凤阳如此重要的地方，在正月十五这天，却被张献忠用半天时间就攻陷了。张本来就是个性格偏激的人，此番攻占了大明王朝“龙兴之地”，更是杀心大起。
张献忠在凤阳的三天时间里，士民被杀者数万，刨孕妇，注婴儿于槊，焚公私庐舍两千六百余间，而被明朝皇帝视为“万世根本之地”的凤阳皇陵，也被张献忠付之一炬。
二月初，凤阳祖陵被焚的消息传到了北京，朝野大骇。崇祯皇帝闻报后惊惶不已，孝服理政。兵部尚书张凤翼、凤阳巡抚杨一鹏等一批相关官员随即被问罪，锦衣卫指挥使王世盛甚至因为杨一鹏的案子结得慢了点，也被盛怒之下的崇祯皇帝免了职。
明廷调西北边兵及南兵七万多前往河南会战，五省总督洪承畴出关统率，以山东巡抚朱大典协攻。从此，大明腹地河南成为了官军与农民军的主战场。
二月，在张献忠攻取江北许多城镇后，洪承畴忙率军倾师出潼关，布置围剿农民军。时农民军在蕲、黄、汝宁、归德之间展开大规模的流动作战。大明应天巡抚张国维东西奔击，忙于应付。初五日，农民军围困桐城长达数日，不克走之。