人类低估了扎戈族，扎戈族也低估了人类，一场人类世界的比武大会，让扎戈族露出了马脚，人类对扎戈族的研究从没有停止过，尤其是对扎戈族匪夷所思的进化能力，要知道地球上的任何物种想要进化都要经过百万年的演变，但对扎戈族，似乎只是几年的时间就能做到。。
但就如同扎戈族对人类没办法，人类对扎戈族也没什么办法，想借鉴很难，完全是不同的生存路线。
可是当扎戈族转向人类进化的」！时，也等于给了人类研究它们的机会，尤其是作为基因方面最强的道尔家族，那个扎戈族的寄生人并没有死绝，帕特洛克罗斯下手是相当有数的，寄生在他体内的虫体逆活着，人类从而“看”到了扎戈族的计划。
为此，三大联邦的主要人物召开紧急会议，制定了对扎戈族的全面作战计划，由于扎戈族已经朝人类渗透，整个计划要非常的隐秘，正好马家的诺亚方舟提供了一个契机，围绕诺亚方舟，一个周详的计划产生。
这个计划的成败关系到人类的生死存亡，跟扎戈族交手了这么多年，对于扎戈族沉寂百年准备的阴谋，人类如果还大意那就真该灭亡了，所以引起了联盟的足够重视，甚至不惜违背宪法，采取了一些其他手段夺取资金。
诺亚方舟成功的吸引了扎戈族的注意力，而趁此机会，三大联邦的舰队秘密调动，开始对了扎戈族隐黄地点的总攻。
在诺亚方舟吸引注意力的同时，人类舰队获得充分的调集筹备时间，这次攻击确实打了扎戈族一个措手不及，占了相当大的便宜，可是扎戈族的舰队已经积累到一个相当恐怖的数量，在避过了刚开始的不适应，扎戈族展开了全面的反扑，太阳系陷入了全面的战争。
全人类都动员起来，一旦战争开始，就无需任何隐藏了，关系到人类的存亡，一切资源军队优先使用，战况无比的激烈。
但人算不如天算，就在这个战争进入白热化的时候，帕特洛克罗斯背叛了！
这是人类历史上最大的背叛，比较讽刺的是，当年李兰加洛斯的背叛一下子瓦解了地球人的舰队，可是李兰加洛斯那毕竟是人类内部的事情，不能用简单的对错形容，可是帕特洛克罗斯这是真正的背叛，诺亚方舟失陷，这艘人类历史上最伟大的星际战舰在它的首航中自毁，舰长考斯特自杀殉国，刀锋传人王动为其他人争取了转移的时间，不幸牺牲。以李世民、烈坚为首的人类年轻一代的精英得以生还，他们在战舰毁灭之前通过空间传送回到了太阳系。
但真正可怕的才开始，人类的军力虽然不如扎戈族，可是人类毕竟是主场作战，且战术方面拥有很大的优势，认真谨慎的人类一样是宇宙中强大的种族。可是，帕特洛克罗斯，人类史上第二犹大，却开始了他毁灭人类的步伐。
公元二五六九年，帕特洛克罗斯自封神族之王，同时兼扎戈族总司令，战局开始倒向扎戈族一边，年中，帕特洛克罗斯采取牺牲策略，把人类舰队引入曼星海区域，全歼人类舰队，史称曼星海落幕战役，人类自此丧失太空控制权，转为全面防御。年末，帕特洛克罗斯吞噬扎戈族两大虫王，成为神族绝对的领袖。
。