祝医本就是巫祝之术，与华夏几千年的道教相辅相成，密不可分，其中祝由术既包含了医家望闻问切的治病法门，也包含了道家驱鬼治邪的法术。
因此祝由术既不等同于道家的方术，也与传统医家有别，可以说是自成一派，道门中也有许多修习祝由术的高人，用以制药炼丹，养生驱病。
因为祝由术曾经归属于中医十三科，在太医院拥有一席之地，并且供奉轩辕黄帝，才被归类于医家。
直到明代中后期祝由史上著名的“隆庆之变”，祝由科才彻底被逐出太医院，自此，医祝分家，祝由巫医流落民间，自成一派。
所谓隆庆之变，说的是明代的嘉靖皇帝对道教的长生术颇为痴迷，以至于差点被宫女勒死在寝宫，嘉靖帝驾崩之后，他的儿子裕王朱载垕，也就是后来的隆庆皇帝，把与道家有关的祝由科从太医院中去除，自此之后，祝由术便在官方消失。
清代，萨满教盛行，萨满代替了祝由，在那之后，关于祝由术的传说，便鲜有人知。