王坦之和谢安刚欲上前领旨，桓温大声道：“皇上，此举不妥。”
司马昱扭头愕然道：“大司马何出此言？有何不妥之处？”
桓温道：“指派王大人和谢大人查明此事本来是极好的主意，但皇上也记得我朝已有内史之职，其责便是负责京畿治安刑事，有专司在此，却又指派他人探查，将内史一职置于何处呢？”
王珣见势也上前叩拜道：“大司马所言极是，可是微臣行为不妥，不能当此内史之责？若真如此请皇上下旨免去我这内史之职便是。”
两人一唱一和，倒将司马昱逼的退无可退；司马昱叹息一声道：“如此便请王内史查明此案吧，三日后呈报案卷结果，再做计较。”
王珣大声唱诺，司马昱心情极坏，拂袖下朝。
众人议论纷纷下朝而去，王珣当即下令将司马晞、司马晃收监候审，并捉拿庾希，殷涓，庾蕴等人。
一时间铁骑满城拿人封家，闹得鸡飞狗跳。
在此之前，东门外三骑飞驰而出，直奔东北方向而去，马上三人青衣小帽，一副市井小民的打扮，这三人正是庾希，庾希六弟庾邈和自己的儿子庾修之，韩暮派侍卫通知庾希速速逃离，庾希知道事不宜迟，只能将和他住在一起的庾邈和庾修之带上，收拾了一些细软，早王珣一步逃出京城，直奔海陵（泰州）母兄武沈处而去。
当日下午，王珣以庾希畏罪潜逃，案情坐实之由诛杀散骑常侍庾柔，太宰长史庾倩、著作郎殷涓满门，并派都尉府数百兵前去扬州捉拿广州刺史庾蕴，同时又查探出庾希出逃方向，派兵前去海陵捉拿庾希庾邈等人。
城中受到攀诬的十余名官员具被满门抄斩，到第二日傍晚，因此事牵连而被诛杀的人数竟达四千余人，王珣手下都尉府士兵的剑锋都快要砍的卷口了。
健康城内人人自危，个个惊惶，韩暮尚是首次见识到派系之间的倾轧如此血腥，他忽然觉得此事不能任由桓温如此嚣张下去，于是连夜邀谢安、王坦之觐见太后和皇上，褚太后和司马昱得到谢安等人的明确支持，连夜下严旨禁止诛杀一切牵连之人，并明令王珣不得动司马晞府中人等一分一毫。
桓温王珣等见到旨意均有些诧异，但旋即明白是谢安韩暮等人出手了，加上目的已经基本上达到，虽然司马晞还未死，但从此以后必然无力与之对抗，也就停止了诛杀。
几日后广州刺史庾蕴得到消息，在都尉府的士兵尚未到达之前便自饮毒酒而死，派去海陵搜索庾希的官兵也无功而返，此时暂告一段落。
经此一事，京中庾门势力几乎被诛杀殆尽，司马晞被废去爵位，与家中数百人皆流放至新安郡；殷氏仅存的子嗣殷涓及家中百余口尽被诛杀，京中其他大小十余名官员极其家小数千人亦被诛杀，桓温等人在京中势力暴涨，人人侧目；人们在街上见面甚至连桓温抑或是郗超、王珣等人的名字都不敢提了。