安东都护府中央司令部在长安安东国公府成立，先是由许青确定正副司令、正副参谋长、参谋人员，然后仿照征东时的司令部下设作战科、情报科、军务科、医务科、后勤科，并增设政务科和军务审核科、政务审核科、财务科.
李智卓任作战科科长，李长青任情报科科长，见不得光的叶小蝶、夏小雨、媚儿、贾全和东瀛美‘女’氏野惠香为编制外高级科员，分任编制外的情报十一、十二、十三、十四、十五行动处处长，不在情报科上班，直接向许青汇报工作，每处三、六百人不等，秘密开展安西四镇及东*突*厥、西*突*厥、吐蕃、阿拉伯帝国、范阳、辽东、契丹、奚族、东瀛的情报工作。。 。大唐贸易公司、大唐商业公司、龙‘门’镖局西部地区主要负责人赵拓志、冷若海，东部地区主要负责人赵拓才、杨雄才、崔猛、聂轻协助情报科行动十一、十二、十三、十四、十五处的工作。
情报科编制内设十个行动处，每处五十至一百人不等，分管原高句丽地区、原百济地区、新罗的情报工作，处长都从随许青征东的右武卫军军官中挑选。大唐贸易公司、大唐商业公司、龙‘门’镖局朝鲜半岛主要负责人杨紫嫣、杨义、崔镇海、季雨生、罗辉亮，安东都护府三个副都护薛仁显、薛仁义、田文耀协助情报一至十处工作。
薛金莲任军务科科长，贺秋荣、宣城公主、义阳公主、燕王四个郡主、贺兰敏月任科员，下辖通讯营。
李治推荐的御医方石任医务科科长，治病的对象是许青掌控的在长安的军队官兵和商业组织、江湖组织成员，同时开展医学、医‘药’的研究工作，主要研究从中草‘药’中提取麻醉‘药’、抗细菌‘药’和抗病毒‘药’、止血生肌‘药’。
杨庄若任后勤科科长，下辖火头军（相当于现在的炊事班）、运输军、仓库管理军等。
军务科不再管政令、政务，只管起草、下发、管理军令和军事文书，并接收下级单位上传的军事文书；政务科不管军令、军务，只管起草、下发、管理政令和政fu文书，并接收下级单位上传的政fu文书。如果命令和文书与军务和政务都有关，则要由军务科和政务科共同管理和下发。
安东都护府中央司令部所有需要下发的命令、文书都是由正、副司令下达的命令、指示，其他人无权下达命令、指示，由军务科或者政务科起草，由军务审核科或政务审核科审核通过，涉及军需品、军械、财务的，还需财务科审核通过，才能下发给安东都护府执行。
因为暂时没有战事，作战科科长李智卓没事可做，许青让他研究军事训练和演习，重点是提高单兵素质。许青的理念与唐朝的将领们大不相同，唐朝是拼将的时代，俗话说千军易得，一将难求，两军对垒，动不动就将领上前单打独斗，若将领战败或战死，则全军士气低落，士兵不战而逃，或者不战而降，后面的仗都不用打了。
许青的理念则是大幅提高士兵的素质，每个合格的士兵都有将领的武功，并掌握战场生存技能和基本的战术。每一个兵都能成为兵中之王，以一挡十，乃至以一挡百，成千上万个高素质士兵再训练出协同作战能力，每个士兵都至少具备校官的指挥能力，那么士兵就会很容易理解长官的军事意图，就算在战场上因通讯不便而指挥不畅，士兵也能见机行事，自己指挥自己。
古代有“一将功成万骨枯”的说法，只要能打胜仗，哪怕一万个士兵战死，将领还是能立军功。许青是未来世界的军人，重视每一个士兵的作用，重视每一个士兵的生命，只有保存部队的有生力量，才有打胜仗的机会，若一支一万人的部队，一万个士兵都战死沙场，只剩一个将军独活，他又怎么可能打胜仗、立军功？
军事演习的目的不是为了证明军官的指挥才能有多高，也不是为证明军官能有效组织、部署军队作战，能打败“敌军”，而是模拟真实的战撤境，让军官和士兵都习惯战撤境，让军官知道如何指挥作战，让士兵懂得如何领会军官的意图，让重骑兵、轻骑兵、步骑兵、步兵、传令兵（通讯兵）、亲兵（军队首长的警卫人员）、辎重兵、侦察兵、哨兵、前锋军、弓箭兵、弩箭兵、盾牌手、刀斧手、长矛手、陌刀手等各军兵种学习协同作战，各司其责。
许青将未来现代化军队先进的军事理论和军事思想，放到唐朝名将面前，也能震住他们。薛仁贵、程务‘挺’、李智卓等当世名将都对许青佩服的五体投地。
许青要的就是这个效果。作为一支军队的最高指挥官，让下属军官对自己心服口服，对部队能打仗，打胜仗十分重要。
当然许青十分清楚人无完人、“智者千虑，必有一失，愚者千虑，必有一得”，“三个臭皮匠，顶一个诸葛亮”的道理，深知将领刚愎自用的危害，在自己的部队施行**集中制，科学决策。作战方案、计划都要在作战科开会讨论，才能成行。
财务科科长由贺秋荣兼任。军务审核科科长由程务‘挺’兼任。政务审核科科长由秀‘女’唐萱萱之父，进士、密州长史唐甲担任。兵部、吏部都由武后的心腹控制，等兵部和吏部调令，也许遭武则天拒绝，也许遭武则天指示故意拖延，许青奉圣旨当右武卫军大将军，兵部的委任状到现在还没拿到。
因此许青不指望能拿到兵部、