军机处的主要职责是，遵奉谕旨，写成文字，并予转发。雍正帝每天召见军机大臣，有时一天召见数次，像在西北用兵紧张之时，张廷玉“内直自朝至暮”，“间有待至一二鼓”，以备随时应召。
召见时，雍正帝指示各项事件应如何办理，有时向军机大臣询问情况，听取他们的意见，以作出裁决。军机大臣根据旨意，草拟文书。上谕形成后，不经过内阁，由军机处直接发给有关官员。
军机处主要是作文字工作，雍正朝的军机大臣，不过是传旨办事，对制定政策起的作用不大，乾隆时当过军机章京的赵翼说，军机大臣“只供传述缮撰，而不能稍有赞画于其间”。这就是说，军机处不过是皇帝的秘书班子，它只能忠实执行皇帝的命令，不可能形成危害皇权的势力。
雍正帝创立军机处，把它和奏折制度相结合，即以朱批谕旨答复臣下奏折，召见军机大臣授以政事机宜，天下庶务总归他一人处理。明太祖朱元璋罢丞相升六部，使“天下庶务皆朝廷总之”，他一人处置不过来，就指定当时还是低级官员的大学士协助处理，但那时内阁制度还没有形成，大学士帮不了他的忙。
雍正帝不同，设立军机处，就有了固定助手，可以及时处理政事了，所以他的权力比明太祖还要集中，他以前的其他帝王的权力更没法与他相比，他是真正集权力于一身，总理天下庶务了。
而经济改革可以说是雍正新政的着重点。
除了前文叙述的几点之外，还有两个重要的制度实施：
一个是清查在康熙时期就已经相当严重的亏空情况，另外一个就是火耗归公。
康熙时期的亏空有多严重？
雍正的描述应该是最直观的：“历年户部库银亏空数百万两，朕在藩邸，知之甚悉。”又说，“近日道府州县亏空争粮者正复不少”，“藩库钱粮亏空，近来或多至数十万”。
雍正帝深知贪官污吏舞弊、钱粮短缺的严重情形，决心整饬吏治，清查钱粮。即位一个月就下达了命令。他首先讲了清理的必要性：各地亏空钱粮不是受上司勒索，就是自身侵渔，都是非法的。在先，大行皇帝宽仁，未对赃官明正法典，所谓勒限追捕，也不过虚应故事，亏欠依然如故。但由此而造成库藏空虚，一旦地方有事，急需开支，则关系非浅，因此必须清查。接着说了清理的政策，地方凡有亏空，限三年之内如数补足，如限满不完，从重治罪。
清理令下之后，从中央到地方都动了起来。在户部查明亏空二百五十万两，雍正帝责令该部历任堂官、司官和部吏赔偿一百五十万，另一百万由户部逐年弥补。内务府官员李英贵等人冒支正项钱粮百余万两，雍正帝抄他们的家产来抵偿。
地方上的清查，在雍正元年普遍开展起来，当年被革职查封家产的地方大员很多，其中有湖广布政使张圣弼、湖南按察使张安世、江苏巡抚吴存礼、布政使李世仁、江安粮道王舜。原山西巡抚苏克济被人告发贪赃四百五十万两，雍正帝抄没其家产外，责令其家人赵七帮助赔补二十万两。
严厉的清查，经过三年，取得相当效果，中央的清理基本结束，一些省区，如直隶、河南、山西等省弥补了亏空。有些省份虽也获得一些效果，但虎头蛇尾，企图草草了结。雍正帝对此极为不满，下令展限三年，务期彻底搞清，否则重治督抚之罪。
而火耗归公则是一种开源的手段：
火耗是地方官征收钱税时，会以耗损为由，多征钱银。
雍正二年七月推广全国，将明朝以来的“耗羡”附加税改为法定正税，并制度养廉银，用意在打击地方官吏的任意摊派行为。此举集中了征税权利，减轻了人民的额外负担，增加了外官薪给，对整顿吏治、减少贪污有积极作用。但州县于额征火耗之外，又暗中加派，未能从根本上改善吏治。
火耗是明代张居正实施一条鞭法后，赋税普遍征银，百姓所缴的银子由于纳税量不太多，大多以小块的碎银为主，各州县衙府汇总上缴国库时，要将碎银熔炼成大块，在碎银熔炼过程中发生的损耗，州县官吏要求百姓补足，于是在应缴税银之外，纳税人还要多缴一些，这多缴的部分就叫“火耗”，用来补偿熔炼碎银损耗和运输费用。
清初，征收火耗比明代有过之而无不及，据文献记载，康熙后期各省征收火耗一般省份达到三四钱，最高的达到七八钱，百姓不堪重负。清代火耗征派量加大，除地方官吏贪得无厌，借火耗之由巧取豪夺外，还与清初官员实行低薪制度、允许地方官吏加征火耗补其不足有关。
清初，一般知县年俸仅45两，远远不够养家糊口、聘用师爷、贿赂上司、迎来送往的开销，唯一的办法就是从火耗征收上打主意，火耗也就越征越多。州县官吏对多征的火