其次，商务印书馆争取和某省官书局合作，成立合资企业，使之具有官方背景，然后以官方名义出版全套丛书。这样，以后在学部审定教科书的时候，学部里面就会有自己的代言人，发出自己的声音。
老大人见孙元起已经有了对策，这才提醒道：“其实，此次成立学部，对于你经世大学影响最大的，并非是教科书审定，而是学部的机构设置和章程起草。假如有人故意刁难，在里面做些手脚，纵然你说学校是洋人所办，恐怕依然寸步难行。”
听了这番话，孙元起脸色凝重起来：这好比是后世的标准化组织，你的产品再好、体系再完整，只要在组织内没有话语权、和组织的规章制度有冲突，不须手段，三下五除二就能把你打落凡尘！
“原先，学务处有三个管学大臣：张埜秋，荣华卿，再加上老夫。如今张埜秋已调任户部尚书，老夫也垂垂老矣，以后成立学部，尚书定然是荣华卿。”老大人口中的荣华卿，就是现在孙元起的顶头上司荣庆，“荣华卿旧学出身，对于新学知之甚少，等他执掌学部，必然要倚借他人之力来设置机构和起草章程。前年奏准的各级学堂章程，便主要是你拟写的。只要你和荣华卿多多沟通，他肯定还会借重于你。到那时候，学部究竟应该如何，还不是看你和荣华卿两人所言？”
虽然孙元起对那荣庆不感冒，不过形势比人强，少不得多上门拜访几次，送些稀奇的礼物。在1905年12月6日，根据政务处大臣与管学大臣商量结果，老佛爷批准设立学部。以荣庆为尚书，熙瑛为左侍郎，而刚出任翰林院侍讲学士不久的孙元起为“署右侍郎”，也就是临时代理的意思。
经过调整，学部排在吏部之后、礼部之前，成为显赫一时的衙门。学部开设之初，几乎所有的重要文件，都是孙元起、罗振玉、张元济、严复等经世大学老师起草的，体现了浓重的现代大学气息，为中国教育的现代化做出了不可磨灭的贡献。