十部之外还有三寺（主官叫卿，比如大理寺的主官叫大理寺卿。副官叫少卿，比如大理寺的副官叫大理寺少卿。）：
大理寺：最高审判机构，相当与现代最高法院。完全独立于之前的所谓大理寺、刑部、都察院的三司体系，完全独立，并将刑部的审理权收入，负责全国案件的审理职责。大理寺下设各级程法堂，比如一省的就叫xx省程法堂，一府的就叫xx府程法堂，行使各级审判权。
御史寺：又称御史台。和历史上的御史台不同，不在行使“风闻奏事”的权利，而是行使监督权和问责权，对政务及军队体系的各项决策进行监督及问责，但这个问责是事后问责，就是不管是政务还是军队体系的政策决议在执行过程中，御史台是没有权利干预的，监督也仅仅是记录政策决议在实施过程中的各环节出现的问题及反馈的意见，在事后问责时作为证据使用。而一旦政策决议出现问题，那么在事后问责过程中，御史院就会将监督执行过程中的证据拿出来，对责任人进行追责，该是决策者的问题找决策者，是执行者的问题找执行者。御史寺下设各级巡察御史，比如一省就设立xx省巡察御史，一府就是xx府巡察御史等等，行使细化到各级单位的监督与问责权。
宗正寺：又称按察使司。宗正寺同样不同于历史上同名的官署，职责绝对和管理皇家事务没有任何关系，而是行使公诉权，相当于现代检察院，同时还对执法及司法体系中出现的问题进行监督及纠正。本来原名是按察使司，但因为建立时选择官衙位置恰好在元朝的大宗正府原址上，加上都是隶属法律体系，因此便称为宗正寺，原名反而没人叫了，到了最后连官方文书上也称为宗正寺了。宗正寺下设各级刑讼堂，比如一省的就叫xx省刑讼堂，一府的就叫xx府刑讼堂，行使各级公诉权。
然后是两院（主官称为院长、副官叫副院长，所属皆为院士）：
国柱院：很像资本主义国家议会制的上议院，与英国的贵族院最为接近。但此时仅仅只是意义大于权力，毕竟没有经过改变，现阶段也仅仅只是封建王朝向君主立宪过度的初级时期，皇权虽然被限制了，但还是很大的。成员全部为亲王、郡王衔的皇族和伯爵以上的勋贵。本来原始设置的初衷是为了制衡下议院型的国基院的，结果由于各方势力的角逐，变成了摆设。后来经过封文胜的改革，将国柱院变为了制衡皇权的机构。没有下设机构，只有一个国柱总院。
国基院：当初封建明设立两院的初衷是为了效仿资本主义制度，但是因为各方势力拉锯扯皮，最终变成了一个不伦不类的地方。国基院最初设立时的职责是就是立法，但各方实力角逐的结果就是这个权力变成了建议权。国基院院士为各地按人口统计比例选出的代表（可不是现代投票选举啊，而是地方官员推荐，国基院工作人员及其他地区的院士进行走访调查，最后确定是否通过，先是成为各省的国基院院士，然后再由这些各省的国基院院士推举分别出来成为国基总院的院士），主要为各地有名望的士绅、退休官吏等。
两院的现在的运行模式分为两种：
第一种是由国基院院士提出建议，如果大多数院士通过，则呈报给皇帝，由皇帝决定是否采纳，如果决定采纳，就送交国柱院，由国柱院投票决定是否真正执行，如果投票没有通过，则被驳回，送回给皇帝。国柱院有三次否决权，如果第三次否决后，皇帝还要执行，则必须有超过三分之一的国柱院院士投赞成票，否则将永远封存，不予执行（也有特例，书中会详细介绍说明）。
第二种是由皇帝提出，交国基院投票，只要有三分之一投票通过，即可以转递国柱院进行表决，表决的方法同第一种。
最后是三总道（主官叫巡道，副官叫佐道）：
江河总道：相当于现代水利部和海事局，拥有水利部的大部分权利，但没有防汛抗旱指挥的职责。因为江河流域很广，而且往往是两省交界地标，所以将江河的管理直接提出来设立副部级的衙门。同时，随着大明朝的海上活动增加，江河总道还接管了海事职责。江河总道在各省设立的直辖部门叫做xx河道，比如河南就是河南河道，江苏就是江苏河道等等，靠海的省份的河道衙门还负责当地的海事，主官叫巡察。
盐铁总道：负责管理国家专营的盐、茶、烟、酒、矿石等国有资源的生产运营。相当于现代国家盐业集团、烟草集团等等国企的合体。但是只负责生产和总售，不负责分销环节。本来最初设置时还打算将粮食与食用油划入，但是后来考虑到不管是粮食还是食用油的原料都可以作为种子使用，因此便将这两大类留在了新成立的农部里，没有划出来。各省设立盐铁分道，简称盐道，所以小说中出现的盐道并不是原来历史中的盐道。
路桥总道：新设立的衙门，管理国家修建的国道和桥梁，现在只负责管理养护，