾横波，同时公然携流妓柳如是出入苏州松江二地，苏州知府陈洪谧、松江知府方岳贡同时参劾。”
一时间，朝堂之上议论纷纷，更有甚者推波助澜，提出了南直隶民间流传评书二传，《横波传》、《如是传》，可见卓青枫平时劣迹。
内阁首辅温体仁眉头紧锁，出班驳斥众议。“首先民间流传本就虚多实少，何况自己也曾听过这两段评书，内容根本不实，竟然说我大明第一才子，状元公是舞弊而得，真是可笑。其二众位所弹劾纳妓之事子虚乌有，卓侍郎目前为止尚未娶妻，何谈纳妾。”
田维嘉冷哼道：“纳妓之事若只是民间传言倒还罢了，只是南直隶众位大人的弹劾不会有假，温阁老敢保证绝无此事吗？”
温体仁眼睛微眯，缓缓说道：“微臣听说顾横波算学很好，况出身微寒，深知各个青楼运营状况，与外界官府勾连不深，为了方便礼部追缴除籍银子和暂定赎身银两，卓侍郎所以命其代为计算账目，因此南直隶礼部才得以上缴税银百万。柳如是更是聪慧，在苏松追缴税银出了不少主意，且如今顾、柳二人已经除籍为良人，卓侍郎只要不纳妾，就不算违制。”
他稍稍顿了下，转头看向吏部侍郎田维嘉，歪着脑袋笑道：“田侍郎，本阁可以保证卓侍郎并未纳妾，你敢保证他有此事吗？”
“这”，田维嘉一时无语，众位官员也只是弹劾纳妓，并未有任何实据，风言而已。
崇祯本来被众人议论的犹豫不决，不知该如何决断，幸好温体仁懂得帝心解除崇祯窘境，这也是他一直信任温体仁的原因。
崇祯一拍龙椅，俯视众人道：“诸位爱卿弹劾之事，锦衣卫已有密报。弹劾不实，实情正如温相所言，现在朕只说一条，谁能给朕填补亏空，南直隶这个尚书就给谁，哪怕你是七品的给事中，朕也可以擢升为尚书。”
众皆不言，那可是上百万银子，没有能耐谁能补上，而且追缴欠税必然会得罪很多同僚故友，这种事情还是让那个愚蠢的家伙去干吧，让那个家伙尝尝高处不胜寒的滋味。
随着两部尚书任命而来的，还有崇祯九年南直隶礼部工部税银二百万两并且要求补齐茶税、丝税亏空三十万两。为了应付日益增加的兵饷，在户部的建议下，市舶司从新开启，仍由南京户部管理。
青枫虽然贵为东阁大学士，但是并未授予参预机务职权，所以并不算进入内阁。
崇祯九年（1636），御览加派银共二百九十九万三千七百九十余两，工部分用九万两与山东之岛饷五十五万五千七百九十余两不与。
浙江加派银四十二万零二百七十二两，江西加派银三十六万一千零三十六两，福建加派银十二万零八百零二两，河南加派银六十六万七千四百二十一两，山东加派银五十万五千七百五十七两，陕西加派银二十六万三千六百五十一两，凤阳抚属加派银二十七万六千八百八十五两，南直隶加派银三十八万一千八百三十五两，广东加派银二十三万一千一百七十八两，北直隶加派银先奉旨蠲免外，延庆州加派银九百五十三两，