得到白俄罗斯第2方面军4个集团军加强的白俄罗斯第3方面军，以及波罗的海沿岸第1方面军，奉命消灭被逼至海岸的德军集团。白俄罗斯第3方面军未能从行进间歼灭德军海尔斯贝格集团，而在3月13―22日经变更部署后才完成这一任务。柯尼斯堡集团于3月26―31日间被歼。4月2―11日，方面军在红旗波罗的海舰队航空兵和轻兵力参加下粉碎了德军泽姆兰集团。
4月，战役转入第二阶段，白俄罗斯第3方面军受命攻占柯尼斯堡市，由3个空军集团军和波罗的海舰队航空兵担负空中支援，参战飞机2444架，包括轰炸机1124架，强击机470架，歼击机830架。柯尼斯堡有德军13万人，作战飞机170架，高射炮450门4月6日，苏军发起攻击。空军当天出动飞机1052架次。7日中午又出动伊尔-2型强击机和佩-2型轰炸机l18架突击邻近德军机场。13时10分，第18空军集团军514架重型轰炸机在124架歼击机掩护下，密集轰炸柯尼斯堡，持续45分钟，投弹550吨。随后再次组织突击。9日，柯尼斯堡德军投降。苏空军连续4昼夜作战，出动飞机约1.4万架次，投弹4440吨。此役，苏军出动飞机14.6万架次(包括海军航空兵4100架次)，其中61.4用于直接支援地面部队作战。苏空军在战役进程中以强大的空中突击摧毁德军城防要塞，是夺得整个战役胜利的决定因素之一。
东普鲁士战役具有重大军事政治意义，苏军攻占了东普鲁士，摧毁了德**国主义的东方前哨，解放了波兰北部部分地区。德国丢掉东普鲁士后，丧失了一个重要的国家经济区。德军25个师被歼，12个师遭重创。大大削弱了德国武装力量。攻占东普鲁士后，红旗波罗的海舰队舰艇的驻泊条件得到了改善，把战斗力量转移到了波罗的海西南部。德军海上交通线被完全破坏，其被封锁于苏联波罗的海沿岸的库尔兰集团的，补给变得十分困难。
另外苏军还取得了在滨海方向计划、组织和实施方面军群、舰队、航空兵庞大兵力的战略性进攻战役的经验。
在苏军发动东普鲁士战役的同时，盟军也在西欧对日军发动了新一轮的攻势，经过3个多月的战斗终于将德军彻底赶出了西欧各国，不但光复了法国等，还使得盟军的前锋兵力已经进抵莱茵非军事区，随时准备进攻德国本土。