西藏活佛是由转世灵童继任的，转世灵童是藏传佛教特有的传承方式，起源于公元13世纪西藏佛教噶玛噶举派该派黑帽系首领，圆寂后门徒推举一幼童为转世继承人，从而创立了活佛转世的办法，此后各教派先后效法，公元14、15世纪之交，藏传佛教格鲁派创立，并逐渐形成了dá_lài喇嘛和班禅额尔德尼两大活佛系统。
班禅经过中国清王朝中央政府的册封和认定，dá_lài喇嘛和班禅额尔德尼在藏传佛教中的地位才得以确立。
其实转世灵童也是与政治背景相联系形成的，dá_lài喇嘛活佛系统的形成，格鲁派创始人宗喀巴的最小弟子根敦朱巴圆寂后，为防止内部分裂，于是袭用噶玛噶举派的转世办法，由根敦朱巴的亲属及部分高僧指定后藏达纳地方出生的一名男孩为根敦朱巴的转世，这就是二世****根敦嘉措。
清王朝顺治帝册封五世****为“西天大善自在佛所领天下释教普瓦赤喇怛喇dá_lài喇嘛”，以中央政府的册封形式确定了dá_lài喇嘛的封号和地位，此后，历世dá_lài喇嘛都必须经中央政府册封才能得以确认，成为一项历史定制。
班禅额尔德尼活佛转世系统，宗喀巴的另一著名弟子克珠杰·格勒巴桑，即一世班禅，年长根敦朱巴六岁，且早拜师八年，对创立格鲁派有杰出贡献，因此连同宗喀巴及宗喀巴的另一著名弟子甲曹杰，被藏族宗教界合称为“师徒三尊”，1645年，固始汗（清王朝驻西藏的地方首领）赠予罗桑曲结“班禅博克多”的尊号。
这是班禅名号的正式开端，其前三世班禅是追认的，四世班禅圆寂后，后藏托布加溪卡的一位幼童被认定是他的转世灵童，这样，格鲁派又建立起一个班禅活佛系统，1713年，清康熙帝正式册封五世班禅为“班禅额尔德尼”，并赐金册金印。
从此，历代班禅额尔德尼须由中央政府册封方得以确认，也成为一项定制，班禅额尔德尼活佛转世系统取得了与dá_lài喇嘛转世系统平等的宗教地位。
活佛转世系统形成后，经过一系列历史演变，最终形成了以“金瓶掣签”认定活佛转世灵童的制度，在历史上，大活佛转世灵童的认定存在着诸多弊端，转世活佛往往是由“吹忠”（即护法喇嘛）作法降神祷问指定，于是贿赂吹忠、假托神言、任意妄指之风盛行，转世灵童多出自王公贵族之家或出自族属姻娅，一些上层贵族或大喇嘛乘机操纵了宗教大权。
更为甚者，噶举派红帽系十世活佛借故要分扎什伦布寺的财产，失败后竟****廓尔喀入侵后藏，危及国家、百姓安全。
面对大活佛转世灵童最后认定中的这些弊端，清高宗接受西藏地方僧俗界“立定法制”、“垂之久远”的请求，在派遣官兵击退廓尔喀入侵之后，谕令进藏官员筹议善后章程，1793年乾隆帝正式颁布《钦定藏内善后章程二十九条》，设立金瓶掣签制度。
该章程第一条明确规定：“大皇帝为求黄教得到兴隆，特赐****，今后遇到寻认灵童时，邀集四大护法，将灵童的名字及出生年月，用满、汉、藏三种文字写于签牌上，放进瓶内，选派真正有学问的活佛，祈祷七日，然后由各呼图克图和驻藏大臣在大昭寺释迦像前正式拈定，”认定****、班禅灵童时，“亦须将他们的名字用满、汉、藏三种文字写在签牌上，同样进行。”，至此，“金瓶掣签”制度以国家法律的形式确立下来。
金瓶掣签制度确认了班禅转世灵童的产生办法，即按宗教仪轨，由有关寺院和地方政府寻访灵童，再对访到的众灵童逐一筛选，被确定下来的灵童人选的灵异情况等禀报皇帝，请求准予“金瓶掣签”认定。
皇帝恩准后方可择日在释迦牟尼像前由驻藏大臣主持掣签，认定转世灵童，而后由驻藏大臣上奏皇帝，请求任命。皇帝批准后，由中央政府派大员前往看视并主持坐床大典。“金瓶掣签”是中央政府对西藏行使主权的重要组成部分，是清王朝为“整治流弊”、“护卫黄教”、使活佛转世制度得到必要的整顿而制定的“万世遵循”的具有最高法律效力的制度，以至于中华人民共和国，也是以这种方式进行删封活佛。
这种确定活佛的方法，符合宗教仪轨，体现了释迦牟尼的“法断”，同时还有助于杜绝营私作假的流弊、弘扬正法、避免纷争，“金瓶掣签”制度一经颁布即得到了dá_lài喇嘛、班禅额尔德尼及各呼图克图、僧众的衷心拥护。
“金瓶掣签”制度形成后，掣签大权一直掌握在中央政府手中，在具体实施过程中，其形式或细节后来有所变通，但活佛转世、尤其是****、班禅等大活佛转世必须经中央政府批准，否则即视为非法已成定例。
由于特殊的历史条件及其它诸多因素的作用，九世班禅转世灵童是免于掣签确认的，但仍是经中央政府特许的，无论是否掣签，最后决定权在中央，其他任何人均无权决定，这个制度一直沿用到今天，其实也是中央政府，加强对西藏治理的一种方法。