周宪章以大清国总理衙门大臣的名义，要求闽浙总督端明，向章军开放马尾军港，把章军囤积在马尾的物资，运到台南来。章军携战胜日军之威，虎视福建沿海，大清国朝廷见势不妙，急忙做出一副笑脸来，不敢回绝周宪章的要求，慈禧太后和光绪皇帝，双双向章军发来贺信，同时，命闽浙总督端方，立即向章军开放马尾军港。
端方早就和周宪章暗中来往，此时乐的做个顺水人情，让章军的舰队进入马尾，把堆积如山的物资运到了台南，同时，以犒赏三军的名义，从福建筹集了一批钱粮，一并交给章军舰队。
物资钱粮送到台南后，周宪章命人把武器弹药运到了台北储备起来，钱粮药品全部交给了张勋，让他以台南知府的名义，赈济台南、太保、嘉义、彰化等经受战火袭扰的地区民众。台南大战，民众牺牲巨大，整个台南被打成了一片废墟，百业俱废，民众倾家荡产。这笔钱粮发给民众后，民众一片欢呼，更加死心塌地的拥戴章军。有了这笔钱，台南民众得以重建家园。
随后，周宪章对台湾章军进行了重新部署。
吴佩孚第一师驻军台北和基隆。
那哈五的第二师驻军台中、彰化一带。韩令准则是率领朝鲜团，回到了朝鲜，加入了章军朝鲜方面军。
张作霖第三师驻军花莲，负责台湾东部沿海的安全。
其他师直属部队，全部随周宪章驻扎在台北一带。
郭二杆的独立旅加上李国革的海军陆战队，以及部分海军舰船，驻守琉球列岛，对日本本土形成攻击之势。
章军海军拥有了四十多艘战舰，而且，绝大多数都是世界上最为先进的战舰。这支庞大的舰队被分成了三部分，海军司令蔡挺干率二十多艘战舰组成的主力驻守基隆港。济远舰管带程碧光率济远等八艘战舰，组成朝鲜支队，驻守仁川，配合朝鲜方面军守卫朝鲜。对日本形成北方攻势。其他的战舰，则是以定远舰为旗舰，组成东方舰队，驻守琉球，配合独立旅完成对琉球的占领。
台南的善后事宜处理得差不多了，周宪章启程前往台北。
按照历史渊源，周宪章把台北定为台湾首府。章军总部和台湾巡抚衙门，都将设在台北。吴佩孚率第一师已经在半个月前到达台北，这一次，周宪章兵分两路。
周宪章任命的台湾巡抚刘永福率文官们，走嘉义、彰化大路，前往台北打前站。在这之前，周宪章已经任命丘蓬甲为台北知府，吴彭年为彰化知府，丘蓬甲已经把日本人的台湾总督府打整一新，准备迎接周宪章入住，另外新建了一座巡抚衙门，供刘永福入住。
周宪章本人则是和章军阿里山纵队一起，从东北方向沿着张作霖第三师曾经走过的迂回线路，进入阿里山。
他要亲自向邹族同胞表示谢意，并把梅里溪送回白鹿寨。按照他和梅里溪的约法三章，要等到赵巧儿来到台湾后，迎娶金姝之后，才能正式迎娶梅里溪。