当林虎部队在沙河一线投入战斗后，方声涛所指挥地部队从姑塘向九江城东侧进攻，因水路木船运输困难，行动阻滞，没能同林虎部同时发动进攻。到1日夜才进入阵地。新编旅虽然人数并不满员，也缺乏训练，但都是李烈钧早期精心挑选的将士，士气激昂、军备精良（全部采用从北疆购买的武器）一个个磨拳擦掌，打算入九江城吃早饭。
在九江城的赣军团长伍额瑞、李定魁同谋趁北洋军增援部队未到前线之前，迅速消灭北洋军驻在城内的部队。然后率部开赴德安，从翼侧攻击九江以南地北洋军，配合林虎作战。原本正好是和新编旅合作，共取九江的好时机。但通讯联络不畅，方声涛误认为九江城中依然是倾向北洋系之赣军，下令进攻，两边激战多时，虽然最后辨清了误会。但各自损失和弹药损耗都不小。将士们的士气也低落了下来。
李纯在沙河战役受挫后，急忙调整部署，集中大部分兵力向林虎部反扑，他集中3个团地兵力向沙河镇一线猛烈进攻。林虎率部奋勇抵抗，激战9个小时，由于得不到有力增援（新编旅正和自己部队火并）只能带部队朝蓝桥方面撤退。李纯也因援军未到，后路空虚，又深信赣军有袭击十里铺之警报。不得不令北洋军保持现状。经过近两天的争夺，沙河镇依然掌握在北洋军手中，林虎所部虽然予敌重大杀伤，但未能改变整个战场态势，反而丧失了主动进攻的势头。夺取九江虽然是个胜利，但由于自家火并，白白牺牲。\只能算是惨胜。
李纯也没有讨到多少便宜。得知九江被讨袁军控制后，急电驻孝感的北洋军第2师师长王占元。要他迅速将该师驻湖北地各部开赴九江，先取九江，再攻湖口。王占元立即派驻汉口附近地两个团开赴九江。第2师其余部队，拟等援军开到湖北接防后，再向九江集中。
由于前线初战不利，袁世凯任命段芝贵为第1军军长兼江西宣抚使，统一指挥前线作战部队，第一军、第二军统受段祺瑞节制。
林虎在进攻沙河镇失败后，联系上了右翼军司令方声涛，决定由第9团和机关枪两连，以及新从湖口前来增援地伍辅瑞团地两个营，共计5000余人，分左右两路，由姑塘向九江东南的金鸡坡炮台发起进攻，准备夺取炮台，解九江之危。
在这场相当激烈的战斗中，援军第9团团长周壁阶身先士卒奋力冲杀，不幸阵亡。周壁阶阵亡后，军心有些动摇，已被戈克安、陈廷训收买的第9团营长龚星胜，于撤退途中，带领两个营及炮队、机关枪队，转过六把桥、琵琶湖的赣军前哨绕道金鸡坡，向北洋军投降。方声涛的右翼军兵力大减，失去了进攻能力。讨袁军的第二次作战，又以失败告终……
南方激战正酣，北方也是风声日紧。从六月开始，在东北地国防军部队陆陆续续到锦州、沈阳一线集结。袁世凯听得消息后，分外紧张，军事会议上都可以看出手都在发抖。幸好段祺瑞报告说国防军别无他意，只是既定计划地演习而已，这个计划早在两个月前局势尚未明朗之时就已上报陆军部备案，并邀请陆军部派人前去观摩。听得此话，袁世凯方才放心下来，一方面指示继续加强监视，另一面也要求多派人手前去观摩。
正在此时，陆征祥兴冲冲地前来报告中、俄谈判已经全部结束，双方缔结了草案准备签字，他来提请袁世凯过目的。
袁世凯拿起草案一看，上面除了一些虚文外，主要的实质性意见有六条：
一、俄国撤退中东路沿线驻军，治安交由铁路巡警负责；
二、鉴于哈尔滨的特殊地位，允许俄国驻兵保护，人数以不超过必要程度为宜；
三、新成立之巡警队规模从50到200人不等，警察全由中国警察充任，每50人聘请俄国警官一名作为顾问，同时酌情聘请精通中、俄两国语言的翻译，以上人员，薪水一律由中方支付，装备由中方提供；
四、自条约缔结之日起，中方释放俄国被俘官兵，并协助俄方遣返；
五、中方放弃对俄军被俘士兵关押期间的费用要求，俄方也放弃要求中国返还装备要求，但俄军个人物品不在此列，多余装备应优先拨付护路巡警；
六、中、俄双方彼此放弃对对方的赔款要求，一律放弃对彼此损失的偿付要求。
袁世凯一边看，一边只听得陆征祥眉飞色舞地说道：“此番交涉，有三大重大成果，第一，俄国承认外蒙是我固有领土，表示尊重我方主权，除商业利益外不谋求非法利益；第二，俄国撤退中东路沿线驻军，虽然哈尔滨一地允许保留，但毕竟大部分军队都将撤退，对东北局势之安定，对南满铁路与日方之交涉打下了好地基础；第三，虽然要我方支付薪水组织护路巡警保护中东铁路，但由于我方得到了俄军的装备，从整体交易上来说并不吃亏……”
“啪”的一声，袁世凯将草案重重的扔在桌子上，陆征祥有些纳闷，这上面的条款虽不是十全十美，但基本上本方的要求都实现了，袁世凯为什么还如此不悦？
他很想开口问问，但一看袁世凯阴沉的脸色，话到嘴边又缩了回去，这总统也太