吕宋反叛的消息，很快传回了京城。
万历皇帝在气愤之余，又感到有些庆幸——正好可以借此机会，转移一下国内的矛盾，尤其是他和大臣之间的矛盾。
自从矿监税使肆虐天下，他就陷于大臣无休止的口诛笔伐之下。万历皇帝内功了得、置若罔闻，但他的大臣们可是要脸的，眼见着虎狼当街，百姓蒙难，他们这些为民父母的朝廷命官却束手无策，爱莫能助，便纷纷上疏求去。
其实这股辞官风潮，从万历九年便已经出现。自从沈阁老失踪后，万历皇帝便一心想要读才，自然与文官集团发生激烈的冲突，尽管皇帝有着先天优势，无奈好虎架不住群狼，数次斗争，都以文官的胜利告终。
万历的骄傲和执拗，使他不知‘妥协’为何物，就算文官把他击败了，也休想使他服从摆布。于是热战之后，双方进入了冷战期，万历皇帝朝讲不御、郊庙不亲、章奏不批、缺官不补……更缺德的是，他抓住机会就罢黜大臣。
曾经有一位侍郎，只是因为奏章中出现了错别字，便被万历抓住小辫子猛批……不批奏章，不代表他不看。不看不批，大臣可以代批，还不算太坏。看了不批，就像站着茅坑不拉屎，才真叫恶心人呢……万历把错别字上升到工作态度疏忽，对皇帝极为轻视的高度，那位可怜的侍郎自然要上疏请辞。大臣纷纷上书挽留，万历却连象征姓的慰留都没有，直接准奏，卷铺盖赶回家……万历当时想的是，三条腿的蛤蟆不好找，两条腿的人有的是，把那些讨厌的家伙撵走了，正好换上自己中意的人选。然而文官们岂会让他得逞？别忘了四品以下官员由吏部铨选，三品以上官员由廷推产生，大臣们就是不选皇帝中意的人选，他们推荐的人选，皇帝又不中意。
万历也不是没想过用过中旨，绕过外廷直接任命官员……从法理上讲，这是行得通的，然而这是士林最不齿的事情，谁要是敢接受中旨任命，朋友立刻跟他断绝往来，出门就有人扔臭鸡蛋，到衙门上班，也会被同事和上司排挤。总之一句话，你会体会到什么叫众矢之的，什么叫生不如死的。
所以万历一吹出风去，那些‘幸运’的官员便吓破了胆，连连上书敬谢不敏，逼得急了，直接挂冠而去，不给皇帝揠苗助长的机会。
但是大臣们推荐的人选，也甭指望走马上任，因为铨选也好、廷推也罢，只有推荐权，没有决定权，最终还得皇帝出圣旨才算完成任命。
于是我用不了我的人，你也甭想用你的人，双方就这样对耗起来。万历九年，两京缺尚书三人，侍郎十人，科道九十四人，地方上缺巡抚三人，布、按、监司六十六人，知府二十五人。三年以后，南北大僚强半空署，督抚重臣经年虚席，藩臬缺至五六十人，知府缺至四五十人。
最近这段时间，因为对矿监税使无能为力，剩下的大臣也基本歇菜了……掌管全国庶政的阁部院大臣中，内阁仅剩下申时行和王家屏。( 千千)九卿中在朝供职的，只有都御史一人和侍郎二人，余则或因缺未补，或杜门不出，朝政已然瘫痪。
万历皇帝这才慌了神，毕竟他倚仗的内廷太监，抓人敛财是好手，讲到治国就抓瞎了。祖宗江山还得靠文官打理，所以他已经有些后悔了，只是死要面子不肯主动妥协，而吕宋反叛事件，正好给了他就坡下驴的机会……至少万历自己是这样想的。
因为即使放在历史长河中比较，本朝大臣也是一顶一的臭又硬，一旦涉及领土和主权，没什么好说的，肯定是喊打喊杀，顾不上跟自己斗气了。
但皇帝失算了，消息传开后，那些‘又臭又硬’的大臣，竟然十分罕见的对吕宋持理解态度，而将责任一股脑算到万历皇帝的横征暴敛、贪婪无度上。
万历下令廷议平叛，这次大臣们能到场的都来了。可是讨论的结果让万历极为不满……大臣们一致认为，不可贸然出战。他们说吕宋与本土远隔重洋，且有强大的舰队保护，不可贸然征讨。须得建造战舰，编练水军，储备物资、谋定后动。而且当前国内狼犬当道、民怨沸腾若斯，大兴兵戈的话，恐怕会引发民变。
大臣们说，吕宋毕竟孤悬海外，无法危及统治的根本，若是各省乱起来，国家就真的危险了。所以他们联名上书，请求皇帝撤销矿监税使，修明政治、与民休息，先将两京十三省的高烧退下去再说。
大臣们对吕宋叛乱的处理意见，是遣使严加申斥，如果吕宋方面是一时糊涂，看到触怒天威，自然会幡然悔悟，自缚请罪。如果吕宋方面执迷不悟，则可激起全国民众的怒火，到时候就算要打仗，民众也会全力支持。
简单说来，大臣们就一个意思——不先把矿监税使的问题解决，别的问题只能拖着。
但在万历看来，吕宋的叛乱太遥远，动摇不到自己的龙椅。用矿监税使摧毁工商业、打击东南豪族，才是维系皇权根本的第一要务，所以他万万不会上大臣的当，在大好的局面下半途而废的。
于是，君臣间又一次陷入了互不相让的死结，征伐之事自然遥遥无期。紧接着，长江以南地区发生了大规模抗税暴动，也将朝野上下的注意力，从遥远的吕宋转回国内……嘉靖中叶以来的工商业大发展，带来了一轮快速的城市化。尤其是东南发达地区，城市的数量迅速增多，城市的人口急剧增加，深刻的改变了