上古时候，五谷和杂草长在一起，药物和百花开在一起，哪些粮食可以吃，哪些草药可以治病，谁也分不清。黎民百姓靠打猎过日子，天上的飞禽越打越少，地下的走兽越打越稀，人们就只好饿肚子。谁要生疮害病，无医无药，不死也要脱层皮啊！
虽然神农已经找到了稳定安全的食物，但疾病还不是不可避免，无数人族因为各种各样的疾病而死去，为此，神农甚是心疼，最终，神农决定上终南山寻找自己的大师兄云中子帮忙，寻求仙丹灵药。[bsp;奈何天命所定，仙家灵药，凡人却是不能享用。然，早已料到的南华在神农初生之时，便将神农鼎和赭鞭给了云中子，嘱咐下了一切，云中子也不负所望，不仅指点了神农，还将自己的童女云雀暗许了神农，云雀本就有母仪天下之相，陪上神农，倒也不差。
自此，神农带着云雀开始了寻找灵药的旅。神农并没有让云雀使用法术，带自己到哪个草木茂盛的地方，而是徒步而行，不时将路上见到的花草摘下一点，放进嘴中尝尝。如此走了七七四十九天，来到了一个地方。
只见高山一峰接一峰，峡谷一条连一条，山上长满奇花异草，大老远就闻到了香气。两人正往前走，突然从峡谷窜出来一群狼虫虎豹，将两人团团围住。见此，神农挥舞起赭鞭，驱赶狼虫虎豹，云雀也施展仙法，将其打飞。
奈何数量太多，云雀到底只有玄仙修为，再加上一个没有任何法力的神农，面对这无数的洪荒猛兽，也有些力竭了。就在云雀快要撑不住时，无数的长矛飞了过来，在兽群之中，破开一条通道。
见此机会，云雀当即领着神农自开口退出了包围。当二人退出之后，见到的却是一群全副武装的人族。一个个都紧张的看着神农二人，这是，神农身为人族共主的作用发挥出来了。
首先安抚了随时准备动手的云雀，接着又和这群人的首领进行交谈，云雀自脱离人身之后，便一直随着云中子修道，就算是身为人族之时，也只是个小姑娘，对着些东西一窍不通，但只知道，神农对着那个貌似是首领的人说了几句之后，那人竟然跪了下来，但又被神农给扶了起来，接着他们就被这群人族带到了部落当中。
神农其实也没有对那首领说什么，只是那首领他继位之时他见过，于是便说出了自己的身份，此时的人族虽然愚昧，但还是善良纯洁的，丝毫不似后世一般城府深沉。当得知神农是人族共主之时，那首领自然下跪，不过神农可不希望自己到这里的事情被太多人知道，当然不可能就这样让他跪着。
最后神农见天色已晚，便说出了想休息，于是两人便被这个部落的人带到了自己的部落当中。神农得到云中子的指点，说是这里有他想找的东西。于是便对首领提议要进山，但首领死活不肯“共主，您也看到了，这山里到处都是猛兽，一不小心就沦为腹中之物，共主乃是人族的未来，断然可不如此冒险啊”
“不，先如今天下人族正遭受到疾病的侵袭，若是我不能寻得治病良药，如何还有脸面当得了这人族共主之位，我怎么能回去”那首领却是被神农这一番话感动了，当即决定带着一批勇士，随神农进山。
这山半截插在云彩里，四面是刀切崖，崖上挂着瀑布，长着青苔，溜光水滑，看来没有登天的梯子是上不走的。大家又劝他算了吧，还是趁早回去。神农摇摇头："不能回！黎民百姓正在遭受疾病的侵袭，病了没得医，我们怎么能回去呢！"他站在一个小石山上，对着高山，上望望，下看看，左瞅瞅，右瞄瞄，打主意，想办法。
后来，人们就把他站的这座小山峰叫"望农亭"。然后，他看见几只金丝猴，顺着高悬的古藤和横倒在崖腰的朽木，爬过来。神农灵机一动，有了！他当下把臣民们喊来，叫他们砍木杆，割藤条，靠着山崖搭成架子，一天搭上一层，从春天搭到夏天，从秋天搭到冬天，不管刮风下雨，还是飞雪结冰，从来不停工。整整搭了一年，搭了三百六十层，才搭到山顶。传说，后来人们盖楼房用的脚手架，就是学习神农的办法。
神农带着臣民，攀登木架，上了山顶了，嘿呀！山上真是花草的世界，红的、绿的、白的、黄的，各色各样，密密丛丛。神农喜欢极了，他叫勇士们防着狼虫虎豹，他亲自采摘花草，放到嘴里尝。为了在这里尝百草，为老百姓找吃的，找医药，神农就叫臣民在山上栽了几排冷杉，当做城墙防野兽，在墙内盖茅屋居住。后来，人们就把神农住的地方叫"木城"。
白天，他领着臣民到山上尝百草，晚上，他叫勇士们生起篝火，他就着火光把它详细记载下来：哪些草是苦的，哪些热，哪些凉，哪些能充饥，哪些能医病，都写得清清楚楚。而在这时，云雀都会在一旁静静的看着神农，看着他那认真的表情，久经风霜的脸上，充满了对未来的向往，她不知道自己怎么了，但是云雀知道，自己已经离不开神农了。
有一次，神农把一棵草放到嘴里一尝，霎时天旋地转，一头栽倒。大家慌忙扶他坐起，神农明白自己中了毒，可是已经不会说话了，只好用最后一点力气，指着面前一棵红亮亮的灵芝草，又指指自己的嘴巴，云雀慌忙把那红灵芝放到嘴里嚼嚼，喂到他嘴里。神农吃了灵芝草，毒气解了，头不昏了，会说话了。
从此，人们都说灵