刘辩了解他的想法，便同意了他的要求。并另派了一人充任并州牧，主政一方——太仆王允。
王允作为士族清大夫的代表，对于刘辩执政以来那些违反儒家观念的做法每每都看不惯，总是上表严词指责，刘辩听都听烦了。反正现在董卓现在已经他软禁在府中成了阶下囚，再也不用王允施美人计来拯救大汉帝国。况且王允一向和袁隗等走的很近，对于刘辩来讲，调走王允，也是消弱以袁隗为首的士大夫集团的实力。
安排好并州的问题后，刘辩又把目光放到了朝廷的西面——西凉军始终是朝廷的心腹之患。
刘辩的诏书是谁先入凉州谁为主，接到诏书后，李傕郭汜等人都马不停蹄的争先赶往凉州，结果最后竟然是郭汜先到了凉州。不过由于郭汜恐惧李傕的实力，只好又把凉州牧让给李傕。但是此时两人之间的芥蒂已经从此产生了。
李傕郭汜两人可以互相谦让，可并不代表原留守凉州的西凉军旧将牛辅、董越等人会和李傕郭汜等人和平共处，尤其是李傕郭汜原本还位在牛辅等人之下，如今爬到自己头上自然引起了牛辅等人的不满。这些新旧西凉军阀之间的矛盾已经越演越烈了。
西凉军矛盾丛丛，必然要有一番厮杀，这给朝廷一个很好的机会。经卢植的举荐，刘辩拜皇甫嵩为司州将军（军事改革后，刘辩取消了司隶校尉一职，改由张温为司州牧，总管弘农、河内、河东、河南及三辅地区。），在三辅地区招募兵马，驻守长安。监视西凉军的一举一动。
皇甫嵩本身就是凉州安定人士，不但在平灭黄巾起义中立有大功，还长期的与凉州反叛作战，有着丰富的处理凉州问题的经验，并且对大汉帝国的忠心也是日月可鉴。
在平灭黄巾起义后，皇甫嵩名震天下。当时朝廷势弱，南阳人阎忠劝他把握机会，南面称制。（移宝器于将兴，推亡汉于已坠。）
但是忠于大汉的皇甫嵩却拒绝了他，表示说即使此时朝政昏暗，大汉将倾，自己也应给谨守一个臣子的本分。就算朝廷听信谗言将自己害死，自己也还有着一个清白的名声，死而不朽。
皇甫嵩和卢植一样，对大汉帝国一直都没有失去希望，坚信着大汉终有拨开云雾见青天的时刻。
把皇甫嵩放心的放在长安监视西凉军的动向，刘辩抽出身来开始对洛阳的两只卫戍部队——西园军和北军进行改造。
现在的西园军，仍然是各校尉各领一军的情况，只是蒋奇在诸校尉中兵力最强，且又有刘辩的特诏节制其他兵马。
西园八校尉之中，上军校尉蹇硕、下军校尉鲍鸿已死，中军校尉袁绍远走冀州，右校尉淳于琼也去职追随袁绍而去。剩下的驻军左校尉赵融，刘辩拜他为谏议大夫，把他调为了文职，进而取得了他手中的兵权。而驻军右校尉冯芳，因为为人品质恶劣，又是宦官曹节的女婿，曾经诬陷害死了名士桓彬。刘辩以为桓彬翻案为由，将冯芳下狱，剥夺了他的兵权。
最后剩下的只有典军校尉曹操。如何解决曹操手中的兵权成了刘辩心中的难题。
对于曹操，刘辩一向抱着即用且防的态度。毕竟刘辩对前世历史的熟知和曹操不时表现出来的过人的天赋让刘辩对他深深的忌惮，刘辩想将西园军建成自己的嫡系强军，自然不想让曹操参与其中。可是曹操并不是冯芳之流，他不但算是刘辩的自己人，还在对付董卓的计划中立有功劳，如果刘辩贸然夺权，实在让人会有种过河拆桥的感觉。
此事正在刘辩为难之际，曹操却突然的自己提出了将他调入文职的申请。面对曹操的“善解人意”，刘辩自己倒变得有些不好意思了。
所以刘辩并没有将曹操调入文职，反而给了他一个重要的工作——屯田，并拜他为典农中郎将，负责朝庭的屯田工作。
曹操走后，刘辩彻底的掌握了西园军，开始了对西园军的改造。
刘辩将西园军分为八个营，每营一千多人，全军近一万人，任命蒋奇为西园军中郎将，赵云为军司马兼上军营校尉。其余中军校尉陈伟，下军校尉郭文，典军校尉刘宇，驻军左校尉张雷，驻军右校尉马庆，又在原蒋奇手下什长中升了两个忠于刘辩的思想过硬，立有军功的什长李飞、史亮，分别出任左校尉和右校尉。
而北军则仍然被刘辩划分为五营，并与部分的西凉降军合并，将原本的每营领七百人扩军到两千人。由已改为大将军的卢植兼任北军中郎将，刘备为北军军师令，吴匡为军司马，张璋为屯骑校尉；关羽为越骑校尉；张飞为射声校尉；原西凉军降将段煨任长水校尉，胡轸人步兵校尉。
对于军队的待遇问题，刘辩仍然按照蒋奇练军时所推行的高薪高福利来安排。虽然此举耗费钱粮巨甚，但却可以提高士兵的积极性和向心力，并且获得较多较好的兵源。以灵帝死后在内宫中留下的那么多财产，应该够刘辩支撑一阵子。
在对于军队的控制上，刘辩在军中又引入了独立的军功赏罚制度。每军都设军司法一名，并统一都归大将军府直辖，各军长官无权干涉。并且刘辩设立了军功积分制，根据功劳的大小来积分，将士的升迁都根据积分的多少来进行。如果