雅典娜化身渔夫，借给玻耳修斯一双赫尔墨斯的飞天鞋、一个伸缩自如的牛皮袋、哈迪斯在巨灵之战时使用过的隐身帽、还有她自己的神剑与神盾，然后指引玻耳修斯去寻找格莱埃女巫，向她们询问打败美杜莎的方法。
玻耳修斯抢夺了格莱埃三女巫共用的眼睛，威胁她们说出打败美杜莎的方法，格莱埃三女巫告诉玻耳修斯想要打败美杜莎，必须先用神剑砍下美杜莎的头颅，然后立刻将她的头颅装到牛皮袋里。
其实这也是雅典娜让格莱埃女巫们对玻耳修斯这样说的，神族肉/体岂是凡间兵刃能伤？只有雅典娜借给玻耳修斯的神剑才能够砍下美杜莎的头颅，而雅典娜给玻耳修斯的牛皮袋则是某种特殊的法器，能够斩断美杜莎与自己神体的联系，让她无法再通过精神力操控被砍头的神体。
丝西娜和尤瑞艾莉在赶来救援美杜莎的路上被神域兵将们拦下，玻耳修斯来到美杜莎被放逐的海岛，与美杜莎在宫殿中一番大战。雅典娜之盾能够防御精神魔法，玻耳修斯借着盾牌的反光与美杜莎战斗，飞鞋与隐形帽让强大的半神有如神助，尽管美杜莎用尽全力抵抗，最终却还是被玻耳修斯砍下头颅。
玻耳修斯用美杜莎的头颅石化了海怪塞提斯后，将美杜莎的头颅进献给雅典娜，雅典娜将美杜莎的头颅封印进自己的盾牌之中，从此雅典娜之盾的中心，多了一个人头蛇发的雕像。
英雄的神话传说不过是一场众神导演的闹剧，在雅典娜的布局下，为宙斯之子和天神们在凡人间留下美名，雅典娜则借机取得了美杜莎的神魂。