昔二气未分，天地混沌如鸡子。自盘古生，阳清为天，阴浊为地，始有天地。上有九天：中天，羡天，从天，更天，睟天，廓天，减天，沉天，成天。下有九州：冀州、兖州、青州、徐州、扬州、荆州、豫州、梁州、雍州。天地间生龙神：天龙，掌日月、行风雨；地龙，决江河、定山岳。龙生九子：囚牛、睚眦、嘲风、蒲牢、狻猊、赑屃、狴犴、负屃、螭吻，分掌九州。
经万八千年，天地日清，万物生焉。凡有灵之物，秉承龙神气息，无不借天地之造化，修真炼道，以求长生，掌控天地。其中，万物灵长之人类，虽体质羸弱，比不得凶兽之骨坚皮厚，却胜在灵智高绝，窥得少许天道，可飞天、可入地，渐成大势，稳居万物之首。然修真炼道法门不一，又有儒、释、道、墨、名、妖、鬼、杂、阴阳、医、兵、法等门派之别。
又万年，天地异变。龙神遨游太虚，遗九龙印于大地，镇阴阳，定乾坤。九州之外，又生东南二海、西北二荒。海有水怪，荒有凶兽，皆未开化之地也。其时，百家争鸣，争芳斗艳，儒、释、道、墨、名、妖、鬼、杂、阴阳等九家乘势崛起，各占一州之地，开宗立派，担负镇守龙印之职。
九龙印在，神息浩荡，兽怪不得入神州半步之遥。然又万年，龙印气弱，竟相继失落，神州阴阳不调，气息渐趋浑浊。兽怪趁机扰乱神州边陲，大肆袭击人类，致死伤无计，情形惨烈之极。
《九州志》的故事便从雍州极北、神州边陲的一个小山村中缓缓展开。