到1899年，世界主要强国陆军兵力的人数还是俄国最多，高达116万人，当时法国陆军只有71万人，英国只有62万人。虽然人数并不决定战斗成败，而且中国的新军武器也比较先进，还有近百辆原始坦克，但要彻底征服俄国一百多万陆军，不是那多容易，李经述决定一边跟俄国的革命者联系，搞乱俄国，一边
先进行国内的训政改革，等待合适的时机。
在李经述的第一个任期内，梁启超、严复等人都觉得松散的联邦制将使国家软弱可欺，支持中央集中权力，各省的民政长也都由北洋将领兼任，除了张之洞、刘坤一、王韶文控制的七个省外，所有内地省份都被李经述控制了。作为一个具有现代思想的人，李经述推崇严格的管理手段和行政法规，强调官场纪律，规整政府机构，任用自己认为可靠的人，并且把国内的稳定放在首位，不顾一切要消除不可预料的事情的强烈yù_wàng，有时候让人望而生畏，这很容易让人误以为李经述热衷于贪求不受道义制约的个人权利，成为中国实质上的“皇帝”。
各省越来越多的人也对北洋将领的军政独裁造成的腐败表示不满，李经述惩一儆百。先是革掉张勋的云南省都督一职，将他手下的三十个营裁撤到三个营，调往徐州驻防，开始由军政阶段往训政阶段转变。
李经述野心勃勃。坚持通过复兴会建立一个强有力的中央政府，控制军队和报纸舆论，他认为这最适合中国的国情。而货币改革的顺利进行、战败日本和西班牙，也正说明了这一点。
等到1899年过完春节，李经述迈出了全国训政的第一步，颁布了总统一号令，在削弱各省都督权力的基础上，加强各省的民政长官的权力，宣布由各省的民政长官主管省内税收和县知事的任免，各省都督不再参与民政事务。李经述还让吏部选拔称职的文职官员，特别是对县知事一级的人选，考试的内容不再是四书五经，而是行政法规和一般的知识，十万人在北京参加考试。
通过一系列强有力的改革，在这场整肃官场的运动中，中央的权威大大加强，地方对中央政府的指示也落实得很快，国会很快通过了新的《刑法》、《民商法》、《行政法》。此时，中国义务教育普及到小学阶段，农村很多地方都开了夜校，文盲越来越少，加之中国人本来就有“万般皆下品惟有读书高”的传统观念，全国高等的学堂发展到一千多少所，城市里的青年学生达到五十多万人，成为不可忽视的一个阶级。
李经述通过复兴会的《中央日报》、《华报》、《申报》等报纸向全国阐述了什么是真正的自由、平等：今天妇孺嘴上都知谈平等一词，而平等只是在法律面前人人平等，并不意味着行政等级之分应予取消或者每个人都是一样的，并不意味着个人皆可否定法律，自立准绳，或者在经济上人人均等。自由是另一华丽的现代词，但它是限制在法律范围之内的，在此范围之内人是自由的。不受限制的自由，这个东西是不存在的。法律的最高目标，是保障自由，正所谓法无明令则政府不禁止。共和也是一个雅致的词，但洋人对这个术语的理解，是在国内有普遍的发言权，而不是全民都必须干涉政府的行动。这种干涉除了造成混乱之外，还可能造成什么结果呢？至于民权这个术语，除了选举总统的最高特权外，它还包括代议权、选举权、监督权，但切不可理解为民众直接处理行政。
第二共和国的政治体制是在中央政府直辖之下、实行以行政长官为核心的行政主导、行政与立法既相互制衡又互相配合、司法独立的政治体制。这一表述也可以简明扼要地概括为以行政长官为核心的行政主导体制。政治体制既没有照搬西方的政治体制，也没有照抄其他亚洲国家和地区的政治体制。
总统在整个政治体制中处于核心位置，这是第二共和国行政主导体制最大的特征。根据宪法的规定，总统具有双重身份，既是国家的首长，也是军队的首长，同时对中央人民政府负责。总统具有超然于行政、立法和司法三个机关之上的特殊法律地位，处于特区权力运行的核心位置。
而且行政管理权相对于立法权处于主导地位，内阁政府的行政管理权涉及社会政治、经济、文化、民生等方方面面，关系到国民的衣食住行，相对于立法权涵盖面更大，影响更直接，作为更主动。不过讲行政主导并不意味着行政管理权独大，不是说立法会要放弃对行政机关的监察责任，更不会妨碍立法权和司法权的正常行使。
新的政治体制又吸纳了西方政治体制中行之有效的成分，特别是司法独立、文官制度、咨询架构等。符合中国的实际情况，有利于政府决策和施政的高效能，也有利于兼顾社会各阶层的利益、保持繁荣稳定。
此时的第二共和国，经济和国防工业迅猛发展，政权日益稳固，已经成为亚洲第一大帝国，疆土横跨今天的中国大陆、台湾、琉球、蒙古国，还有越南、朝鲜、菲律宾、关岛等殖民地，因灾荒移民到这些殖民地去的数百万华人，成为当地的特权阶级。中国的舰队，成为亚洲名副其实的第一强舰队，排名世界第四，仅次于英国和德国、法国。
到1899年底，中国也并非就是太平盛世了，首先是俄国侵占中国的一百五十万平方公里的国土还未收回，尼古拉二世还觊