朱九真也不戳破，任由他们心怀鬼胎。且正式接管了教主之位，方装作无意间，引着杨不悔发现了山中密道和阳顶天夫妇的尸体。
她有备而来，自然早早伪造了阳顶天遗书，上面将谢逊代理教主一段略去不提，只是说迎回圣火令者便是新教主。
待到这封书信被宣扬的合教皆知的时候，她才装作不留神，拿出明教至宝圣火令，扬言是无意之中得到的。这下明教众人对她更为推崇，感叹上天注定。
由于朱九真料敌先机，赵敏对六大派伺机下手，却嫁祸明教的这种行为，自然被早早识破。每当六大派中人遭遇十香软筋散暗算，被蒙古人秘密送往大都后，朱九真总会率人前往截杀，顺便了却旧怨，修成新好。赵敏气的咬牙切齿，在朱九真强大武力碾压之下，无可奈何。
诸派因为明教的援助，损失甚小，只有峨眉派，在混乱之中遗失了倚天剑，朱九真态度恳切，言说一定会代为寻回，奈何灭绝师太一向对明教成见甚深，冷哼一声，拂袖而去。
朱九真武功高强，却懒得理会教务这种俗事，亏得有朱长龄、卫璧这种心思灵便之辈出头，又有张无忌私交甚广，四处游走，倒也很是稳当。此时元朝天灾*，民不聊生，朱九真便说要约齐教众，齐抗元朝，听得杨逍、五散人等人暗暗称奇，佩服她身为女子竟能有如此胸襟，齐心协力为之筹划，在蝴蝶谷举火起事。
因事先交好了各大门派的关系，此番起事，再无阻碍，武林正派与明教，地主豪强与佃户农夫，联合起来，共同讨伐蒙古鞑子。
朱九真对徐达、常遇春等明教将领说道：“昔年郭靖郭大侠义守襄阳，有武穆遗书助他用兵。今朝武穆遗书不知流落何方，待我细细找寻。但上天助我，亦有一位用兵行家写就的战略战术论，可供诸君一观。”
说着，竟将毛太祖的那套“星星之火，可以燎原”、“农村包围城市”、“论游击战术”、“团结一切可以团结的力量”等一套观念拿了出来，用当时的大白话写了，一一分给诸人。
朱九真想了想，肃然道：“大家既是同教兄弟，理应以大局为重，断然不可为了贪图功劳，做出兄弟互相算计、自相残杀的举动。须知先攘外，后安内，哪怕同教兄弟之间有什么纷争，大可驱逐鞑虏之后，徐徐图之。”
众教众慌忙应诺，齐声道：“不敢有负教主教诲！”
朱九真见台下朱元璋面色诚恳，叫的比谁都响亮，心下暗暗发笑，知道他们欺负自己是女子，哪怕夺得江山，也只是为人作嫁，这才这般笃定。她也不点破，只是暗暗留意，心中却另外存着计较。
送走了众教众，朱九真正出神间，猛然间听到杨逍恭声问道：“教主意欲何往？”
朱九真看了张无忌一眼，笑道：“自然是去海外迎回金毛狮王谢逊了！他身为本教法王，本教正值用人之际，怎能远避海外独自逍遥？”
又柔声问张无忌道：“无忌，事到如今，你总该相信我对你和你义父没有恶意了吧？现在我有一件要紧为难的事，非要请你义父金毛狮王谢逊出面不可。难道到了这个时候，你还不愿把你义父的下落告知我吗？”