随着左梦庚去职，马士秀等人被强制调到外地任职，左良玉一系留在武昌军区的其他将领失去了领头的人，无法形成合力跟军区角力了。
而何腾蛟、袁继咸上任后，又通过人事调任将这些将领交叉调往其他地方任职，逐渐将军队中的私兵色彩消除。没有了亲自招募提拔心腹手下，这些将领也成了一个普通的中高级军官而已，不再具有蛊惑部下跟上司对抗的实力了。
掌握住武昌军区后，杨毅加快了对各大军区的军事改革。
因为税收的增加，有足够的财力支撑军事开支后，杨毅废除了明朝的世袭军户卫所制，改为募兵制。
战时打仗、闲时屯田的卫所制已经不适和现在战争中对官兵军事素质越来越高的要求。
即使不打仗的时候，正规军官兵们也应该要进行各种训练，而不是去耕种土地、自给自足。只有平时多流汗，战时才能少流血。平时不训练，上了战场也是乌合之众，不堪一击。
其实，明朝末年因为卫所制的种种缺陷，在战场上屡屡失利，明军已经产生了大量的逃兵。为了补充兵员，各地将领都或多或少进行了募兵。只不过，这个募兵只是朝廷默许的各地将领私下的动作，没有形成正式的军事制度。
军户卫所制相比募兵制，在战斗力上悬殊非常大。这一点，可以参考实行募兵制的戚家军和其他明军部队的战斗力对比。
就是因为卫所制的官兵不是职业军人，还要兼顾农业生产，不可避免的耽误了军队的训练，也降低了士兵的战斗力。因此，杨毅现在就以朝廷的名义正式废除卫所制，改为募兵制了。
原来的军属土地，全部收归朝廷，转为国有农场，雇佣原来的军户进行耕种。
原来的府兵，全部转为职业军人，全职当兵。配军衔、发薪饷，正式开启全局性的职业军人时代。
当然，为了避免老百姓争相逃避当兵，不响应军队的招募，杨毅也规定了每一个16岁以上、35岁以下，身体健康的非科举官员成年男子，都必须至少要服兵役三年。如果是海军等技术要求更高的兵种，则要服役至少四年。
这个兵役当兵的去处，不限于正规野战部队或海军，还包括地方城卫部队、巡捕等等。
为了适应高强度的训练要求，现有的部队中有些年龄、身体不符合新规定的士兵，给予遣散费予以遣散。
然后，根据当前战争形势的需要，杨毅对各大军区所属部队进行了一些调整，并按照军、师、团、营、连、排、班的编制进行了改革。
从崇祯十八年年底开始，经过半年的努力，至崇祯十九年六月，大明帝国全国军队才完成了所有的制度改革工作。
除禁军之外，整改后的全国正规野战陆军为36万人，然后每个军配备两千多人的全职后勤部队，总数4万人，全军总人数40万。
原来明朝江南各省的军队在60万左右，现在挑选出来的正规军却只有40万。因此，除了年龄、身体素质不达标被遣散的士兵外，还有十多万人被充进江南各省地方州府，充当城门守卫、巡捕等等。
整编后的南京军区司令部在南京，节制直隶省，总司令为徐孚远中将，兼领禁军军长一职。然后下辖大明帝国陆军第一军，驻扎凤阳府，军长为金运虎；第二军驻扎徐州，军长为夏允彝；第三军驻扎淮安、扬州，军长为史德威；第四军驻扎滁州、和州、泸州，军长为黄得功。
第一军到第四军的驻扎地就是原来的江北四镇，主要任务就是防备北方李自成的大顺军南下。
然后第五军、第六军就分散驻守直隶省其他州府如安庆府、宁国府、常州府、苏州府等地。
武昌军区司令部在湖广省首府武昌，节制湖广省、江西省，总司令为何腾蛟中将、副总司令为袁继咸少将。下辖大明陆军第七军驻扎武昌，第八军驻扎襄阳，第九军驻扎荆州。这三个军也是主要防备北方的。
第十军驻扎常德，防备西部四川的张献忠。第十一军驻扎江西南昌、九江，防守江西全省。
西南军区司令部在贵州省首府贵阳，节制贵州、云南、四川三省，总司令为解学龙少将。下辖陆军第十二军驻扎贵阳，第十三军驻扎四川播州，第十四军驻扎云南昆明。
广州军区司令部在广东省首府广州，节制广东、广西两省，总司令为张同敞少将。下辖陆军第十五军驻扎广州，第十六军驻扎广西桂林。
福州军区司令部在福建省首府福州，节制浙江、福建两省，总司令为郑成功少将。下辖陆军第十七军驻扎浙江杭州，第十八军驻扎福建福州。
然后，郑成功将他老子留下的二十多万官商混合部队，遣散了老弱妇孺，挑出真正的战舰和海军士兵，组成1000多艘战舰、十万人规模的大明帝国东海舰队。
剩下的武装商船和数万水手，则和中央户部、工部组成大明远洋贸易集团，展开大宗货物的远洋贸易。
这个大明远洋贸易集团，中央朝廷占51的股份，郑氏家族占49的股份，由朝廷任命官员进行日常管理，郑氏家族派遣代表进行监督。
由此，杨毅就将郑氏家族的商业分离了出来。以后，郑成功就在杨毅的指示下，专注于海军战舰和武器的升级换代、海军官兵的作战训练，以备将来的海战。
概括起来，全军军事改革后的大明军队，陆军总共19个军，42万人；海军东海舰队10