内阁第一副总理是兵部尚书史可法，其工作职责是负责全国－军队的招募、训练、后勤支援工作，仍兼任兵部尚书衔，但没有调兵权。
调兵权被杨毅牢牢抓在手里，任何人在没有皇帝授权的情况下异地调兵，视同谋反。南京以外的总督、指挥使、总兵同样不许私自带兵离开驻守地。
只有当外敌入侵的时候，被攻击的驻军可以向周围的友军求援，友军部队可以临机处置，出兵进行救援。但是，事后也必须要有充分的行动报告，证明此次出兵是必须的、无法回避的，才能过关，否则同样要遭到严惩。
另外，军队里中高级官员的任命权，也不在吏部和兵部了，同样被杨毅牢牢握在手中。只有杨毅亲自签署命令，盖了国玺的中高级军官升迁调任公文，才能生效。对中高级军官的任命，吏部和兵部只有建议权，无决定权。
这个决定，自然是剥夺了吏部尚书王铎和兵部尚书史可法不小的权力，但杨毅却不会因为私情而心软。
军队以外的其他事情，杨毅都可以酌情考虑，但牵涉到军队的掌控权，杨毅一点都不会放手。这是后世毛爷爷总结出来的铁律：枪杆子里出政权。任何时候，杨毅都认准了这一条，紧抓军权不放手。
关于内阁成员，除了史可法以外，还有吏部尚书王铎、户部尚书乔承诏、刑部尚书张慎言、都察院左都御史刘宗周四人进入内阁，组成了南京朝廷的第一届内阁成员。
第一届内阁包括总理一名，副总理五名，总共六个人。
在一些涉及多个部门，又争执不下的重大政务工作上，实行内阁投票制，少数服从多数。除总理黄道周拥有两票以外，其他五名副总理一人一票，总共七票。
内阁中，杨毅再特派一名司礼监随堂太监列席会议。
这名司礼监的宦官没有发言权，也没有投票权，只有旁观权，但他会将内阁的一些重要会议内容向皇帝汇报。他作为皇帝的代表，履行皇帝对内阁成员的监督职责，以避免内阁将皇帝完全架空。
内阁成立后，杨毅在政务工作上花的时间就大为减少了。他只要在大政方针上给内阁下指示，内阁就会按照他的意愿去具体实施。
而杨毅有些比较激进、不合时宜的改革方案，内阁成员也会根据明朝的实际情况，进行讨论、修改，再反馈给杨毅。杨毅综合内阁成员的意见，改善自己的改革措施，最后再实施下去。
崇祯十八年正月二十一日，杨毅下达指示，内阁讨论通过的第一次重大决议，就是成立国有大明中央银行，归户部管理。
中央银行负责管理国库、代收税银、金银铜钱的熔铸、办理存贷业务等等。每个省设立分行，州和府设立支行，县城设立办事处。
银行所有机构办事处，均由当地驻军派军队进行日夜守卫，预防意外。
因为信息不通，大多数存贷业务只能在当地办理，不能跨县、跨府，甚至跨省办理业务。
真有大额金银怕路上出意外，要办理异地取款业务的，由支行以上机构开具存款证明，并派工作人员陪同前往异地办理取款业务。其中，要收取数量不菲的手续费。
跟后世不同的是，杨毅属意成立的这个明朝中央银行存钱不仅没有利息，储户还要倒给银行保管金，只是比例很低而已，图的就是一个安全保障。
至于贷款，那自然利息就比较高了，不然银行拿什么来给员工发工资？只不过，贷款利息是按年固定收取的，不会像地下钱庄那样进行利滚利。
银行成立以后，各地官府收缴的税银就直接存入银行，由银行向上级运送。
因此，货币的运输以及熔铸货币过程中造成的金银损耗，就由银行承担，不关地方官府的事了。由此，也杜绝了地方官府以火耗的名义向老百姓加税的不正之风。
中央朝廷随后通过《大明新闻报》发布公－告，严禁地方官府在“一条鞭税赋征收法”之外巧立名目，额外加收其他税赋。
如果有地方官府向地主、农民加收额外的税赋，被收税者可以向上级官府举报，由上级官府给予当地官府严惩。
当然，朝廷如此为地主们着想，那地主也必须如实上报自己名下的田亩数量。如果被户部巡查组查到其实际拥有的田地与上报数量不符，多出来的田地就予以没收充公，并对其往年所欠税赋按三倍进行罚款。
如此，即可以大幅度减轻农民的负担，也可以杜绝豪强地主兼并土地后虚报瞒报、偷税漏税的情况。由此，在取得社会稳定的基础上，反而会增加一定的税收收入。
除了银行的成立和税赋征收制度的完善外，杨毅还对古代的封地制度进行了一个颠覆性的改革。
崇祯十八年正月底，崇祯皇帝下旨，所有拥有封地的皇亲国戚、王公贵族，一律收回封地，其待遇全部改为现银发放。所有人都不再具有任命地方官员，自行征收税赋的权力。
并且，所有的爵位从现在开始，不再具有永久继承权。每继承一代，即下降一级，直至消失。
杨毅的这条制度改革一出来，就在皇亲国戚、王公贵族中引起了轩然大－波。
封地收回，改为现银发放也就算了，至多损失一点任命官员、自行收税的权力。但爵位逐代降级继承的改革，却是动摇了所有拥有爵位的家族的根基，引起了巨大的反弹。
但是，对于当大臣诸如内