【颍川黄巾军的覆灭】
四月，朱儁和波才军交战，不敌，被逼抱团和皇甫嵩一起退守长社，很快被波才率大军围城，同时期，汝南的黄巾军也在邵陵打败太守赵谦。在北方，幽州刺史郭勋及太守刘卫也被广阳黄巾击败杀死。
为了解长社之围，朝廷派骑都尉、沛国人曹操救援皇甫嵩和朱儁。
那时波才率黄巾军将皇甫嵩围困在长社县城，双方兵力极不对等，皇甫嵩兵远少于黄巾军，城内包括不少将领在内都感到非常恐慌，但皇铺嵩依然镇定自若。
城外黄巾军的营寨所设之处荒草遍野，适逢狂风大作，皇甫嵩便让士兵们全都手持成束苇草上城。另外他命一批勇士，偷偷地越过包围圈，放火烧草并高声呐喊。与此同时，城上的军士也一齐点燃火把，与之呼应。皇甫嵩率军从城中擂鼓呐喊而出，直捣敌阵。
由于到处都是官府军的呼声，使得黄巾军大惊，溃散奔逃。这时，恰好曹操率兵赶到。五月，皇甫嵩、曹操与朱儁会师，再次出战，大败黄巾军，斩杀数万人。灵帝封皇甫嵩为都乡侯。
皇甫嵩、朱儁乘胜进攻在汝南郡和陈国的黄巾军，在阳翟追击黄巾将领波才，在西华攻打黄巾军另一将领彭脱，都取得了胜利。黄巾军的剩余部众或者投降，或者逃散，三郡的叛乱被全部平定，豫州一带的黄巾军最终被剿灭。皇甫嵩上书报告作战情况，将功劳归于朱儁。于是朝廷进封朱儁为西乡侯，提升为镇贼中郎将。
在东方取得胜利之后，皇甫嵩奉命讨伐东郡的黄巾军，朱儁则进攻南阳的黄巾军。
【南阳黄巾军的覆灭】
在南方，南阳太守秦颉在与张曼成经过一百多天的战斗后，取得了阶段性的胜利，斩杀了张曼成。但黄巾军改以赵弘为帅，在得到其他地方的黄巾军投靠之后，势力再度有所扩大，人数上升到十多万之众，他们盘踞在宛城，仍然具有相当的威胁。
朱儁与荆州刺史徐璆及秦颉三军联合，共计一万八千兵围攻赵弘，由于兵力过少，从六月攻至八月，一直未能攻克宛城。
因此不少人要求将朱儁调回。但此时司空张温上书说：“从前秦国任用白起，燕国任用乐毅，都是经过长年艰苦奋战，才能战胜敌人。在征讨颍川黄巾时便已建立战功，挥师南下，已经确定作战计划；在战争之中更换统帅，是兵家的禁忌。应该再给一些时间，让他取得成功。”灵帝这才作罢。不久，朱儁发动进攻，将赵弘斩杀。
虽然斩杀了黄巾军首领赵弘，但黄巾军又以韩忠为帅，那时朱儁让士兵们敲着军鼓进攻宛城西南角，黄巾军全都赶赴该处抵御。朱儁却亲率精兵袭击宛城的东北角，登上城墙而入，攻破了外城。韩忠退守内城，惊慌失措，要求投降。
诸位将领都愿意接受，但朱儁却说：“在军事上，本有形式相同而实质不同的情况，在以前秦末高皇帝与项羽争霸的时候，人民还没有确定的君主，因此要奖赏归附者，以鼓励人们前来归顺。如今天下统一，只有黄巾军起来造反，如果接受了他们的投降，就无法鼓励那些守法的百姓；而严厉镇压，就能惩罚罪犯。现在如果接受他们的投降，就会进一步助长叛军的势头，他们在有利时起兵进攻，不利时则请求投降。这是放纵敌人的作法，不是上策。”
于是朱儁拒绝了黄巾军的投降，再次连续的发起猛攻，但均未能攻克。
虽然朱儁用声东击西之机攻破了外城，逼的韩忠请降，但官军打了四个多月还是没有彻底攻陷宛城。
随后他登上土山，观察黄巾军的情况，回头对司马张超说：“我知道原因了。现在叛军被严密围住，内部形势危急，他们求降不成，突围又无路可走，因而死战。万人一心，已是势不可挡，更何况十万人一心呢！不如撤除包围圈，集中兵力攻城。韩忠见到包围解除了，势必自己出来求生，自己出城定会各寻生路，斗志全消。这是破敌的最好办法。”
于是朱儁改变策略解开包围，给了黄巾军们一条“生路”，韩忠果然中计出战，朱儁大破韩忠，韩忠投降，最后被和他有怨的秦颉杀死。韩忠投降被杀后，宛城内的黄巾军门宁死不降，又推孙夏为帅。
朱儁发起猛攻，司马孙坚率领部下首先登上城墙，官军最终攻下了宛城，孙夏逃走，朱儁追至西鄂县的精山，再次击溃黄巾军，斩杀一万余人。
南阳黄巾军最终被朱儁平定。
【冀州黄巾军的覆灭】
张角领导的冀州黄巾军毫无疑问是黄巾军中的主力。
那时黄巾军虽然数量众多，但装备较弱、军纪不齐，所以张角在面对卢植所率领的东汉主力军时并没有占到上风，数场大战下来，张角损失了万余人，还被迫撤到了广宗。当时汉军占到上风，卢植正在整备军队、制造器材，准备攻下广宗，可惜由于他拒绝贿赂视察军情的宦官左丰，被左丰诬告作战不力，灵帝大怒之下，罢免了卢植，并将他押送回京，判处比死罪轻一等的处分。随后以东中郎将、陇西人董卓替代了卢植。
卢植被罢免后，张角获得了喘息时间，他整理军队、强化训练，以逸代劳，大破董卓，董卓也因此被处分撤职。此时皇甫嵩与黄巾军在苍亭大战，俘虏黄巾军将领卜巳，于是灵帝下诏又以皇甫嵩为主率军征讨张角。
皇甫嵩率军赶到后，恰好逢张角病死，但张梁率领的黄