海军部八千人，曾纪泽直接指挥，组建三个港口炮台，岸防兵员1500人，大型千吨级蒸汽军舰除了“龙腾号”，在爪哇海战中俘虏的荷兰主力舰也被改造成“龙兴”号，还用五六百吨的商船改造了十来艘炮舰。
不过，大汉国的海军总体实力较弱。不过好在当时资本主义国家奉行自由贸易，国家没有军事限售一说，有黄金白银不只能买到军舰，整支舰队都能买到。一些政府经常做一些卖老舰买新舰的交易，借其他国家急需之际，高价出让本国的现成军舰，比如英国就曾想卖给大清国阿思本舰队：阿思本舰队计有中级兵轮三艘，小级兵轮四艘，造舰武器总经费计八十万两，舰队有七艘在英国购置的军舰，由英国海军上校舍纳德·阿思本为司令，船上六百名军官及水手俱在英国招募。舰队1863年开到天津，但由于舰队的司令和清政府对指挥权、用人及花费等各方面皆出现严重分歧，最终双方解除合约，这支舰队解散，各军舰由阿思本带回伦敦拍卖。
曾纪泽知道战舰可以通过二道贩子来买，完成新一轮军事改制训练后，曾纪泽便派人去欧洲购买武器，并派了一批技术工人，去英国和德国船厂学习建造技术，作为海洋中岛国，面对四周的汪洋大海，海军是必不可少的防卫力量，曾纪泽想与英德签订购舰协议和军火采购协议。这一点，只要有钱，加上有陈金声等华侨商人从中牵线搭桥，并不困难。
当时欧洲各国的军火商，也是唯利是图的。曾纪泽用荷兰人战败赔偿的二十万两白银，加上兰芳国库里的三十万两白银，采购了两艘英国军舰和一大批克虏伯大炮和后膛枪，补充大汉国的军事武装，使得大汉国的军事力量一日千里，当时足够在南洋地区立足。
军事力量大大增强后，曾纪泽决定在大汉国成立专门的移民部，从广东和江浙一带大批运移民到婆罗洲，这时候英法联军占领了广州，抓了两广总督叶名琛，清政府无力控制当地老百姓，加上太平天国的战乱，当地百姓民不聊生，很多人听说大汉国华人地位高，都愿意出海谋生。
很快，大汉国的华人，就达到上百万人，曾纪泽下令免费分给到婆罗洲的华人一定的土地和森林，让他们安家。