吴家军自成立以来，先后进行了三次比较大的整编，第一次带领三百名老家丁打败了杨国栋的兵马之后，吴名为了尽快的发展壮大自己的实力，又从流民当中买了两千七百名家丁，在这三千人的基础上，吴名把他们分为了三个大队，分别由第一批老家丁当中的读书人石天、陈涛和张宝海担任大队长。
当时的武器装备极度匮乏，仅有时光之城机械厂生产的几百支半自动步枪，就是凭着这些武器，吴名在短短的时间里就把三千个老家丁训练成了杀人机器。
后来吴名回到后世，和亚力克谈判购买武器时。在得知亚力克从华夏买了大批的步枪和迫击炮，以及32辆装甲车之后，就利用他的异能在亚力克毫无察觉的情况下把这些武器据为己有。
在做到一人一枪的情况下，吴名为了锻炼部队就让他们出去剿匪，就在这时，闯王部下的大将刘芳亮也看好了山东这个战略要点，率领六万精锐对外号称十万企图一举攻下济南府。再趁势占领整个山东，作为闯匪东山再起的根据地。
双方在济南城下展开了一场激烈的战斗，在吴家军强大的火力打击下，刘芳亮被打得丢盔弃甲，在这次战斗中，吴家军一共俘虏了闯匪的八千人。
经过仔细甄别之后，吴家军在杀掉了一大批手上沾满无辜老百姓鲜血的人之后，就把这些俘虏编入了吴家军。经过三个月的训练之后，吴名又对吴家军进行了第二次整编，按照二战时期日军的编制，吴名又把这又一万人马编成了两个联队，分别交给陈涛和张宝海率领，并把石天任命为吴家军的参谋长。
后来吴名从亚力克手里买到了大批的武器装备，而从刘泽清手里俘虏来的三万五千人马此时也训练的差不多了。就在吴名准备展开对部队进行第三次大整编的时候，得知张献忠重新起兵造反。
在这种情况下，吴名只能推迟对部队的整编，利用现有的技术人才，抽调老兵组建起南进作战集群，仅仅经过二十多天的训练就带领他们出兵湖广了。
如果这次也算是一次整编的话，那么吴家军自成军以来就一共进行了三次整编。