山本站在“大和”号的舰桥上，脸色铁青，紧闭着双唇，一言不发。草鹿参谋长也站在他的身旁，他已经下令整个联合舰队开始全力撤退，但能否逃得出去，谁也不知道。实际上，即使这些战列舰能逃回去几艘，对战局也并没有多大影响。这些造价昂贵的战列舰在航空母舰面前，完全就没有还手之力。
13点30分，“扶桑”号战列舰发生殉爆，整个战列舰断裂成两截，全舰1420名官兵无一生还，在这期间，“三隈”号和“铃谷”号重巡洋舰、“川内”号、“鬼怒”号轻巡洋舰又先后沉没。“大和”号也被命中了四枚航弹和三枚鱼雷，不过，这艘超级战列舰确实经打，只是航速稍减，依然没什么大碍。
战斗仅仅进行了一个半小时，联合舰队就已经丧失了近三分之一的主力舰船。
14点10分开始，联军把目标集中到了联合舰队的两艘超级战列舰身上，14点30分，“武藏”号被至少12枚鱼雷，7颗航空炸弹击中，已经左倾20度，山本无奈地下达了他生前最后的命令：“总员退舰”。
14点33分，“大和”号的舰桥被接连命中两枚600公斤重的航弹和一枚900公斤重的航弹，发生大爆炸，包括山本在内的联合舰队大部分司令部成员身亡。整个联合舰队陷入到混乱之中，开始分头逃亡。
“大和”号已经伤痕累累，大部分副炮和高炮失去作用，舰体结构虽然没有致命的损伤，但航速已经降到了20节。
14点47分，“日向”号战列舰沉没。
15点35分，“陆奥”号被重创，航速降至15节，在此期间，“妙高”、“羽黑”、“熊野”号重巡洋舰沉没，“阿武隈”、“神通”、“北上”、“大井”号巡洋舰也先后被击沉。
此时，天气变坏，挽救了日本舰队，失其免于遭受全军覆没的悲惨命运。
由于天空开始下雨，联军在随后发动的最后一波攻击中战果不大，只击沉了“木曾”号巡洋舰、4艘驱逐舰和3艘运输船。
16点42分，扬克尔上将鉴于天气状况，下令停止进攻，舰队开始南返，整个海战结束。
坐镇“长门”号上的日本第二舰队司令近藤信竹代替阵亡的山本，指挥联合舰队残余的舰船退往佐世保军港。至此，联合舰队已经几乎完全丧失了进攻的能力。