level0无能力者，无法测量或效果极其微弱的能力，占全部学生60。
level1低能力者，能勉强弄弯汤匙的程度，对日常生活基本没有帮助。
level2异能力者，稍微比level1有用的程度。
level3强能力者，日常生活中能得到活用、带来方便的程度。
level4大能力者，在军队中体现战术价值的程度。
level5超能力者，能单独对抗一个军队的程度，整个学园都市也就仅7人，但不乏其他有可能成为lv.5的人。
当然，在理论上还有第七个等级，也就是level6绝对能力者，“以非神之躯，抵达神之领域者”，尚无人达到，可以说是一个幻想中的等级。
而大多数学生都被划分在等级0到2之间，能力以威力和综合干扰系数评级，并每隔一定时间会重新测定一次。
他们每天都在超能力开发上进行相互竞争。
故事的主角上条当麻是学园里的一个无能力者，但并非完全没有能力，他的能力是能够将一切异能之力无效化。
他只有右手能够使用这种能力，还给自己的这种连上帝的奇迹都能抹杀的能力取名为“幻想杀手”。
而正因为他的右手似乎把神的祝福都给抹杀掉的缘故，导致自己一直过著不幸的生活。
某一个暑假的日子，在家里的阳台上，他遇见了一位修女；这位少女自称自己的名字叫“茵蒂克丝”，并是从魔法的世界逃了出来，现在正在被魔法师追赶中。
就这样，掌握了十万三千本究极魔法书的少女与拥有抹杀一切奇迹的神上之手的少年，将面临一系列故事...。
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